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- EMDB-41711: Disulfide-stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with PQBP1 Nt -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41711
タイトルDisulfide-stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with PQBP1 Nt
マップデータ
試料
  • 複合体: HIV-1 CA hexamer bound to PQBP1 Nt peptide
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein p24カプシド
キーワードcapsid (カプシド) / innate immune sensor / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Piacentini J / Pornillos O / Ganser-Pornillos BK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54-AI170856 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Molecular Determinants of PQBP1 Binding to the HIV-1 Capsid Lattice.
著者: Juliana Piacentini / Dale S Allen / Barbie K Ganser-Pornillos / Sumit K Chanda / Sunnie M Yoh / Owen Pornillos /
要旨: Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) stimulates innate immune responses upon infection, including cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) signaling that results in type I interferon production. HIV-1- ...Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) stimulates innate immune responses upon infection, including cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) signaling that results in type I interferon production. HIV-1-induced activation of cGAS requires the host cell factor polyglutamine binding protein 1 (PQBP1), an intrinsically disordered protein that bridges capsid recognition and cGAS recruitment. However, the molecular details of PQBP1 interactions with the HIV-1 capsid and their functional implications remain poorly understood. Here, we show that PQBP1 binds to HIV-1 capsids through charge complementing contacts between acidic residues in the N-terminal region of PQBP1 and an arginine ring in the central channel of the HIV-1 CA hexamer that makes up the viral capsid. These studies reveal the molecular details of PQBP1's primary interaction with the HIV-1 capsid and suggest that additional elements are likely to contribute to stable capsid binding.
履歴
登録2023年8月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月6日-
マップ公開2024年3月6日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41711.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41711.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.24
最小 - 最大-0.8492779 - 1.4863634
平均 (標準偏差)0.0005498107 (±0.03925489)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 241.92001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41711_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41711_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 CA hexamer bound to PQBP1 Nt peptide

全体名称: HIV-1 CA hexamer bound to PQBP1 Nt peptide
要素
  • 複合体: HIV-1 CA hexamer bound to PQBP1 Nt peptide
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein p24カプシド

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超分子 #1: HIV-1 CA hexamer bound to PQBP1 Nt peptide

超分子名称: HIV-1 CA hexamer bound to PQBP1 Nt peptide / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: Capsid protein p24

分子名称: Capsid protein p24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 25.461271 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: PIVQNLQGQM VHQCISPRTL NAWVKVVEEK AFSPEVIPMF SALSCGATPQ DLNTMLNTVG GHQAAMQMLK ETINEEAAEW DRLHPVHAG PIAPGQMREP RGSDIAGTTS TLQEQIGWMT HNPPIPVGEI YKRWIILGLN KIVRMYSPTS ILDIRQGPKE P FRDYVDRF ...文字列:
PIVQNLQGQM VHQCISPRTL NAWVKVVEEK AFSPEVIPMF SALSCGATPQ DLNTMLNTVG GHQAAMQMLK ETINEEAAEW DRLHPVHAG PIAPGQMREP RGSDIAGTTS TLQEQIGWMT HNPPIPVGEI YKRWIILGLN KIVRMYSPTS ILDIRQGPKE P FRDYVDRF YKTLRAEQAS QEVKNAATET LLVQNANPDC KTILKALGPG ATLEEMMTAC QGVGGPGHKA RVL

UniProtKB: Gag polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 312788
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3h47


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: 3H47 chain A docked into map
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8ty6:
Disulfide-stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with PQBP1 Nt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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