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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11085 | |||||||||
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タイトル | Radial spoke head structure with 2-fold symmetization | |||||||||
マップデータ | This is the map of the radial spoke from cilia with 2-fold symmetry applied. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Poghosyan E / Ishikawa T | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: J Cell Sci / 年: 2020 タイトル: The structure and symmetry of the radial spoke protein complex in flagella. 著者: Emiliya Poghosyan / Ioan Iacovache / Lenka Faltova / Alexander Leitner / Pinfen Yang / Dennis R Diener / Ruedi Aebersold / Benoit Zuber / Takashi Ishikawa / 要旨: The radial spoke is a key element in a transducer apparatus controlling the motility of eukaryotic cilia. The transduction biomechanics is a long-standing question in cilia biology. The radial spoke ...The radial spoke is a key element in a transducer apparatus controlling the motility of eukaryotic cilia. The transduction biomechanics is a long-standing question in cilia biology. The radial spoke has three regions - a spoke head, a bifurcated neck and a stalk. Although the neck and the stalk are asymmetric, twofold symmetry of the head has remained controversial. In this work we used single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) analysis to generate a 3D structure of the whole radial spoke at unprecedented resolution. We show the head region at 15 Å (1.5 nm) resolution and confirm twofold symmetry. Using distance constraints generated by cross-linking mass spectrometry, we locate two components, RSP2 and RSP4, at the head and neck regions. Our biophysical analysis of isolated RSP4, RSP9, and RSP10 affirmed their oligomeric state. Our results enable us to redefine the boundaries of the regions and propose a model of organization of the radial spoke component proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11085.map.gz | 13.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11085-v30.xml emd-11085.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11085.png | 85.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11085 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11085 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11085.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the map of the radial spoke from cilia with 2-fold symmetry applied. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Radial spoke of cilia
全体 | 名称: Radial spoke of cilia |
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要素 |
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-超分子 #1: Radial spoke of cilia
超分子 | 名称: Radial spoke of cilia / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Radial spoke extracted from Chlamydomonas flagella/cilia |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) Organelle: flagella/cilia |
分子量 | 実験値: 1.2 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM MgSO4, 1 mM BME, 0.5 mM EDTA, 25 mM KCl |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 20 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
詳細 | Solution of protein complexes isolated from natural source |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 736 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 / 詳細: 7 frames/sec |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 240000 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: subtomogram averaging |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 12300 |