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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12331 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | LsaA, an antibiotic resistance ABCF, in complex with 70S ribosome from Enterococcus faecalis | |||||||||||||||||||||
マップデータ | LsaA in complex with 70S ribosome from Enterococcus faecalis. Post-processed with automatically estimated B-factor. | |||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex ...large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Enterococcus faecalis (乳酸球菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Crowe-McAuliffe C / Kasari M / Hauryliuk VH / Wilson DN | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, スウェーデン, Estonia, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis of ABCF-mediated resistance to pleuromutilin, lincosamide, and streptogramin A antibiotics in Gram-positive pathogens. 著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Victoriia Murina / Kathryn Jane Turnbull / Marje Kasari / Merianne Mohamad / Christine Polte / Hiraku Takada / Karolis Vaitkevicius / Jörgen Johansson / Zoya ...著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Victoriia Murina / Kathryn Jane Turnbull / Marje Kasari / Merianne Mohamad / Christine Polte / Hiraku Takada / Karolis Vaitkevicius / Jörgen Johansson / Zoya Ignatova / Gemma C Atkinson / Alex J O'Neill / Vasili Hauryliuk / Daniel N Wilson / 要旨: Target protection proteins confer resistance to the host organism by directly binding to the antibiotic target. One class of such proteins are the antibiotic resistance (ARE) ATP-binding cassette ...Target protection proteins confer resistance to the host organism by directly binding to the antibiotic target. One class of such proteins are the antibiotic resistance (ARE) ATP-binding cassette (ABC) proteins of the F-subtype (ARE-ABCFs), which are widely distributed throughout Gram-positive bacteria and bind the ribosome to alleviate translational inhibition from antibiotics that target the large ribosomal subunit. Here, we present single-particle cryo-EM structures of ARE-ABCF-ribosome complexes from three Gram-positive pathogens: Enterococcus faecalis LsaA, Staphylococcus haemolyticus VgaA and Listeria monocytogenes VgaL. Supported by extensive mutagenesis analysis, these structures enable a general model for antibiotic resistance mediated by these ARE-ABCFs to be proposed. In this model, ABCF binding to the antibiotic-stalled ribosome mediates antibiotic release via mechanistically diverse long-range conformational relays that converge on a few conserved ribosomal RNA nucleotides located at the peptidyltransferase center. These insights are important for the future development of antibiotics that overcome such target protection resistance mechanisms. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12331.map.gz | 19.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12331-v30.xml emd-12331.xml | 83.5 KB 83.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12331_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12331.png | 163 KB | ||
その他 | emd_12331_additional_1.map.gz emd_12331_additional_2.map.gz emd_12331_additional_3.map.gz emd_12331_additional_4.map.gz emd_12331_additional_5.map.gz emd_12331_additional_6.map.gz emd_12331_additional_7.map.gz emd_12331_half_map_1.map.gz emd_12331_half_map_2.map.gz | 4.6 MB 6 MB 13.6 MB 16.5 MB 17.1 MB 150.3 MB 18.2 MB 141 MB 141 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12331 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12331 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7nhkMC 7nhlC 7nhmC 7nhnC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10682 (タイトル: Affinity-purified LsaA in complex with 70S ribosomes from Enterococcus faecalis Data size: 82.3 Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of LsaA bound to 70S ribosome from Entrococcus faecalis [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12331.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | LsaA in complex with 70S ribosome from Enterococcus faecalis. Post-processed with automatically estimated B-factor. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.041 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Mulitbody refinement focused on the small ribosomal subunit...
ファイル | emd_12331_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Mulitbody refinement focused on the small ribosomal subunit head (post-processed with automatically estimated B-factor). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Mulitbody refinement focused on the small ribosomal subunit...
ファイル | emd_12331_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Mulitbody refinement focused on the small ribosomal subunit body (post-processed with automatically estimated B-factor). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Mulitbody refinement focused on the large ribosomal subunit...
ファイル | emd_12331_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Mulitbody refinement focused on the large ribosomal subunit and including most of LsaA (post-processed with automatically estimated B-factor). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Subclass of main volume with empty A-site. LsaA...
ファイル | emd_12331_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Subclass of main volume with empty A-site. LsaA in complex with 70S ribosome from Enterococcus faecalis. Filtered by local resolution. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Subclass of main volume containing distorted A-site tRNA....
ファイル | emd_12331_additional_5.map | ||||||||||||
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注釈 | Subclass of main volume containing distorted A-site tRNA. LsaA in complex with 70S ribosome from Enterococcus faecalis. Filtered by local resolution. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: LsaA in complex with 70S ribosome from Enterococcus...
ファイル | emd_12331_additional_6.map | ||||||||||||
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注釈 | LsaA in complex with 70S ribosome from Enterococcus faecalis. Output from RELION Refine3D. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: LsaA in complex with 70S ribosome from Enterococcus...
ファイル | emd_12331_additional_7.map | ||||||||||||
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注釈 | LsaA in complex with 70S ribosome from Enterococcus faecalis. Filtered by local resolution. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: LsaA in complex with 70S ribosome from Enterococcus...
ファイル | emd_12331_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | LsaA in complex with 70S ribosome from Enterococcus faecalis. Half map 1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: LsaA in complex with 70S ribosome from Enterococcus...
ファイル | emd_12331_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | LsaA in complex with 70S ribosome from Enterococcus faecalis. Half map 2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : LsaA-in complex with 70S ribosome, mRNA, and tRNA
+超分子 #1: LsaA-in complex with 70S ribosome, mRNA, and tRNA
+分子 #1: ABC-F type ribosomal protection protein Lsa(A)
+分子 #2: 50S ribosomal protein L29
+分子 #3: 50S ribosomal protein L30
+分子 #4: 50S ribosomal protein L32
+分子 #5: 50S ribosomal protein L33
+分子 #6: 50S ribosomal protein L34
+分子 #7: 50S ribosomal protein L35
+分子 #8: 50S ribosomal protein L36
+分子 #11: 50S ribosomal protein L2
+分子 #12: 50S ribosomal protein L3
+分子 #13: 50S ribosomal protein L4
+分子 #14: 50S ribosomal protein L5
+分子 #15: 50S ribosomal protein L6
+分子 #16: 50S ribosomal protein L13
+分子 #17: 50S ribosomal protein L14
+分子 #18: 50S ribosomal protein L15
+分子 #19: 50S ribosomal protein L16
+分子 #20: 50S ribosomal protein L17
+分子 #21: 50S ribosomal protein L18
+分子 #22: 50S ribosomal protein L19
+分子 #23: 50S ribosomal protein L20
+分子 #24: 50S ribosomal protein L21
+分子 #25: 50S ribosomal protein L22
+分子 #26: 50S ribosomal protein L23
+分子 #27: 50S ribosomal protein L24
+分子 #28: 50S ribosomal protein L27
+分子 #29: 50S ribosomal protein L28
+分子 #31: 30S ribosomal protein S2
+分子 #32: 30S ribosomal protein S3
+分子 #33: 30S ribosomal protein S4
+分子 #34: 30S ribosomal protein S5
+分子 #35: 30S ribosomal protein S6
+分子 #36: 30S ribosomal protein S7
+分子 #37: 30S ribosomal protein S8
+分子 #38: 30S ribosomal protein S9
+分子 #39: 30S ribosomal protein S10
+分子 #40: 30S ribosomal protein S11
+分子 #41: 30S ribosomal protein S12
+分子 #42: 30S ribosomal protein S13
+分子 #43: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #44: 30S ribosomal protein S15
+分子 #45: 30S ribosomal protein S16
+分子 #46: 30S ribosomal protein S17
+分子 #47: 30S ribosomal protein S18
+分子 #48: 30S ribosomal protein S19
+分子 #49: 30S ribosomal protein S20
+分子 #52: 50S ribosomal protein L1
+分子 #53: 50S ribosomal protein L31 type B
+分子 #9: 23S rRNA
+分子 #10: 5S rRNA
+分子 #30: 16S rRNA
+分子 #50: tRNA-fMETi
+分子 #51: RNA (5'-R(P*GP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*UP*GP*AP*CP*AP*A)-3')
+分子 #54: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #55: MAGNESIUM ION
+分子 #56: ZINC ION
+分子 #57: POTASSIUM ION
+分子 #58: 1,4-DIAMINOBUTANE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: 5s blotting. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -2.2 µm 最小 デフォーカス(公称値): -0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 130000 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 38.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |