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万見
- EMDB-10160: In Situ Core-Signalling Unit of E. coli Chemoreceptor Array -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10160
タイトルIn Situ Core-Signalling Unit of E. coli Chemoreceptor Array
マップデータNone
試料
  • 細胞: Optimised E. coli minicell strain WM4196 containing native-state chemoreceptor arrays.
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Burt A / Desfosses A / Gutsche I
資金援助1件
OrganizationGrant number国
European Research Council647784
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Complete structure of the chemosensory array core signalling unit in an E. coli minicell strain.
著者: Alister Burt / C Keith Cassidy / Peter Ames / Maria Bacia-Verloop / Megghane Baulard / Karine Huard / Zaida Luthey-Schulten / Ambroise Desfosses / Phillip J Stansfeld / William Margolin / ...著者: Alister Burt / C Keith Cassidy / Peter Ames / Maria Bacia-Verloop / Megghane Baulard / Karine Huard / Zaida Luthey-Schulten / Ambroise Desfosses / Phillip J Stansfeld / William Margolin / John S Parkinson / Irina Gutsche /
要旨: Motile bacteria sense chemical gradients with transmembrane receptors organised in supramolecular signalling arrays. Understanding stimulus detection and transmission at the molecular level requires ...Motile bacteria sense chemical gradients with transmembrane receptors organised in supramolecular signalling arrays. Understanding stimulus detection and transmission at the molecular level requires precise structural characterisation of the array building block known as a core signalling unit. Here we introduce an Escherichia coli strain that forms small minicells possessing extended and highly ordered chemosensory arrays. We use cryo-electron tomography and subtomogram averaging to provide a three-dimensional map of a complete core signalling unit, with visible densities corresponding to the HAMP and periplasmic domains. This map, combined with previously determined high resolution structures and molecular dynamics simulations, yields a molecular model of the transmembrane core signalling unit and enables spatial localisation of its individual domains. Our work thus offers a solid structural basis for the interpretation of a wide range of existing data and the design of further experiments to elucidate signalling mechanisms within the core signalling unit and larger array.
履歴
登録2019年7月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月7日-
マップ公開2019年8月7日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0144
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0144
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10160.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10160.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.48 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0144 / ムービー #1: 0.0144
最小 - 最大-0.04888741 - 0.09695427
平均 (標準偏差)0.0002669176 (±0.010366776)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 573.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.484.484.48
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z573.440573.440573.440
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0490.0970.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10160_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_10160_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local resolution filtered map centered on 3fold axis...

ファイルemd_10160_additional.map
注釈Local resolution filtered map centered on 3fold axis of chemoreceptor array.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local resolution filtered map centered on 3fold axis...

ファイルemd_10160_additional_1.map
注釈Local resolution filtered map centered on 3fold axis of chemoreceptor array.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: even half map.

ファイルemd_10160_half_map_1.map
注釈even half map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: odd half map.

ファイルemd_10160_half_map_2.map
注釈odd half map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Optimised E. coli minicell strain WM4196 containing native-state ...

全体名称: Optimised E. coli minicell strain WM4196 containing native-state chemoreceptor arrays.
要素
  • 細胞: Optimised E. coli minicell strain WM4196 containing native-state chemoreceptor arrays.

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超分子 #1: Optimised E. coli minicell strain WM4196 containing native-state ...

超分子名称: Optimised E. coli minicell strain WM4196 containing native-state chemoreceptor arrays.
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Minicells isolated from WM4196 cell culture by differential centrifugation.
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: WM4196

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0002 µm
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-5 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie mode, 5 frames per movie.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 4 / 使用した粒子像数: 618 / ソフトウェア - 名称: Dynamo
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: Dynamo
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo
詳細: C3 symmetry applied during refinement. Masks used containing varying extents of the array and the inner membrane were used.
使用したサブトモグラム数: 618
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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