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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0844 | |||||||||
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タイトル | Signal substraction of TcdB1-TccC2 and part of TcdA1 | |||||||||
マップデータ | B1C1 and part of A1 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Photorhabdus luminescens (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Yan ZF / Yang GW | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Signal substraction of TcdB1-TccC2 and part of TcdA1 著者: Yan ZF / Zhang N / Yang GW | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0844.map.gz | 12.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0844-v30.xml emd-0844.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0844.png | 183.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0844 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0844 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0844.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | B1C1 and part of A1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.338 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Toxin complex TcdA1-TcdB1-TccC2
全体 | 名称: Toxin complex TcdA1-TcdB1-TccC2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Toxin complex TcdA1-TcdB1-TccC2
超分子 | 名称: Toxin complex TcdA1-TcdB1-TccC2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: TcdA1
分子 | 名称: TcdA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 20.255887 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: RALEVERTVS LAEVYAGLPK DNGPFSLAQE IDKLVSQGSG SAGSGNNNLA FGAGTDTKTS LQASVSFADL KIREDYPASL GKIRRIKQI SVTLPALLGP YQDVQAILSY GDKAGLANGC EALAVSHGMN DSGQFQLDFN DGKFLPFEGI AIDQGTLTLS F PNASMPEK ...文字列: RALEVERTVS LAEVYAGLPK DNGPFSLAQE IDKLVSQGSG SAGSGNNNLA FGAGTDTKTS LQASVSFADL KIREDYPASL GKIRRIKQI SVTLPALLGP YQDVQAILSY GDKAGLANGC EALAVSHGMN DSGQFQLDFN DGKFLPFEGI AIDQGTLTLS F PNASMPEK GKQATMLKTL NDIILHIRYT IK |
-分子 #2: TcdB1
分子 | 名称: TcdB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 165.296453 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQNSQTFSVT ELSLPKGGGA ITGMGEALTP AGPDGMAALS LPLPISAGRG YAPSLTLNYN SGTGNSPFGL GWDCGVMAIR RRTSTGVPN YDETDTFLGP EGEVLVVALN EAGQADIRSE SSLQGINLGA TFTVTCYRSR LESHFNRLEY WQPQTTGATD F WLIYSPDG ...文字列: MQNSQTFSVT ELSLPKGGGA ITGMGEALTP AGPDGMAALS LPLPISAGRG YAPSLTLNYN SGTGNSPFGL GWDCGVMAIR RRTSTGVPN YDETDTFLGP EGEVLVVALN EAGQADIRSE SSLQGINLGA TFTVTCYRSR LESHFNRLEY WQPQTTGATD F WLIYSPDG QVHLLGKNPQ ARISNPLNVN QTAQWLLEAS ISSHSEQIYY QYRAEDEAGC ETDELAAHPS ATVQRYLQTV HY GNLTASD VFPTLNGDDP LKSGWMFCLV FDYGERKNSL SEMPLFKATG NWLCRKDRFS RYEYGFELRT RRLCRQILMF HRL QTLSGQ AKGDDEPALV SRLILDYDEN AMVSTLVSVR RVGHEDNNTV TALPPLELAY QPFEPEQTAL WQSMDVLANF NTIQ RWQLL DLKGEGVPGI LYQDRNGWWY RSAQRQAGEE MNAVTWGKMQ LLPITPAVQD NASLMDINGD GQLDWVITGP GLRGY HSQH PDGSWTRFTP LHALPIEYSH PRAQLADLMG AGLSDLVLIG PKSVRLYVNN RDGFTEGRDV VQSGDITLPL PGADAR KLV AFSDVLGSGQ AHLVEVSATQ VTCWPNLGHG RFGQPIVLPG FSQSAASFNP DRVHLADLDG SGPADLIYVH ADRLDIF SN ESGNGFAKPF TLSFPDGLRF DDTCQLQVAD VQGLGVVSLI LSVPHMAPHH WRCDLTNAKP WLLSETNNNM GANHTLHY R SSVQFWLDEK AAALATGQTP VCYLPFPVHT LWQTETEDEI SGNKLVTTLR YAHGAWDGRE REFRGFGYVE QTDSHQLAQ GNAPERTPPA LTKSWYATGL PAVDNALSAG YWRGDKQAFA GFTPRFTLWK EGKDVPLTPE DDHNLYWLNR ALKGQPLRSE LYGLDGSAQ QQIPYTVTES RPQVRQLQDG ATVSPVLWAS VVESRSYHYE RIISDPQCNQ DITLSSDLFG QPLKQVSVQY P RRNKPTTN PYPDTLPDTL FASSYDDQQQ LLRLTCRQSS WHHLIGNELR VLGLPDGTRS DAFTYDAKQV PVDGLNLETL CA ENSLIAD DKPREYLNQQ RTFYTDGKNQ TPLKTPTRQA LIAFTETAVL TESLLSAFDG GITPDELPGI LTQAGYQQEP YLF PRTGEN KVWVARQGYT DYGTEAQFWR PVAQRNSLLT GKMTLKWDTH YCVITQTQDA AGLTVSANYD WRFLTPTQLT DIND NVHLI TLDALGRPVT QRFWGIESGV ATGYSSSEEK PFSPPNDIDT AINLTGPLPV AQCLVYAPDS WMPLFSQETF NTLTQ EEQE TLRDSRIITE DWRICALTRR RWLQSQKIST PLVKLLTNSI GLPPHNLTLT TDRYDRDSEQ QIRQQVAFSD GFGRLL QAS VRHEAGEAWQ RNQDGSLVTK VENTKTRWAV TGRTEYDNKG QTIRTYQPYF LNDWRYVSDD SARKEAYADT HIYDPIG RE IRVITAKGWL RQSQYFPWFT VSEDENDTAA DALV |
-分子 #3: TccC2
分子 | 名称: TccC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 74.759125 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSSYNSAIDQ KTPSIKVLDN RKLNVRTLEY LRTQADENSD ELITFYEFNI PGFQVKSTDP RKNKNQSGPN FIRVFNLAGQ VLREESVDA GRTITLNDIE SRPVLIINAT GVRQNHRYED NTLPGRLLAI TEQVQAGEKT TERLIWAGNT PQEKDYNLAG Q CVRHYDTA ...文字列: MSSYNSAIDQ KTPSIKVLDN RKLNVRTLEY LRTQADENSD ELITFYEFNI PGFQVKSTDP RKNKNQSGPN FIRVFNLAGQ VLREESVDA GRTITLNDIE SRPVLIINAT GVRQNHRYED NTLPGRLLAI TEQVQAGEKT TERLIWAGNT PQEKDYNLAG Q CVRHYDTA GLTQLNSLSL AGVVLSQSQQ LLVDDKNADW TGEDQSLWQQ KLSSDVYTTQ NKADATGALL TQTDAKGNIQ RL AYDVAGQ LKGCWLTLKG QAEQVIIKSL TYSAAGQKLR EEHGNGVITE YSYEPETQRL IGIATRRPSD AKVLQDLRYQ YDP VGNVIN IRNDAEATRF WRNQKVVPEN SYTYDSLYQL ISATGREMAN IGQQNNQLPS PALPSDNNTY TNYTRSYSYD HSGN LTQIR HSSPATQNNY TVAITLSNRS NRGVLSTLTT DPNQVDTLFD AGGHQTSLLP GQTLIWTPRG ELKQVNNGPG NEWYR YDSN GMRQLKVSEQ PTQNTTQQQR VIYLPGLELR TTQSNATTTE ELHVITLGEA GRAQVRVLHW ESGKPEDVNN NQLRYS YDN LIGSSQLELD NQGQIISEEE YYPFGGTALW AANSQTEASY KTIRYSGKER DATGLYYYGY RYYQPWAGRW LSADPAG TI DGLNLYRMVR NNPVSLQDEN GL |
-分子 #4: TccC2
分子 | 名称: TccC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 1.905087 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: APEKGKYTKE VNFFDE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM300FEG/HE |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 124828 |