[日本語] English
万見
- EMDB-12158: CryoEM structure of Mycobacterium tuberculosis UMP Kinase (UMPK) ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12158
タイトルCryoEM structure of Mycobacterium tuberculosis UMP Kinase (UMPK) in complex with UDP and UTP
マップデータ
試料
  • 複合体: UMPK-UDP-UTP
    • タンパク質・ペプチド: Uridylate kinase
  • リガンド: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


UMP kinase / UMP kinase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Uridylate kinase, bacteria / Uridylate kinase / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Bous J / Trapani S / Walter P / Bron P / Munier-Lehmann H
資金援助European Union, フランス, 2件
OrganizationGrant number国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN675555European Union
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-INBS-05 フランス
引用ジャーナル: FEBS J / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the allosteric inhibition of UMP kinase from Gram-positive bacteria, a promising antibacterial target.
著者: Patrick Walter / Ariel Mechaly / Julien Bous / Ahmed Haouz / Patrick England / Joséphine Lai-Kee-Him / Aurélie Ancelin / Sylviane Hoos / Bruno Baron / Stefano Trapani / Patrick Bron / ...著者: Patrick Walter / Ariel Mechaly / Julien Bous / Ahmed Haouz / Patrick England / Joséphine Lai-Kee-Him / Aurélie Ancelin / Sylviane Hoos / Bruno Baron / Stefano Trapani / Patrick Bron / Gilles Labesse / Hélène Munier-Lehmann /
要旨: Tuberculosis claims significantly more than one million lives each year. A feasible way to face the issue of drug resistance is the development of new antibiotics. Bacterial uridine 5'-monophosphate ...Tuberculosis claims significantly more than one million lives each year. A feasible way to face the issue of drug resistance is the development of new antibiotics. Bacterial uridine 5'-monophosphate (UMP) kinase is a promising target for novel antibiotic discovery as it is essential for bacterial survival and has no counterpart in human cells. The UMP kinase from M. tuberculosis is also a model of particular interest for allosteric regulation with two effectors, GTP (positive) and UTP (negative). In this study, using X-ray crystallography and cryo-electron microscopy, we report for the first time a detailed description of the negative effector UTP-binding site of a typical Gram-positive behaving UMP kinase. Comparison between this snapshot of low affinity for Mg-ATP with our previous 3D-structure of the GTP-bound complex of high affinity for Mg-ATP led to a better understanding of the cooperative mechanism and the allosteric regulation of UMP kinase. Thermal shift assay and circular dichroism experiments corroborate our model of an inhibition by UTP linked to higher flexibility of the Mg-ATP-binding domain. These new structural insights provide valuable knowledge for future drug discovery strategies targeting bacterial UMP kinases.
履歴
登録2020年12月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2022年8月24日-
現状2022年8月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0305
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0305
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7bes
  • 表面レベル: 0.0305
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7bes
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12158.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12158.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.052 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0305 / ムービー #1: 0.0305
最小 - 最大-0.119342916 - 0.22620551
平均 (標準偏差)1.4483821e-05 (±0.0057450947)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 273.52002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0521.0521.052
M x/y/z260260260
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z273.520273.520273.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS260260260
D min/max/mean-0.1190.2260.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_12158_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_12158_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_12158_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : UMPK-UDP-UTP

全体名称: UMPK-UDP-UTP
要素
  • 複合体: UMPK-UDP-UTP
    • タンパク質・ペプチド: Uridylate kinase
  • リガンド: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE

-
超分子 #1: UMPK-UDP-UTP

超分子名称: UMPK-UDP-UTP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21/pDIA17
分子量理論値: 177.558 KDa

-
分子 #1: Uridylate kinase

分子名称: Uridylate kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: UMP kinase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 29.625893 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MTEPDVAGAP ASKPEPASTG AASAAQLSGY SRVLLKLGGE MFGGGQVGLD PDVVAQVARQ IADVVRGGV QIAVVIGGGN FFRGAQLQQL GMERTRSDYM GMLGTVMNSL ALQDFLEKEG IVTRVQTAIT MGQVAEPYLP L RAVRHLEK ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MTEPDVAGAP ASKPEPASTG AASAAQLSGY SRVLLKLGGE MFGGGQVGLD PDVVAQVARQ IADVVRGGV QIAVVIGGGN FFRGAQLQQL GMERTRSDYM GMLGTVMNSL ALQDFLEKEG IVTRVQTAIT MGQVAEPYLP L RAVRHLEK GRVVIFGAGM GLPYFSTDTT AAQRALEIGA DVVLMAKAVD GVFAEDPRVN PEAELLTAVS HREVLDRGLR VA DATAFSL CMDNGMPILV FNLLTDGNIA RAVRGEKIGT LVTT

-
分子 #2: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: UDP
分子量理論値: 404.161 Da
Chemical component information

ChemComp-UDP:
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP / UDP*YM / ウリジン二リン酸

-
分子 #3: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: UTP
分子量理論値: 484.141 Da
Chemical component information

ChemComp-UTP:
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / UTP*YM / ウリジン三リン酸

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式
20.0 mMNa2HPO4
100.0 mMNaCl塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 53.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 793915
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 108000 / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 88841
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / 温度因子: 87.61
得られたモデル

PDB-7bes:
CryoEM structure of Mycobacterium tuberculosis UMP Kinase (UMPK) in complex with UDP and UTP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る