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- EMDB-41464: H2 hemagglutinin (A/Singapore/1/1957) in complex with RBS-targeti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41464
タイトルH2 hemagglutinin (A/Singapore/1/1957) in complex with RBS-targeting 1-1-1F05
マップデータH2 hemagglutinin (A/Singapore/1/1957) in complex with RBS-targeting 1-1-1F05
試料
  • 複合体: H2 hemagglutinin (A/Singapore/1/1957) in complex with RBS-targeting Fab 1-1-1F05
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of Fab 1-1-1F05
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of Fab 1-1-1F05
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutininヘマグルチニン
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードinfluenza (インフルエンザ) / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / monoclonal antibody (モノクローナル抗体) / immune complex / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-Immune System complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A/Singapore/1/1957(H2N2)) (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yang YR / Han J / Perrett HR / Ward AB
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)2 T32 AI007244-36 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1F31Al172358 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Immune memory shapes human polyclonal antibody responses to H2N2 vaccination.
著者: Yuhe R Yang / Julianna Han / Hailee R Perrett / Sara T Richey / Abigail M Jackson / Alesandra J Rodriguez / Rebecca A Gillespie / Sarah O'Connell / Julie E Raab / Lauren Y Cominsky / Ankita ...著者: Yuhe R Yang / Julianna Han / Hailee R Perrett / Sara T Richey / Abigail M Jackson / Alesandra J Rodriguez / Rebecca A Gillespie / Sarah O'Connell / Julie E Raab / Lauren Y Cominsky / Ankita Chopde / Masaru Kanekiyo / Katherine V Houser / Grace L Chen / Adrian B McDermott / Sarah F Andrews / Andrew B Ward /
要旨: Influenza A virus subtype H2N2, which caused the 1957 influenza pandemic, remains a global threat. A recent phase I clinical trial investigating a ferritin nanoparticle displaying H2 hemagglutinin in ...Influenza A virus subtype H2N2, which caused the 1957 influenza pandemic, remains a global threat. A recent phase I clinical trial investigating a ferritin nanoparticle displaying H2 hemagglutinin in H2-naïve and H2-exposed adults. Therefore, we could perform comprehensive structural and biochemical characterization of immune memory on the breadth and diversity of the polyclonal serum antibody response elicited after H2 vaccination. We temporally map the epitopes targeted by serum antibodies after first and second vaccinations and show previous H2 exposure results in higher responses to the variable head domain of hemagglutinin while initial responses in H2-naïve participants are dominated by antibodies targeting conserved epitopes. We use cryo-EM and monoclonal B cell isolation to describe the molecular details of cross-reactive antibodies targeting conserved epitopes on the hemagglutinin head including the receptor binding site and a new site of vulnerability deemed the medial junction. Our findings accentuate the impact of pre-existing influenza exposure on serum antibody responses.
履歴
登録2023年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41464.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41464.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈H2 hemagglutinin (A/Singapore/1/1957) in complex with RBS-targeting 1-1-1F05
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0177
最小 - 最大-0.05249427 - 0.09735027
平均 (標準偏差)0.0000021686196 (±0.0021777772)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 368.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41464_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half Map-1

ファイルemd_41464_half_map_1.map
注釈half Map-1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half Map-2

ファイルemd_41464_half_map_2.map
注釈half Map-2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : H2 hemagglutinin (A/Singapore/1/1957) in complex with RBS-targeti...

全体名称: H2 hemagglutinin (A/Singapore/1/1957) in complex with RBS-targeting Fab 1-1-1F05
要素
  • 複合体: H2 hemagglutinin (A/Singapore/1/1957) in complex with RBS-targeting Fab 1-1-1F05
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of Fab 1-1-1F05
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of Fab 1-1-1F05
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutininヘマグルチニン
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: H2 hemagglutinin (A/Singapore/1/1957) in complex with RBS-targeti...

超分子名称: H2 hemagglutinin (A/Singapore/1/1957) in complex with RBS-targeting Fab 1-1-1F05
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Singapore/1/1957(H2N2)) (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Heavy chain of Fab 1-1-1F05

分子名称: Heavy chain of Fab 1-1-1F05 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.57907 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG LVKPSATLSL TCTLSGGSLS THYWSWIRQP PGKGLEYIGN IHYSGSTNYN PSLRSRVTIS VGTSKNQFSL KLTSVTAAD TAVYYCARDA PYSDFLSGVE TGWFDPWGQG TLVIVSS

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分子 #2: Light chain of Fab 1-1-1F05

分子名称: Light chain of Fab 1-1-1F05 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.564807 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQSVS SNLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLQS EDFAVYSCQ QYNNWPWTFG QGTKVEIK

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分子 #3: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.135223 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAIIYLILLF TAVRGDQICI GYHANNSTEK VDTILERNVT VTHAKDILEK THNGKLCKLN GIPPLELGDC SIAGWLLGNP ECDRLLSVP EWSYIMEKEN PRDGLCYPGS FNDYEELKHL LSSVKHFEKV KILPKDRWTQ HTTTGGSRAC AVSGNPSFFR N MVWLTKKG ...文字列:
MAIIYLILLF TAVRGDQICI GYHANNSTEK VDTILERNVT VTHAKDILEK THNGKLCKLN GIPPLELGDC SIAGWLLGNP ECDRLLSVP EWSYIMEKEN PRDGLCYPGS FNDYEELKHL LSSVKHFEKV KILPKDRWTQ HTTTGGSRAC AVSGNPSFFR N MVWLTKKG SNYPVAKGSY NNTSGEQMLI IWGVHHPNDE TEQRTLYQNV GTYVSVGTST LNKRSTPDIA TRPKVNGQGG RM EFSWTLL DMWDTINFES TGNLIAPEYG FKISKRGSSG IMKTEGTLEN CETKCQTPLG AINTTLPFHN VHPLTIGECP KYV KSEKLV LATGLRNVPQ IESRGLFGAI AGFIEGGWQG MVDGWYGYHH SNDQGSGYAA DKESTQKAFD GITNKVNSVI EKMN TQFEA VGKEFSNLER RLENLNKKME DGFLDVWTYN AELLVLMENE RTLDFHDSNV KNLYDKVRMQ LRDNVKELGN GCFEF YHKC DDECMNSVKN GTYDYPKYEE ES

UniProtKB: ヘマグルチニン

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 53.5 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2wr7

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 230649
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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