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- EMDB-10281: Pseudomonas aeruginosa 30s ribosome from an aminoglycoside resist... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10281
タイトルPseudomonas aeruginosa 30s ribosome from an aminoglycoside resistant clinical isolate
マップデータ
試料
  • 複合体: Pseudomonas aeruginosa 70s ribosome from a clinical isolate
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 20種
機能・相同性
機能・相同性情報


small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. ...Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / : / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / KHドメイン / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S19 signature. / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S13-like, H2TH / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / S4 RNA-binding domain / Ribosomal protein S11 / RNA-binding S4 domain / Ribosomal protein S13 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS5 ...Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginos (緑膿菌) / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Halfon Y / Jimenez-Fernande A / La Ros R / Espinos R / Krogh Johansen H / Matzov D / Eyal Z / Bashan A / Zimmerman E / Belousoff M ...Halfon Y / Jimenez-Fernande A / La Ros R / Espinos R / Krogh Johansen H / Matzov D / Eyal Z / Bashan A / Zimmerman E / Belousoff M / Molin S / Yonath A
資金援助 デンマーク, 4件
OrganizationGrant number国
Danish Council for Independent ResearchDFF-4181-00115 デンマーク
European Research Council322581
Novo Nordisk Foundation デンマーク
European UnioniNEXT, project number 653706, funded by the Horizon 2020 programme of the European Union
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Structure of ribosomes from an aminoglycoside-resistant clinical isolate.
著者: Yehuda Halfon / Alicia Jimenez-Fernandez / Ruggero La Rosa / Rocio Espinosa Portero / Helle Krogh Johansen / Donna Matzov / Zohar Eyal / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Matthew Belousoff / ...著者: Yehuda Halfon / Alicia Jimenez-Fernandez / Ruggero La Rosa / Rocio Espinosa Portero / Helle Krogh Johansen / Donna Matzov / Zohar Eyal / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Matthew Belousoff / Søren Molin / Ada Yonath /
要旨: Resistance to antibiotics has become a major threat to modern medicine. The ribosome plays a fundamental role in cell vitality by the translation of the genetic code into proteins; hence, it is a ...Resistance to antibiotics has become a major threat to modern medicine. The ribosome plays a fundamental role in cell vitality by the translation of the genetic code into proteins; hence, it is a major target for clinically useful antibiotics. We report here the cryo-electron microscopy structures of the ribosome of a pathogenic aminoglycoside (AG)-resistant strain, as well as of a nonresistance strain isolated from a cystic fibrosis patient. The structural studies disclosed defective ribosome complex formation due to a conformational change of rRNA helix H69, an essential intersubunit bridge, and a secondary binding site of the AGs. In addition, a stable conformation of nucleotides A1486 and A1487, pointing into helix h44, is created compared to a non-AG-bound ribosome. We suggest that altering the conformations of ribosomal protein uL6 and rRNA helix H69, which interact with initiation-factor IF2, interferes with proper protein synthesis initiation.
履歴
登録2019年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月16日-
マップ公開2019年10月16日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00936
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.00936
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  • 原子モデル: PDB-6spc
  • 表面レベル: 0.00936
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10281.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10281.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00936 / ムービー #1: 0.00936
最小 - 最大-0.3524149 - 0.6028073
平均 (標準偏差)0.00027936438 (±0.00864193)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z440.000440.000440.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.3520.6030.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pseudomonas aeruginosa 70s ribosome from a clinical isolate

全体名称: Pseudomonas aeruginosa 70s ribosome from a clinical isolate
要素
  • 複合体: Pseudomonas aeruginosa 70s ribosome from a clinical isolate
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21

+
超分子 #1: Pseudomonas aeruginosa 70s ribosome from a clinical isolate

超分子名称: Pseudomonas aeruginosa 70s ribosome from a clinical isolate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginos (緑膿菌)

+
分子 #1: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 492.386594 KDa
配列文字列: AAAGAGUUUG AUCAUGGCUC AGAUUGAACG CUGGCGGCAG GCCUAACAAU GCAAGUCAGC GGAUAAAGGG AGCUUGCUCC UGGAUUCAG CGGCAGACGG GUGAGUAAUG CCUAGGAAUC UGCCUGGUAG UGGGGGAUAA CGUCCGGAAA CGGGCGCUAA U ACCGCAUA ...文字列:
AAAGAGUUUG AUCAUGGCUC AGAUUGAACG CUGGCGGCAG GCCUAACAAU GCAAGUCAGC GGAUAAAGGG AGCUUGCUCC UGGAUUCAG CGGCAGACGG GUGAGUAAUG CCUAGGAAUC UGCCUGGUAG UGGGGGAUAA CGUCCGGAAA CGGGCGCUAA U ACCGCAUA CGUCCUGAGG GAGAAAGUGG GGGAUCUUCG GACCUCACGC UAUCAGAUGA GCCUAGGUCG GAUUAGCUAG UU GGUGGGG UAAAGGCCUA CCAAGGCGAC GAUCCGUAAC UGGUCUGAGA GGAUGAUCAG UCACACUGGA ACUGAGACAC GGU CCAGAC UCCUACGGGA GGCAGCAGUG GGGAAUAUUG GACAAUGGGC GAAAGCCUGA UCCAGCCAUG CCGCGUGUGU GAAG AAGGU CUUCGGAUUG UAAAGCACUU UAAGUUGGGA GGAAGGGCAG UAAGUUAAUA CCUUGCUGUU UUGACGUUAC CAACA GAAU AAGCACCGGC UAACUUCGUG CCAGCAGCCG CGGUAAUACG AAGGGUGCAA GCGUUAAUCG GAAUUACUGG GCGUAA AGC GCGCGUAGGU GGUUCAGCAA GUUGGAUGUG AAAUCCCCGG GCUCAACCUG GGAACUGCAU CCAAAACUAC UGAGCUA GA GUACGGUAGA GGGUGGUGGA AUUUCCUGUG UAGCGGUGAA AUGCGUAGAU AUAGGAAGGA ACACCAGUGG CGAAGGCG A CCACCUGGAC UGAUACUGAC ACUGAGGUGC GAAAGCGUGG GGAGCAAACA GGAUUAGAUA CCCUGGUAGU CCACGCCGU AAACGAUGUC GACUAGCCGU UGGGAUCCUU GAGAUCUUAG UGGCGCAGCU AACGCGAUAA GUCGACCGCC UGGGGAGUAC GGCCGCAAG GUUAAAACUC AAAUGAAUUG ACGGGGGCCC GCACAAGCGG UGGAGCAUGU GGUUUAAUUC GAAGCAACGC G AAGAACCU UACCUGGCCU UGACAUGCUG AGAACUUUCC AGAGAUGGAU UGGUGCCUUC GGGAACUCAG ACACAGGUGC UG CAUGGCU GUCGUCAGCU CGUGUCGUGA GAUGUUGGGU UAAGUCCCGU AACGAGCGCA ACCCUUGUCC UUAGUUACCA GCA CCUCGG GUGGGCACUC UAAGGAGACU GCCGGUGACA AACCGGAGGA AGGUGGGGAU GACGUCAAGU CAUCAUGGCC CUUA CGGCC AGGGCUACAC ACGUGCUACA AUGGUCGGUA CAAAGGGUUG CCAAGCCGCG AGGUGGAGCU AAUCCCAUAA AACCG AUCG UAGUCCGGAU CGCAGUCUGC AACUCGACUG CGUGAAGUCG GAAUCGCUAG UAAUCGUGAA UCAGAAUGUC ACGGUG AAU ACGUUCCCGG GCCUUGUACA CACCGCCCGU CACACCAUGG GAGUGGGUUG CUCCAGAAGU AGCUAGUCUA ACCGCAA GG GGGACGGUUA CCACGGAGUG AUUCAUGACU GGGGUGAAGU CGUAACAAGG UAGCCGUAGG GGAACCUGCG GCUGGAU

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 24.760713 KDa
配列文字列: QVNMRDMLKA GVHFGHQTRY WNPKMGKFIF GARNKIHIIN LEKTLPMFNE ALTFVERLAA GKNKILFVGT KRSAGKIVRE EAARCGMPY VDHRWLGGML TNYKTIRQSI KRLRDLETQS QDGTKKEALM RSRDLEKLER SLGGIKDMGG LPDALFVIDV D HERIAITE ...文字列:
QVNMRDMLKA GVHFGHQTRY WNPKMGKFIF GARNKIHIIN LEKTLPMFNE ALTFVERLAA GKNKILFVGT KRSAGKIVRE EAARCGMPY VDHRWLGGML TNYKTIRQSI KRLRDLETQS QDGTKKEALM RSRDLEKLER SLGGIKDMGG LPDALFVIDV D HERIAITE ANKLGIPVIG VVDTNSSPEG VDYVIPGNDD AIRAVQLYLN SMAEAVIRGK QGA

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 23.180906 KDa
配列文字列: VHPNGIRLGI VKEHTSVWYA DRKNYADYLF ADLKVREYLQ DKLKSASVSR IDIHRPAQTA RITIHTARPG IVIGKKGEDV EKLRQDLTK QMGVPVHINI EEIRKPELDA MLVAQSVAQQ LERRVMFRRA MKRAVQNAMR IGAKGIKIQV SGRLGGAEIA R TEWYREGR ...文字列:
VHPNGIRLGI VKEHTSVWYA DRKNYADYLF ADLKVREYLQ DKLKSASVSR IDIHRPAQTA RITIHTARPG IVIGKKGEDV EKLRQDLTK QMGVPVHINI EEIRKPELDA MLVAQSVAQQ LERRVMFRRA MKRAVQNAMR IGAKGIKIQV SGRLGGAEIA R TEWYREGR VPLHTLRADI DYATYEAHTT YGVIGVKVWI FKGEV

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 23.187473 KDa
配列文字列: ARYIGPKCKL SRREGTDLFL KSGARALDSK CKAENVPGQH GQRRGRLSDY GLQLREKQKV RRIYGVLERQ FRGYYQEASR RKGSTGENL LQLLECRLDN VVYRMGFGST RSESRQLVSH KAITVNGQTV NIPSYQVKAG DVVAVREKSK NQLRIAQALE L CGQRGRVE ...文字列:
ARYIGPKCKL SRREGTDLFL KSGARALDSK CKAENVPGQH GQRRGRLSDY GLQLREKQKV RRIYGVLERQ FRGYYQEASR RKGSTGENL LQLLECRLDN VVYRMGFGST RSESRQLVSH KAITVNGQTV NIPSYQVKAG DVVAVREKSK NQLRIAQALE L CGQRGRVE WVEVDLDKKA GTFKSAPARS DLSADINENL IVELYSK

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 15.690258 KDa
配列文字列:
GYIEKLVQVN RVAKTVKGGR IFAFTALTVV GDGKGRVGFG RGKAREVPAA IQKAMEAARR NMIQVDLNGT TLQYPTKSAH GASKVYMQP ASEGTGIIAG GAMRAVLEVA GVQNVLAKCY GSTNPVNVVY ATFKGLKNMQ PEAVAAKRGK

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 11.613011 KDa
配列文字列:
RHYEIVFLVH PDQSEQVGGM VERYTKAIEE DGGKIHRLED WGRRQLAYAI NNVHKAHYVL MNVECSAKAL AELEDNFRAN DAVIRNLVM RRDEAVTEQS E

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 17.313199 KDa
配列文字列:
RRRVAAKREV LADPKYGSQI LAKFMNHVME SGKKAVAERI VYGALDKVKE RGKADPLETF EKALDAIAPL VEVKSRRVGG ATYQVPVEV RPSRRNALAM RWLVDFARKR GEKSMALRLA GELLDAAEGK GAAVKKREDV HRMAEANKAF SHYRF

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 13.536733 KDa
配列文字列:
SMQDPLADML TRIRNAQMAE KTVVSMPSSK LKAAVAKVLK DEGYIADFQI SSEVKPQLSI ELKYFEGKPV IEEVKRISRP GLRQYKSVE QLPAVRGGLG VSIVSTNKGV MTDRAARAAG VGGEVV

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 14.139195 KDa
配列文字列:
ATQNYGTGRR KTATARVFLR PGTGKISINN RGLDQFFGRE TARMVVRQPL ELTETVEKFD IFVTVVGGGV SGQAGAIRHG ITRALIEYD ETLRSSLRKA GYVTRDAREV ERKKVGLRKA RKRPQYS

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 10.886569 KDa
配列文字列:
IRLKAFDHRL IDQSTQEIVE TAKRTGAQVR GPIPLPTRKE RFTVLISPHV NKDARDQYEI RTHKRVLDIV QPTDKTVDAL MKLDLAAGV EVQISLG

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 12.086657 KDa
配列文字列:
KTVVDGIAHI HASFNNTIVT ITDRQGNALS WATSGGSGFR GSRKSTPFAA QVAAERAGQA ALEYGLKNLD VNVKGPGPGR ESAVRALNA CGYKIASITD VTPIPHNGCR PPKKRR

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 13.472612 KDa
配列文字列:
ATINQLVRKP RKRMVDKSDV PALQNCPQRR GVCTRVYTTT PKKPNSALRK VCRVRLTNGF EVSSYIGGEG HNLQEHSVVL IRGGRVKDL PGVRYHTVRG SLDTSGVKDR KQGRSKYGAK R

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 12.144019 KDa
配列文字列:
RIAGVNIPDN KHTVISLTIY GVGRTTAQSI CAATGVNPAA KIKDLSDEQI DQLRNEVAKI TTEGDLRREI NMNIKRLMDL GCYRGLRHR RGLPVRGQRT KTNARTRKGP

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 11.203024 KDa
配列文字列:
KESMKNRELK RQLTVAKYAK KRAELKAIIA NPNSSAEERW NAQVALQKQP RDASASRLRN RCRLTGRPHG FYRKFGLSRN KLREAAMRG DVPGLVKAS

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 9.847271 KDa
配列文字列:
ALSVEEKAQI VNEYKQAEGD TGSPEVQVAL LSANINKLQD HFKANGKDHH SRRGLIRMVN QRRKLLDYLK GKDVSRYTAL IGRLGLR

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 8.762938 KDa
配列文字列:
MVTIRLARGG SKKRPFYHLT VTNSRNARDG RFVERIGFFN PVATGGEVRL SVDQERATYW LGQGAQPSER VAQLLKDA

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 8.848358 KDa
配列文字列:
RTLTGRVVSD KMDKTVTVLI ERRVKHPIYG KYVKRSTKLH AHDESNQCRI GDLVTIRETR PLAKTKAWTL VDIVER

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 6.41141 KDa
配列文字列:
KEIDYKDLNT LKAYVSETGK IVPSRITGTK AKYQRQLATA IKRARYLALL PYTDSH

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 9.182882 KDa
配列文字列:
PRSLKKGPFI DLHLLKKVEV AVEKNDRKPI KTWSRRSMIL PHMVGLTIAV HNGRQHVPVL VNEDMVGHKL GEFAATRTYR

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 9.49714 KDa
配列文字列:
ANTPSAKKRA KQAEKRRSHN ASLRSMVRTY IKNVVKAIDA KDLEKAQAAF TAAVPVIDRM ADKGIIHKNK AARHKSRLSG HIKALS

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 4.209891 KDa
配列文字列:
SREFYEKPTA ERRRKAAAAV KRHAKKVQRE QRRR

-
実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4lf4

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 319022

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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