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万見
- EMDB-1175: Structure of epsilon15 bacteriophage reveals genome organization ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1175
タイトルStructure of epsilon15 bacteriophage reveals genome organization and DNA packaging/injection apparatus.
マップデータDensity map of Epsilon15 phage
試料
  • 試料: Bacteriophage Epsilon15
  • ウイルス: Salmonella phage epsilon15 (ファージ)
  • タンパク質・ペプチド: portal
  • タンパク質・ペプチド: tailspike
  • タンパク質・ペプチド: tail hub
  • タンパク質・ペプチド: core
  • DNA: dsDNA genome
生物種Salmonella phage epsilon15 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Jiang W / Chang J / Jakana J / Weigele P / King J / Chiu W
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Structure of epsilon15 bacteriophage reveals genome organization and DNA packaging/injection apparatus.
著者: Wen Jiang / Juan Chang / Joanita Jakana / Peter Weigele / Jonathan King / Wah Chiu /
要旨: The critical viral components for packaging DNA, recognizing and binding to host cells, and injecting the condensed DNA into the host are organized at a single vertex of many icosahedral viruses. ...The critical viral components for packaging DNA, recognizing and binding to host cells, and injecting the condensed DNA into the host are organized at a single vertex of many icosahedral viruses. These component structures do not share icosahedral symmetry and cannot be resolved using a conventional icosahedral averaging method. Here we report the structure of the entire infectious Salmonella bacteriophage epsilon15 (ref. 1) determined from single-particle cryo-electron microscopy, without icosahedral averaging. This structure displays not only the icosahedral shell of 60 hexamers and 11 pentamers, but also the non-icosahedral components at one pentameric vertex. The densities at this vertex can be identified as the 12-subunit portal complex sandwiched between an internal cylindrical core and an external tail hub connecting to six projecting trimeric tailspikes. The viral genome is packed as coaxial coils in at least three outer layers with approximately 90 terminal nucleotides extending through the protein core and the portal complex and poised for injection. The shell protein from icosahedral reconstruction at higher resolution exhibits a similar fold to that of other double-stranded DNA viruses including herpesvirus, suggesting a common ancestor among these diverse viruses. The image reconstruction approach should be applicable to studying other biological nanomachines with components of mixed symmetries.
履歴
登録2005年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年11月3日-
マップ公開2006年11月3日-
更新2012年10月3日-
現状2012年10月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1175.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1175.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 89 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density map of Epsilon15 phage
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.08 Å
密度
表面レベル1: 0.467 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-1.78221 - 1.96078
平均 (標準偏差)0.00880378 (±0.236622)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-144-144-144
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 1175.04 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.084.084.08
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1175.0401175.0401175.040
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-77-770
NX/NY/NZ15515578
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-144-144-144
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-1.7821.9610.009

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage Epsilon15

全体名称: Bacteriophage Epsilon15
要素
  • 試料: Bacteriophage Epsilon15
  • ウイルス: Salmonella phage epsilon15 (ファージ)
  • タンパク質・ペプチド: portal
  • タンパク質・ペプチド: tailspike
  • タンパク質・ペプチド: tail hub
  • タンパク質・ペプチド: core
  • DNA: dsDNA genome

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超分子 #1000: Bacteriophage Epsilon15

超分子名称: Bacteriophage Epsilon15 / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: intact Epsilon15 phage particle with both icosahedral and non-icosahedral components
集合状態: icosahedral shell and12 fold portal and 6 fold tail and internal core and dsDNA genome
Number unique components: 6
分子量理論値: 500 KDa

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超分子 #1: Salmonella phage epsilon15

超分子名称: Salmonella phage epsilon15 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 215158 / 生物種: Salmonella phage epsilon15 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Salmonella (サルモネラ菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)

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分子 #1: portal

分子名称: portal / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 集合状態: 12 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Salmonella phage epsilon15 (ファージ)

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分子 #2: tailspike

分子名称: tailspike / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 18 / 集合状態: 3 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Salmonella phage epsilon15 (ファージ)

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分子 #3: tail hub

分子名称: tail hub / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Salmonella phage epsilon15 (ファージ)

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分子 #4: core

分子名称: core / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Salmonella phage epsilon15 (ファージ)

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分子 #5: dsDNA genome

分子名称: dsDNA genome / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Salmonella phage epsilon15 (ファージ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris pH7.5, 25 mM NaCl and 5 mM MgCl2
グリッド詳細: Quantifoil R2/2 grid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 100 K
詳細imaged using JAMES software
日付2004年12月18日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 950 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / 詳細: Direct recording on Gatan 4k CCD / ビット/ピクセル: 12
Tilt angle min0
Tilt angle max0

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画像解析

CTF補正詳細: per particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SAVR / 使用した粒子像数: 15000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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