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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10417 | |||||||||
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タイトル | GroEL map obtained using the Preassis method for grid preparation | |||||||||
マップデータ | GroEL map obtained using the Preassis method for sample preparation | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / フォールディング / response to heat ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / フォールディング / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao J / Xu H / Carroni M / Zou X | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: A simple pressure-assisted method for MicroED specimen preparation. 著者: Jingjing Zhao / Hongyi Xu / Hugo Lebrette / Marta Carroni / Helena Taberman / Martin Högbom / Xiaodong Zou / 要旨: Micro-crystal electron diffraction (MicroED) has shown great potential for structure determination of macromolecular crystals too small for X-ray diffraction. However, specimen preparation remains a ...Micro-crystal electron diffraction (MicroED) has shown great potential for structure determination of macromolecular crystals too small for X-ray diffraction. However, specimen preparation remains a major bottleneck. Here, we report a simple method for preparing MicroED specimens, named Preassis, in which excess liquid is removed through an EM grid with the assistance of pressure. We show the ice thicknesses can be controlled by tuning the pressure in combination with EM grids with appropriate carbon hole sizes. Importantly, Preassis can handle a wide range of protein crystals grown in various buffer conditions including those with high viscosity, as well as samples with low crystal concentrations. Preassis is a simple and universal method for MicroED specimen preparation, and will significantly broaden the applications of MicroED. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10417.map.gz | 25.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10417-v30.xml emd-10417.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10417_fsc.xml | 12.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10417.png | 89 KB | ||
マスクデータ | emd_10417_msk_1.map | 163.6 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_10417_additional_1.map.gz emd_10417_half_map_1.map.gz emd_10417_half_map_2.map.gz | 153.2 MB 129.3 MB 129.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10417 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10417 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10417.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | GroEL map obtained using the Preassis method for sample preparation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10417_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: postprocessed unmasked GroEL map obtained using the Preassis...
ファイル | emd_10417_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | postprocessed unmasked GroEL map obtained using the Preassis method for sample preparation | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 GroEL map obtained using the...
ファイル | emd_10417_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 GroEL map obtained using the Preassis method for sample preparation | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 GroEL map obtained using the...
ファイル | emd_10417_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 GroEL map obtained using the Preassis method for sample preparation | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : GroEL
全体 | 名称: GroEL |
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要素 |
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-超分子 #1: GroEL
超分子 | 名称: GroEL / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | Specimen prepared using the novel freezing system Preassis |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |