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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0986 | |||||||||
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タイトル | Cytoplasmic ring of the Xenopus laevis nuclear pore complex | |||||||||
マップデータ | CR | |||||||||
試料 |
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生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Li S / Zhang YQ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2020 タイトル: Molecular architecture of the luminal ring of the Xenopus laevis nuclear pore complex. 著者: Yanqing Zhang / Sai Li / Chao Zeng / Gaoxingyu Huang / Xuechen Zhu / Qifan Wang / Kunpeng Wang / Qiang Zhou / Chuangye Yan / Wusheng Zhang / Guangwen Yang / Minhao Liu / Qinghua Tao / Jianlin Lei / Yigong Shi / 要旨: The nuclear pore complex (NPC) mediates the flow of substances between the nucleus and cytoplasm in eukaryotic cells. Here we report the cryo-electron tomography (cryo-ET) structure of the luminal ...The nuclear pore complex (NPC) mediates the flow of substances between the nucleus and cytoplasm in eukaryotic cells. Here we report the cryo-electron tomography (cryo-ET) structure of the luminal ring (LR) of the NPC from Xenopus laevis oocyte. The observed key structural features of the LR are independently confirmed by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) analysis. The LR comprises eight butterfly-shaped subunits, each containing two symmetric wings. Each wing consists of four elongated, tubular protomers. Within the LR subunit, the eight protomers form a Finger domain, which directly contacts the fusion between the inner and outer nuclear membranes and a Grid domain, which serves as a rigid base for the Finger domain. Two neighboring LR subunits interact with each other through the lateral edges of their wings to constitute a Bumper domain, which displays two major conformations and appears to cushion neighboring NPCs. Our study reveals previously unknown features of the LR and potentially explains the elastic property of the NPC. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0986.map.gz | 14.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0986-v30.xml emd-0986.xml | 12.8 KB 12.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0986.png | 46.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0986 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0986 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0986.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.222 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Xenopus Laevis
全体 | 名称: Xenopus Laevis (アフリカツメガエル) |
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要素 |
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-超分子 #1: Xenopus Laevis
超分子 | 名称: Xenopus Laevis / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 1.6 M / 構成要素 - 式: NaCl塩化ナトリウム / 構成要素 - 名称: sodium chloride塩化ナトリウム |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 64000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-8 / 平均露光時間: 0.8 sec. / 平均電子線量: 2.93 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
抽出 | トモグラム数: 1425 / 使用した粒子像数: 292232 / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.333) |
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CTF補正 | ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 4), NOVACTF) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.333) / 詳細: Sub-volume alignment |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.333) / 使用したサブトモグラム数: 112196 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 温度因子: 1000 |
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