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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10423 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the dArc1 capsid | ||||||||||||
マップデータ | dArc1 Capsid | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 postsynapse of neuromuscular junction / muscle system process / behavioral response to starvation / vesicle-mediated intercellular transport / regulation of neuronal synaptic plasticity / mRNA transport / sarcomere / extracellular vesicle / mRNA binding / シナプス ...postsynapse of neuromuscular junction / muscle system process / behavioral response to starvation / vesicle-mediated intercellular transport / regulation of neuronal synaptic plasticity / mRNA transport / sarcomere / extracellular vesicle / mRNA binding / シナプス / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Erlendsson S / Morado DR / Shepherd JD / Briggs JAG | ||||||||||||
資金援助 | デンマーク, 米国, 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Neurosci / 年: 2020 タイトル: Structures of virus-like capsids formed by the Drosophila neuronal Arc proteins. 著者: Simon Erlendsson / Dustin R Morado / Harrison B Cullen / Cedric Feschotte / Jason D Shepherd / John A G Briggs / 要旨: Arc, a neuronal gene that is critical for synaptic plasticity, originated through the domestication of retrotransposon Gag genes and mediates intercellular messenger RNA transfer. We report high- ...Arc, a neuronal gene that is critical for synaptic plasticity, originated through the domestication of retrotransposon Gag genes and mediates intercellular messenger RNA transfer. We report high-resolution structures of retrovirus-like capsids formed by Drosophila dArc1 and dArc2 that have surface spikes and putative internal RNA-binding domains. These data demonstrate that virus-like capsid-forming properties of Arc are evolutionarily conserved and provide a structural basis for understanding their function in intercellular communication. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10423.map.gz | 340.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10423-v30.xml emd-10423.xml | 17.5 KB 17.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10423.png | 163.2 KB | ||
その他 | emd_10423_additional.map.gz | 404.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10423 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10423 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10423.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | dArc1 Capsid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.211 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: dArc1 Capsid unsharpened
ファイル | emd_10423_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | dArc1 Capsid unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : dArc1 Capsids
全体 | 名称: dArc1 Capsids |
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要素 |
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-超分子 #1: dArc1 Capsids
超分子 | 名称: dArc1 Capsids / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
-分子 #1: Activity-regulated cytoskeleton associated protein 1
分子 | 名称: Activity-regulated cytoskeleton associated protein 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 28.921201 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAQLTQMTNE QLRELIEAVR AAAVGAAGSA AAAGGADASR GKGNFSACTH SFGGTRDHDV VEEFIGNIET YKDVEGISDE NALKGISLL FYGMASTWWQ GVRKEATTWK EAIALIREHF SPTKPAYQIY MEFFQNKQDD HDPIDTFVIQ KRALLAQLPS G RHDEETEL ...文字列: MAQLTQMTNE QLRELIEAVR AAAVGAAGSA AAAGGADASR GKGNFSACTH SFGGTRDHDV VEEFIGNIET YKDVEGISDE NALKGISLL FYGMASTWWQ GVRKEATTWK EAIALIREHF SPTKPAYQIY MEFFQNKQDD HDPIDTFVIQ KRALLAQLPS G RHDEETEL DLLFGLLNIK YRKHISRHSV HTFKDLLEQG RIIEHNNQED EEQLATAKNT RGSKRTTRCT YCSFRGHTFD NC RKRQKDR QEEQHEE |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: 25 mA | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | dArc1 capsids are prepared from purified protein. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-75 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 46718 | ||||||
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CTF補正 | ソフトウェア:
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) | ||||||
最終 3次元分類 | 詳細: See Materials & Methods | ||||||
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) | ||||||
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 37773 |