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万見- EMDB-0482: Role of Era in Assembly and Homeostasis of the Ribosomal Small Subunit -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0482 | |||||||||
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タイトル | Role of Era in Assembly and Homeostasis of the Ribosomal Small Subunit | |||||||||
マップデータ | 30S assembly intermediate (class P) generated by depleting Era protein in E.coli | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ribosome assembly (リボソーム) / 30S subunit / YjeQ protein / Era protein / cryo-electron microscopy (低温電子顕微鏡法) / RIBOSOME (リボソーム) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination ...mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli H736 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Ortega J / Davis JH / Hao Y / Jahagirdar D / Thurlow B / Basu K / Jain N / Gomez-Blanco J / Britton RA / Vargas J ...Ortega J / Davis JH / Hao Y / Jahagirdar D / Thurlow B / Basu K / Jain N / Gomez-Blanco J / Britton RA / Vargas J / Guarne A / Woodson SA / Williamson JR | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2019 タイトル: Role of Era in assembly and homeostasis of the ribosomal small subunit. 著者: Aida Razi / Joseph H Davis / Yumeng Hao / Dushyant Jahagirdar / Brett Thurlow / Kaustuv Basu / Nikhil Jain / Josue Gomez-Blanco / Robert A Britton / Javier Vargas / Alba Guarné / Sarah A ...著者: Aida Razi / Joseph H Davis / Yumeng Hao / Dushyant Jahagirdar / Brett Thurlow / Kaustuv Basu / Nikhil Jain / Josue Gomez-Blanco / Robert A Britton / Javier Vargas / Alba Guarné / Sarah A Woodson / James R Williamson / Joaquin Ortega / 要旨: Assembly factors provide speed and directionality to the maturation process of the 30S subunit in bacteria. To gain a more precise understanding of how these proteins mediate 30S maturation, it is ...Assembly factors provide speed and directionality to the maturation process of the 30S subunit in bacteria. To gain a more precise understanding of how these proteins mediate 30S maturation, it is important to expand on studies of 30S assembly intermediates purified from bacterial strains lacking particular maturation factors. To reveal the role of the essential protein Era in the assembly of the 30S ribosomal subunit, we analyzed assembly intermediates that accumulated in Era-depleted Escherichia coli cells using quantitative mass spectrometry, high resolution cryo-electron microscopy and in-cell footprinting. Our combined approach allowed for visualization of the small subunit as it assembled and revealed that with the exception of key helices in the platform domain, all other 16S rRNA domains fold even in the absence of Era. Notably, the maturing particles did not stall while waiting for the platform domain to mature and instead re-routed their folding pathway to enable concerted maturation of other structural motifs spanning multiple rRNA domains. We also found that binding of Era to the mature 30S subunit destabilized helix 44 and the decoding center preventing binding of YjeQ, another assembly factor. This work establishes Era's role in ribosome assembly and suggests new roles in maintaining ribosome homeostasis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0482.map.gz | 67.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0482-v30.xml emd-0482.xml | 31.8 KB 31.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0482.png | 95.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0482.cif.gz | 8.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0482 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0482 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0482.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 107.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 30S assembly intermediate (class P) generated by depleting Era protein in E.coli | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.073 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : 30S assembly intermediate (class P)
+超分子 #1: 30S assembly intermediate (class P)
+分子 #1: 30S ribosomal protein S3
+分子 #2: 30S ribosomal protein S10
+分子 #3: 30S ribosomal protein S14
+分子 #4: 30S ribosomal protein S19
+分子 #6: 30S ribosomal protein S4
+分子 #7: 30S ribosomal protein S5
+分子 #8: 30S ribosomal protein S6
+分子 #9: 30S ribosomal protein S8
+分子 #10: 30S ribosomal protein S12
+分子 #11: 30S ribosomal protein S15
+分子 #12: 30S RIBOSOMAL PROTEIN bS16
+分子 #13: 30S ribosomal protein S17
+分子 #14: 30S ribosomal protein S18
+分子 #15: 30S ribosomal protein S20
+分子 #16: 30S ribosomal protein S2
+分子 #5: 16S RIBOSOMAL RNA
+分子 #17: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 詳細: 5 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.25 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 847135 |
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初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 2avy |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1.0.) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1.0.) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1.0.) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1.0.) / 使用した粒子像数: 423567 |