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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10930 | |||||||||
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タイトル | Cohesin complex with loader gripping DNA | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 pericentric heterochromatin => GO:0005721 / meiotic cohesin complex => GO:0030893 / mitotic cohesin dsDNA (leading strand) loading / positive regulation of mitotic cohesin loading / Cohesin Loading onto Chromatin / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic cohesin ssDNA (lagging strand) loading / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / mitotic cohesin complex => GO:0030892 / : ...pericentric heterochromatin => GO:0005721 / meiotic cohesin complex => GO:0030893 / mitotic cohesin dsDNA (leading strand) loading / positive regulation of mitotic cohesin loading / Cohesin Loading onto Chromatin / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic cohesin ssDNA (lagging strand) loading / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / mitotic cohesin complex => GO:0030892 / : / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / nucleus leading edge / SMC loading complex / mitotic telomere tethering at nuclear periphery / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / mitotic cohesin loading / cohesin loader activity / heterochromatin island / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic cohesin complex / cohesin complex / chromosome, subtelomeric region / establishment of protein localization to chromatin / rDNA heterochromatin / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / condensed chromosome, centromeric region / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / nuclear chromosome / mitotic sister chromatid segregation / enzyme regulator activity / pericentric heterochromatin / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / 染色体 / double-stranded DNA binding / 細胞分裂 / DNA damage response / chromatin binding / クロマチン / DNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) / Synthetic construct (人工物) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.94 Å | |||||||||
データ登録者 | Higashi TL / Eickhoff P / Sousa JS / Costa A / Uhlmann F | |||||||||
資金援助 | 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020 タイトル: A Structure-Based Mechanism for DNA Entry into the Cohesin Ring. 著者: Torahiko L Higashi / Patrik Eickhoff / Joana S Sousa / Julia Locke / Andrea Nans / Helen R Flynn / Ambrosius P Snijders / George Papageorgiou / Nicola O'Reilly / Zhuo A Chen / Francis J ...著者: Torahiko L Higashi / Patrik Eickhoff / Joana S Sousa / Julia Locke / Andrea Nans / Helen R Flynn / Ambrosius P Snijders / George Papageorgiou / Nicola O'Reilly / Zhuo A Chen / Francis J O'Reilly / Juri Rappsilber / Alessandro Costa / Frank Uhlmann / 要旨: Despite key roles in sister chromatid cohesion and chromosome organization, the mechanism by which cohesin rings are loaded onto DNA is still unknown. Here we combine biochemical approaches and ...Despite key roles in sister chromatid cohesion and chromosome organization, the mechanism by which cohesin rings are loaded onto DNA is still unknown. Here we combine biochemical approaches and cryoelectron microscopy (cryo-EM) to visualize a cohesin loading intermediate in which DNA is locked between two gates that lead into the cohesin ring. Building on this structural framework, we design experiments to establish the order of events during cohesin loading. In an initial step, DNA traverses an N-terminal kleisin gate that is first opened upon ATP binding and then closed as the cohesin loader locks the DNA against the ATPase gate. ATP hydrolysis will lead to ATPase gate opening to complete DNA entry. Whether DNA loading is successful or results in loop extrusion might be dictated by a conserved kleisin N-terminal tail that guides the DNA through the kleisin gate. Our results establish the molecular basis for cohesin loading onto DNA. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10930.map.gz | 167.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10930-v30.xml emd-10930.xml | 28.7 KB 28.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10930.png | 174.6 KB | ||
その他 | emd_10930_additional.map.gz emd_10930_half_map_1.map.gz emd_10930_half_map_2.map.gz | 11.5 MB 165 MB 165 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10930 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10930 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10930.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: density modified map produced with Phenix resolve cryo-EM tool
ファイル | emd_10930_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | density modified map produced with Phenix resolve cryo-EM tool | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10930_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_10930_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Cohesin complex with loader gripping DNA
+超分子 #1: Cohesin complex with loader gripping DNA
+超分子 #2: Cohesin subunit rad21, Structural maintenance of chromosomes prot...
+超分子 #3: DNA (32-MER)
+超分子 #4: Sister chromatid cohesion protein mis4
+分子 #1: Cohesin subunit rad21
+分子 #2: Sister chromatid cohesion protein mis4
+分子 #3: Structural maintenance of chromosomes protein 1
+分子 #4: Structural maintenance of chromosomes protein 3
+分子 #5: DNA (32-MER)
+分子 #6: DNA (32-MER)
+分子 #7: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
+分子 #8: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 33.8 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 883184 |
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初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 255148 |