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- EMDB-0852: Cryo-electron tomography of Candidatus Prometheoarchaeum syntroph... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0852
タイトルCryo-electron tomography of Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum strain MK-D1
マップデータtomogram of MK-D1
試料
  • 細胞: Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum strain MK-D1
生物種anaerobic archaeon MK-D1 (ロキ古細菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Imachi H / Nobu MK / Nakahara N / Morono Y / Ogawara M / Takaki Y / Takano Y / Uematsu K / Ikuta T / Ito M ...Imachi H / Nobu MK / Nakahara N / Morono Y / Ogawara M / Takaki Y / Takano Y / Uematsu K / Ikuta T / Ito M / Matsui Y / Miyazaki M / Murata K / Saito Y / Sakai S / Song C / Tasumi E / Yamanaka Y / Yamaguchi T / Kamagata Y / Tamaki H / Takai K
資金援助 日本, 11件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP16H06280 日本
Japan Society for the Promotion of Science16J10845 日本
Japan Society for the Promotion of Science18687006 日本
Japan Society for the Promotion of Science24687011 日本
Japan Society for the Promotion of Science21687006 日本
Japan Society for the Promotion of Science19H01005 日本
Japan Society for the Promotion of Science15H02419 日本
Japan Society for the Promotion of Science26710012 日本
Japan Society for the Promotion of Science18H03367 日本
Japan Society for the Promotion of Science18H05295 日本
Japan Society for the Promotion of Science18H02426 日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Isolation of an archaeon at the prokaryote-eukaryote interface.
著者: Hiroyuki Imachi / Masaru K Nobu / Nozomi Nakahara / Yuki Morono / Miyuki Ogawara / Yoshihiro Takaki / Yoshinori Takano / Katsuyuki Uematsu / Tetsuro Ikuta / Motoo Ito / Yohei Matsui / ...著者: Hiroyuki Imachi / Masaru K Nobu / Nozomi Nakahara / Yuki Morono / Miyuki Ogawara / Yoshihiro Takaki / Yoshinori Takano / Katsuyuki Uematsu / Tetsuro Ikuta / Motoo Ito / Yohei Matsui / Masayuki Miyazaki / Kazuyoshi Murata / Yumi Saito / Sanae Sakai / Chihong Song / Eiji Tasumi / Yuko Yamanaka / Takashi Yamaguchi / Yoichi Kamagata / Hideyuki Tamaki / Ken Takai /
要旨: The origin of eukaryotes remains unclear. Current data suggest that eukaryotes may have emerged from an archaeal lineage known as 'Asgard' archaea. Despite the eukaryote-like genomic features that ...The origin of eukaryotes remains unclear. Current data suggest that eukaryotes may have emerged from an archaeal lineage known as 'Asgard' archaea. Despite the eukaryote-like genomic features that are found in these archaea, the evolutionary transition from archaea to eukaryotes remains unclear, owing to the lack of cultured representatives and corresponding physiological insights. Here we report the decade-long isolation of an Asgard archaeon related to Lokiarchaeota from deep marine sediment. The archaeon-'Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum' strain MK-D1-is an anaerobic, extremely slow-growing, small coccus (around 550 nm in diameter) that degrades amino acids through syntrophy. Although eukaryote-like intracellular complexes have been proposed for Asgard archaea, the isolate has no visible organelle-like structure. Instead, Ca. P. syntrophicum is morphologically complex and has unique protrusions that are long and often branching. On the basis of the available data obtained from cultivation and genomics, and reasoned interpretations of the existing literature, we propose a hypothetical model for eukaryogenesis, termed the entangle-engulf-endogenize (also known as E) model.
履歴
登録2019年11月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月25日-
マップ公開2019年12月25日-
更新2020年2月12日-
現状2020年2月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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添付画像

emd_0852.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0852.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 336.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈tomogram of MK-D1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 22.9 Å
密度
最小 - 最大-128 - 127
平均 (標準偏差)-40.514 (±27.550056)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin130-130250
サイズ980720500
Spacing720980500
セルA: 16488.0 Å / B: 22442.0 Å / C: 11450.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z22.922.922.9
M x/y/z720980500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z16488.00022442.00011450.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-130130250
NC/NR/NS720980500
D min/max/mean-128.000127.000-40.514

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum strain MK-D1

全体名称: Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum strain MK-D1
要素
  • 細胞: Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum strain MK-D1

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超分子 #1: Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum strain MK-D1

超分子名称: Candidatus Prometheoarchaeum syntrophicum strain MK-D1
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: anaerobic archaeon MK-D1 (ロキ古細菌) / 株: MK-D1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
糖包埋材質: amorphous ice
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Sigma-Aldrich / 直径: 15 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 40.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.9672 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5783 µm / 倍率（補正後）: 16717 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 4.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 15000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 76.0 K / 最高: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5120 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3840 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-25 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 63 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.7.15) / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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