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- EMDB-27835: Cryo-EM structure of N-terminal arm (aa68-966) of BIRC6 (from loc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27835
タイトルCryo-EM structure of N-terminal arm (aa68-966) of BIRC6 (from local refinement 3)
マップデータmain map
試料
  • 複合体: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
機能・相同性
機能・相同性情報


spongiotrophoblast layer development / labyrinthine layer development / ALK mutants bind TKIs / Flemming body / 微小管形成中心 / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / ubiquitin conjugating enzyme activity / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / regulation of cytokinesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway ...spongiotrophoblast layer development / labyrinthine layer development / ALK mutants bind TKIs / Flemming body / 微小管形成中心 / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / ubiquitin conjugating enzyme activity / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / regulation of cytokinesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / ゴルジ体 / 紡錘体 / ubiquitin-protein transferase activity / regulation of cell population proliferation / midbody / cell population proliferation / protein ubiquitination / エンドソーム / 細胞周期 / 細胞分裂 / protein phosphorylation / 中心体 / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / ユビキチン結合酵素 / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Hunkeler M / Fischer ES
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA066996 米国
The Mark Foundation19-001-ELA 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structures of BIRC6-client complexes provide a mechanism of SMAC-mediated release of caspases.
著者: Moritz Hunkeler / Cyrus Y Jin / Eric S Fischer /
要旨: Tight regulation of apoptosis is essential for metazoan development and prevents diseases such as cancer and neurodegeneration. Caspase activation is central to apoptosis, and inhibitor of apoptosis ...Tight regulation of apoptosis is essential for metazoan development and prevents diseases such as cancer and neurodegeneration. Caspase activation is central to apoptosis, and inhibitor of apoptosis proteins (IAPs) are the principal actors that restrain caspase activity and are therefore attractive therapeutic targets. IAPs, in turn, are regulated by mitochondria-derived proapoptotic factors such as SMAC and HTRA2. Through a series of cryo-electron microscopy structures of full-length human baculoviral IAP repeat-containing protein 6 (BIRC6) bound to SMAC, caspases, and HTRA2, we provide a molecular understanding for BIRC6-mediated caspase inhibition and its release by SMAC. The architecture of BIRC6, together with near-irreversible binding of SMAC, elucidates how the IAP inhibitor SMAC can effectively control a processive ubiquitin ligase to respond to apoptotic stimuli.
履歴
登録2022年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2023年3月29日-
現状2023年3月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27835.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27835.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.552
最小 - 最大-2.2759724 - 3.6768024
平均 (標準偏差)-0.004458339 (±0.047376588)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 422.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27835_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: main map post-processed using deepEMhancer

ファイルemd_27835_additional_1.map
注釈main map post-processed using deepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 1

ファイルemd_27835_half_map_1.map
注釈half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 2

ファイルemd_27835_half_map_2.map
注釈half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Baculoviral IAP repeat-containing protein 6

全体名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
要素
  • 複合体: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6

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超分子 #1: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6

超分子名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.067 MDa

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分子 #1: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6

分子名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 合成酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 534.158312 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKL AAANSSIDLI STSLYKKAGL TMVTGGGAAP PGTVTEPLPS VIVLSAGRKM AAAAAAASGP GCSSAAGAGA AGVSEWLVL RDGCMHCDAD GLHSLSYHPA LNAILAVTSR GTIKVIDGTS GATLQASALS AKPGGQVKCQ YISAVDKVIF V DDYAVGCR ...文字列:
MDYKDDDDKL AAANSSIDLI STSLYKKAGL TMVTGGGAAP PGTVTEPLPS VIVLSAGRKM AAAAAAASGP GCSSAAGAGA AGVSEWLVL RDGCMHCDAD GLHSLSYHPA LNAILAVTSR GTIKVIDGTS GATLQASALS AKPGGQVKCQ YISAVDKVIF V DDYAVGCR KDLNGILLLD TALQTPVSKQ DDVVQLELPV TEAQQLLSAC LEKVDISSTE GYDLFITQLK DGLKNTSHET AA NHKVAKW ATVTFHLPHH VLKSIASAIV NELKKINQNV AALPVASSVM DRLSYLLPSA RPELGVGPGR SVDRSLMYSE ANR RETFTS WPHVGYRWAQ PDPMAQAGFY HQPASSGDDR AMCFTCSVCL VCWEPTDEPW SEHERHSPNC PFVKGEHTQN VPLS VTLAT SPAQFPCTDG TDRISCFGSG SCPHFLAAAT KRGKICIWDV SKLMKVHLKF EINAYDPAIV QQLILSGDPS SGVDS RRPT LAWLEDSSSC SDIPKLEGDS DDLLEDSDSE EHSRSDSVTG HTSQKEAMEV SLDITALSIL QQPEKLQWEI VANVLE DTV KDLEELGANP CLTNSKSEKT KEKHQEQHNI PFPCLLAGGL LTYKSPATSP ISSNSHRSLD GLSRTQGESI SEQGSTD NE SCTNSELNSP LVRRTLPVLL LYSIKESDEK AGKIFSQMNN IMSKSLHDDG FTVPQIIEME LDSQEQLLLQ DPPVTYIQ Q FADAAANLTS PDSEKWNSVF PKPGTLVQCL RLPKFAEEEN LCIDSITPCA DGIHLLVGLR TCPVESLSAI NQVEALNNL NKLNSALCNR RKGELESNLA VVNGANISVI QHESPADVQT PLIIQPEQRN VSGGYLVLYK MNYATRIVTL EEEPIKIQHI KDPQDTITS LILLPPDILD NREDDCEEPI EDMQLTSKNG FEREKTSDIS TLGHLVITTQ GGYVKILDLS NFEILAKVEP P KKEGTEEQ DTFVSVIYCS GTDRLCACTK GGELHFLQIG GTCDDIDEAD ILVDGSLSKG IEPSSEGSKP LSNPSSPGIS GV DLLVDQP FTLEILTSLV ELTRFETLTP RFSATVPPCW VEVQQEQQQR RHPQHLHQQH HGDAAQHTRT WKLQTDSNSW DEH VFELVL PKACMVGHVD FKFVLNSNIT NIPQIQVTLL KNKAPGLGKV NALNIEVEQN GKPSLVDLNE EMQHMDVEES QCLR LCPFL EDHKEDILCG PVWLASGLDL SGHAGMLTLT SPKLVKGMAG GKYRSFLIHV KAVNERGTEE ICNGGMRPVV RLPSL KHQS NKGYSLASLL AKVAAGKEKS SNVKNENTSG TRKSENLRGC DLLQEVSVTI RRFKKTSISK ERVQRCAMLQ FSEFHE KLV NTLCRKTDDG QITEHAQSLV LDTLCWLAGV HSNGPGSSKE GNENLLSKTR KFLSDIVRVC FFEAGRSIAH KCARFLA LC ISNGKCDPCQ PAFGPVLLKA LLDNMSFLPA ATTGGSVYWY FVLLNYVKDE DLAGCSTACA SLLTAVSRQL QDRLTPME A LLQTRYGLYS SPFDPVLFDL EMSGSSCKNV YNSSIGVQSD EIDLSDVLSG NGKVSSCTAA EGSFTSLTGL LEVEPLHFT CVSTSDGTRI ERDDAMSSFG VTPAVGGLSS GTVGEASTAL SSAAQVALQS LSHAMASAEQ QLQVLQEKQQ QLLKLQQQKA KLEAKLHQT TAAAAAAASA VGPVHNSVPS NPVAAPGFFI HPSDVIPPTP KTTPLFMTPP LTPPNEAVSV VINAELAQLF P GSVIDPPA VNLAAHNKNS NKSRMNPLGS GLALAISHAS 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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium chloride塩化ナトリウム
3.0 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: LEICA EM GP
詳細added CHAPSO to 0.8 mM

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細Data collection in counting mode, using multi-shot scheme (9 holes per stage position, 3 movies per hole)
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19647 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 52.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4058599
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 5 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 325666
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8e2g:
Cryo-EM structure of N-terminal arm (aa68-966) of BIRC6 (from local refinement 3)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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