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万見
- EMDB-1087: Three-dimensional structure of the bacterial multidrug transporte... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1087
タイトルThree-dimensional structure of the bacterial multidrug transporter EmrE shows it is an asymmetric homodimer.
マップデータDensity map of the asymmetric dimer of EmrE,a multidrug transporter from Escherichia coli
試料
  • 試料: EmrE from E. coli containing the bound substrate tetraphenylphosphonium
  • タンパク質・ペプチド: EmrE
機能・相同性
機能・相同性情報


EmrE multidrug transporter complex / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transmembrane transporter activity ...EmrE multidrug transporter complex / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / xenobiotic metabolic process / transmembrane transport / cellular response to xenobiotic stimulus / membrane => GO:0016020 / response to xenobiotic stimulus / DNA damage response / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Small drug/metabolite transporter protein family / Small drug/metabolite transporter protein family / Small multidrug resistance protein / Small Multidrug Resistance protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug transporter EmrE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Ubarretxena-Belandia I / Baldwin JM / Schuldiner S / Tate CG
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2003
タイトル: Three-dimensional structure of the bacterial multidrug transporter EmrE shows it is an asymmetric homodimer.
著者: Iban Ubarretxena-Belandia / Joyce M Baldwin / Shimon Schuldiner / Christopher G Tate /
要旨: The small multidrug resistance family of transporters is widespread in bacteria and is responsible for bacterial resistance to toxic aromatic cations by proton-linked efflux. We have determined the ...The small multidrug resistance family of transporters is widespread in bacteria and is responsible for bacterial resistance to toxic aromatic cations by proton-linked efflux. We have determined the three-dimensional (3D) structure of the Escherichia coli multidrug transporter EmrE by electron cryomicroscopy of 2D crystals, including data to 7.0 A resolution. The structure of EmrE consists of a bundle of eight transmembrane alpha-helices with one substrate molecule bound near the centre. The substrate binding chamber is formed from six helices and is accessible both from the aqueous phase and laterally from the lipid bilayer. The most remarkable feature of the structure of EmrE is that it is an asymmetric homodimer. The possible arrangement of the two polypeptides in the EmrE dimer is discussed based on the 3D density map.
履歴
登録2004年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2004年6月10日-
マップ公開2004年6月10日-
更新2013年10月2日-
現状2013年10月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 70
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 70
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2i68
  • 表面レベル: 70
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1087.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1087.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 579.1 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density map of the asymmetric dimer of EmrE,a multidrug transporter from Escherichia coli
ボクセルのサイズX: 0.48067 Å / Y: 0.57867 Å / Z: 2.5 Å
密度
表面レベル登録者による: 59.700000000000003 / ムービー #1: 70
最小 - 最大-156.908599850000002 - 250.000015259999998
平均 (標準偏差)-2.69374633 (±47.366405489999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-63-2-10
サイズ898121
Spacing15015080
セルA: 72.10005 Å / B: 86.80005 Å / C: 200.0 Å
α: 90.0 ° / β: 90.0 ° / γ: 107.3 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.480666666666670.578666666666672.5
M x/y/z15015080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z72.10086.800200.000
α/β/γ90.00090.000107.300
start NX/NY/NZ-63-2-10
NX/NY/NZ898121
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-2-63-10
NC/NR/NS818921
D min/max/mean-156.909250.000-2.694

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EmrE from E. coli containing the bound substrate tetraphenylphosp...

全体名称: EmrE from E. coli containing the bound substrate tetraphenylphosphonium
要素
  • 試料: EmrE from E. coli containing the bound substrate tetraphenylphosphonium
  • タンパク質・ペプチド: EmrE

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超分子 #1000: EmrE from E. coli containing the bound substrate tetraphenylphosp...

超分子名称: EmrE from E. coli containing the bound substrate tetraphenylphosphonium
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: EmrE in the 2D crystals is in a functional state with the substrate (TPP+) bound in a binding pocket formed from 6 out of the 8 helices in the asymmetric dimer.
集合状態: Asymmetric homodimer / Number unique components: 1
分子量理論値: 15.2 KDa

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分子 #1: EmrE

分子名称: EmrE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: MvrC, EB
詳細: 4-helix integral membrane protein; The engineered EmrE is fully functional as assessed by in vivo and in vitro transport assays
コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 細胞中の位置: Inner membrane
分子量実験値: 15.2 KDa / 理論値: 15.2 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pT7-7
配列UniProtKB: Multidrug transporter EmrE / GO: membrane => GO:0016020 / InterPro: Small drug/metabolite transporter protein family

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Sodium phosphate pH7.5, 100 mM NaCl, 2mM MgCl2, 1mM EDTA, 1 mM Na azide, 10uM tetraphenylphosphonium
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Crystals on carbon support were washed with 1% glucose pH 8 (aq ammonia) containing 25ug/ml bacitracin, 2 times 20ul, and blotted to dryness
グリッド詳細: 300 mesh molybdenum grid
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 45 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: manual. Performed at room temperature
手法: Blot to dryness for 10 seconds before freezing
詳細2D crystals were grown in suspension by dialysis
結晶化詳細: 2D crystals were grown in suspension by dialysis

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 57400 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle max: 46 / Tilt series - Axis1 - Min angle: 0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 46 °
温度最低: 77 K / 最高: 77 K / 平均: 77 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 47 / 平均電子線量: 15 e/Å2
Tilt angle min0
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

結晶パラメータ単位格子 - A: 72.1 Å / 単位格子 - B: 86.8 Å / 単位格子 - γ: 107.3 ° / 面群: P 2
CTF補正詳細: CTFFIND2 on each image
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MRC
詳細: Resolution in the membrane plane is 7.5 angstroms and 16 angstroms perpendicular to the membrane plane

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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