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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10195 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Doublecortin N-terminal DC-domain (NDC)-decorated 13-protofilament microtubule (GDP state) processed with MiRP (Microtubule Relion-based Pipeline) | ||||||||||||||||||
マップデータ | C1 reconstruction of 13-protofilament GDP-microtubule decorated with NDC-NDC chimera of human doublecortin | ||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Cook AC / Manka SW / Wang S / Moores CA / Atherton J | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 5件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2020 タイトル: A microtubule RELION-based pipeline for cryo-EM image processing. 著者: Alexander D Cook / Szymon W Manka / Su Wang / Carolyn A Moores / Joseph Atherton / 要旨: Microtubules are polar filaments built from αβ-tubulin heterodimers that exhibit a range of architectures in vitro and in vivo. Tubulin heterodimers are arranged helically in the microtubule wall ...Microtubules are polar filaments built from αβ-tubulin heterodimers that exhibit a range of architectures in vitro and in vivo. Tubulin heterodimers are arranged helically in the microtubule wall but many physiologically relevant architectures exhibit a break in helical symmetry known as the seam. Noisy 2D cryo-electron microscopy projection images of pseudo-helical microtubules therefore depict distinct but highly similar views owing to the high structural similarity of α- and β-tubulin. The determination of the αβ-tubulin register and seam location during image processing is essential for alignment accuracy that enables determination of biologically relevant structures. Here we present a pipeline designed for image processing and high-resolution reconstruction of cryo-electron microscopy microtubule datasets, based in the popular and user-friendly RELION image-processing package, Microtubule RELION-based Pipeline (MiRP). The pipeline uses a combination of supervised classification and prior knowledge about geometric lattice constraints in microtubules to accurately determine microtubule architecture and seam location. The presented method is fast and semi-automated, producing near-atomic resolution reconstructions with test datasets that contain a range of microtubule architectures and binding proteins. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10195.map.gz | 245.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10195-v30.xml emd-10195.xml | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10195.png | 229.9 KB | ||
その他 | emd_10195_additional.map.gz emd_10195_additional_1.map.gz | 488 KB 488 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10195 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10195 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4862C 6rf8C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10300 (タイトル: Cryo micrographs of microtubules (GDP state) decorated with NDC-NDC chimera of human doublecortin Data size: 50.4 Data #1: Aligned movie frames of microtubules decorated with NDC-NDC chimera of human doublecortin [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10195.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | C1 reconstruction of 13-protofilament GDP-microtubule decorated with NDC-NDC chimera of human doublecortin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: None
ファイル | emd_10195_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: None
ファイル | emd_10195_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 13-protofilament microtubule decorated with NDC-NDC chimera of hu...
全体 | 名称: 13-protofilament microtubule decorated with NDC-NDC chimera of human doublecortin |
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要素 |
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-超分子 #1: 13-protofilament microtubule decorated with NDC-NDC chimera of hu...
超分子 | 名称: 13-protofilament microtubule decorated with NDC-NDC chimera of human doublecortin タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.46 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -27.67 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 33392 |
詳細 | Microtubule RELION-based pipeline (MiRP) |