[日本語] English
万見
- EMDB-8361: Structure and assembly model for the Trypanosoma cruzi 60S riboso... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8361
タイトルStructure and assembly model for the Trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit
マップデータStructure and assembly model for the Trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit
試料
  • 複合体: trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit
    • RNA: x 8種
    • タンパク質・ペプチド: x 38種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nucleosome assembly / ヌクレオソーム / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / membrane => GO:0016020 / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome ...maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nucleosome assembly / ヌクレオソーム / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / membrane => GO:0016020 / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Linker histone H1/H5 / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L38e ...Linker histone H1/H5 / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal L22e protein family / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L35Ae / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal protein L32e / Ribosomal protein L32e superfamily / Ribosomal_L32e / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L26/L24, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L24e / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L32 / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal
類似検索 - ドメイン・相同性
60S ribosomal protein L28 / 60S ribosomal protein L11, putative / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L4, putative / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal protein L44, putative / 60S ribosomal protein L32, putative / 60S ribosomal protein L37a, putative / 60S ribosomal protein L34, putative ...60S ribosomal protein L28 / 60S ribosomal protein L11, putative / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L4, putative / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal protein L44, putative / 60S ribosomal protein L32, putative / 60S ribosomal protein L37a, putative / 60S ribosomal protein L34, putative / 60S ribosomal protein L17, putative / Ribosomal protein L21E (60S), putative / 60S ribosomal protein L26, putative / 60S ribosomal protein L30, putative / 60S ribosomal protein L6, putative / 60S ribosomal protein L7, putative / 60S ribosomal protein L2, putative / 40S ribosomal protein L14, putative / Ribosomal protein L38, putative / Ribosomal protein L39, putative / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L22, putative / 60S ribosomal protein L18 / Ribosomal protein L24, putative / 60S ribosomal protein L35, putative / 60S ribosomal protein L23a, putative / 60S ribosomal protein L27A/L29, putative / 60S ribosomal protein L23, putative / Ribosomal protein L35A, putative / 60S ribosomal protein L13 / 60S ribosomal protein L7a / Ribosomal protein L19-like protein / 60S ribosomal protein L27 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L36 / 60S ribosomal subunit protein L31 / 60S ribosomal protein L13a
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Liu Z / Gutierrez-Vargas C / Wei J / Grassucci RA / Ramesh M / Espina N / Sun M / Tutuncuoglu B / Madison-Antenucci S / Woolford Jr JL ...Liu Z / Gutierrez-Vargas C / Wei J / Grassucci RA / Ramesh M / Espina N / Sun M / Tutuncuoglu B / Madison-Antenucci S / Woolford Jr JL / Tong L / Frank J
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM29169 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM028301 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)35GM118093 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)HHMI 米国
National Science Foundation (NSF, United States)GRFP DGE-11-44155 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Structure and assembly model for the Trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit.
著者: Zheng Liu / Cristina Gutierrez-Vargas / Jia Wei / Robert A Grassucci / Madhumitha Ramesh / Noel Espina / Ming Sun / Beril Tutuncuoglu / Susan Madison-Antenucci / John L Woolford / Liang Tong / Joachim Frank /
要旨: Ribosomes of trypanosomatids, a family of protozoan parasites causing debilitating human diseases, possess multiply fragmented rRNAs that together are analogous to 28S rRNA, unusually large rRNA ...Ribosomes of trypanosomatids, a family of protozoan parasites causing debilitating human diseases, possess multiply fragmented rRNAs that together are analogous to 28S rRNA, unusually large rRNA expansion segments, and r-protein variations compared with other eukaryotic ribosomes. To investigate the architecture of the trypanosomatid ribosomes, we determined the 2.5-Å structure of the Trypanosoma cruzi ribosome large subunit by single-particle cryo-EM. Examination of this structure and comparative analysis of the yeast ribosomal assembly pathway allowed us to develop a stepwise assembly model for the eight pieces of the large subunit rRNAs and a number of ancillary "glue" proteins. This model can be applied to the characterization of Trypanosoma brucei and Leishmania spp. ribosomes as well. Together with other details, our atomic-level structure may provide a foundation for structure-based design of antitrypanosome drugs.
履歴
登録2016年9月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月12日-
マップ公開2016年10月12日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5t5h
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8361.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8361.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 46.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure and assembly model for the Trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.09
最小 - 最大-0.45471793 - 0.8159538
平均 (標準偏差)0.0041980413 (±0.053391784)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ230230230
Spacing230230230
セルA=B=C: 240.34999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0451.0451.045
M x/y/z230230230
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z240.350240.350240.350
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS230230230
D min/max/mean-0.4550.8160.004

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit

全体名称: trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit
要素
  • 複合体: trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit
    • RNA: RNA LARGE SUBUNIT ALPHAリボ核酸
    • RNA: RNA LARGE SUBUNIT BETAリボ核酸
    • RNA: 5.8S rRNA5.8SリボソームRNA
    • RNA: 5S rRNA5SリボソームRNA
    • RNA: srRNA1
    • RNA: srRNA3
    • RNA: srRNA2
    • RNA: srRNA4
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L11
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L13a
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L18a
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L19-like proteinリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L21E (60S)リボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L23a
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L26
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L27A/L29リボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L1360S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal subunit protein L31リボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L35Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L37
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L37a
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L38
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L39
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L44
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L7
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L7a-like proteinリボソーム
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit

超分子名称: trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#46
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)

+
分子 #1: RNA LARGE SUBUNIT ALPHA

分子名称: RNA LARGE SUBUNIT ALPHA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 414.400031 KDa
配列文字列: CAGACCUGAG UGUGGCAGGA CUACCCGCCG AACUUAAGCA UAUUACUAAG CGGAGGAAAA GAAAACAACC GUGAUUCUCU CAGUCAGCG GCGAGCGAAG AGGGAUCCAA CUCGUUGCCG AAUCGGUUCU UAUAGGAACU UGAGUUGUGG CAAUGGUGCA G GAAUGGUG ...文字列:
CAGACCUGAG UGUGGCAGGA CUACCCGCCG AACUUAAGCA UAUUACUAAG CGGAGGAAAA GAAAACAACC GUGAUUCUCU CAGUCAGCG GCGAGCGAAG AGGGAUCCAA CUCGUUGCCG AAUCGGUUCU UAUAGGAACU UGAGUUGUGG CAAUGGUGCA G GAAUGGUG AAAUUCAAAG CAAACCCGUU GCUACAUCAU GUGAGUAUUG AGCCAAAGAA GGUGUUAGCC CAUUGAGCCA UG AACCUAA GAGAGUAGCA CUGCUUGGGA GUGCAGUGUC AAGCUGG(OMC)AG GUAUGUGUCU GCCAAAGUUA AAUACAGAG UAGGAAGACC GAUAGCGAAC AAGUAGCGUG AGCGAAAGUU UGAAAAGC(A2M)C UUUGGAAAGA GAGUGACAUA GACCUG AAG UCGUGACAAU AAUGGAAGUA CCUCCAUUUC GCCAAAACCA GCCUCUACUG AGCAAGAACG AGGUCAUGGU UUUGGCG GA AAUGGGGUGC CCCCACCCGU CUUGA(A2M)A(OMC)(A2M)C GGACCAAGGA GU(OMC)A(A2M)ACAGA CGCGCAAG G GAGAAGAUAU CAGUACUUCU CUCGUACUGA AAGGGAGAUU GUGGUGUGCA CACUUGC(OMC)CA ACACC(OMG)ACC (7MG)GCCCCGGGU UGAGUUGGAG UGU(OMG)CCUG(OMU)U UGGACCC(OMG)A(A2M) AGGUGGUGAA CUAUGCCUGA ACAAGGUGA AGCCCGGGGA AACUCGGGUG GAGGCCUGUA GCGAUGCUG(A2M) C(7MG)UGCAAAU(OMC) GCUCGCAUG AUUUGGGU(A2M)U (5MC)G(OMG)AGCGAAA GACUCAUCGA ACCACCUAGU AGCUGGUUCA CAUCGAAGUU UCCC (OMU)CAGG AUAGCUGGUG CUUGAAAAAG UAUUGUGCGG UAAAGCUUUA AA(OMU)GUGCAAC UUGCCAAAGC AAGGUAU UA AGGCACCAAG UGGGCCUUCU UCGGUAAGC(OMG) GAGCAGGCGA UGCGGAAUGA ACCGCUUAGG GAUAUGUGGC GUCA AAACU UAUGGGCUCA CGAACAAUGG A(OMU)GACGCUCA AGCCCAAUUA GUGCC(5MC)AUUA UUCCUUUGGU AAGGGCG AG AAAGUGUAGC CCUUCCGAUG UAGAUGUGGC GUGGAGGUAA GGACGAAGCU GAUGGCGUGA GCCUCAGAUG GACCAGCC U CUAGUGCA(OMG)A U(OMC)UUGGUUGG CGU(A2M)(OMG)CAAAG AUCUAACGGA AC(OMG)UUGGAUA CUGGAGC (7MG)G GGAAGGAUUU CGUGCCAACG GCACUCGUAC ACGAGUUGUU CGGAUACUGA GCACAACGUU ACACCGUUUU UAGG A(A2M)AAG GGGCAACAGA GAACCUGGGA UUAUAUUCCA AAAAGAAAUU GCAUG

+
分子 #2: RNA LARGE SUBUNIT BETA

分子名称: RNA LARGE SUBUNIT BETA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 303.89975 KDa
配列文字列: ACUGCAGACC GUACU(OMC)AUCA CCGCAUCAGG UCCCCAAGCA UACA(A2M)UGCUC UGGUACAUAG AGAAA(OMG)G (OMU)A CA(OMC)UCAGGGA AGUCGGCAAA AUAGAUGCGU AAGUUCGCAA GAAGCAUUGG CUCUGAGGGC AACAACUCAG AACUGCUUA ...文字列:
ACUGCAGACC GUACU(OMC)AUCA CCGCAUCAGG UCCCCAAGCA UACA(A2M)UGCUC UGGUACAUAG AGAAA(OMG)G (OMU)A CA(OMC)UCAGGGA AGUCGGCAAA AUAGAUGCGU AAGUUCGCAA GAAGCAUUGG CUCUGAGGGC AACAACUCAG AACUGCUUA CGGCGGGGAA UCCAACUGU(A2M) UAAUUAAAAC AUAGGUUUGU GAUGCAUCCA AGUGGUGUAU GUCGCAA AC UGAUUUCUGC C(OMC)AGUGCUCU GU(OMG)AAGAGGU UCACCGGCGC GGGUAAACGG CAAGGUAGC(5MC) AA (A2M)UGCCUC (OMG)UCUUCCAAU UAGAGACGCG CAU(7MG)AAUGGA UUAAUGAGAU UCCCUCUGU(OMC) CCGAGUU (A2M)C UAUCUAGCGA AACGACAGUC AAGGGAACGG ACUUG(A2M)AGGG CUAAGCGGGG AAAGAAGACC CU(OMG)UUG AGU UUGAC(OMU)CCAG UCUGGCUCUG UGAGGCGAGC UUCACUUAUC GAAUGAAGAG ACCAAUGGGU UUCGCGUAGU CUG CGGGCU AUGCACCGUC UCU(7MG)AACCAA CGGA(7MG)UCUUG UUUCGAGACA UCUGCCAGAU GGGGA(OMG)UUUG GC UGGGGCG GCAUAUCUGU UACACGACAA CGCAGGU(OMG)UC CUAAGGCGAG CUCAGUGGGA UCUCACGUAG AACACAAGC GUAAAAGCUU GCUUGAUUAA CGAUUUCCAG UACGAAUCGA GACUGCGAAA GCAAGGCCAG CGAUCCUUUG CGUA(OMU)G AAC AAAUCAUACC A(OMG)A(OMG)GUGUCA GAAUAAUUAC (OMC)ACAG(OMG)GAUA ACUGGCUUAU CCUUCGAUGU C GG(OMC)UCUUC CUAACCUAGC GGCUAAGGGU UGGAU(OMU)(OMG)UUC ACCCACUGAC AGGGAACGUG (A2M)GCUGG GUU UAGA(OMC)CGUCG UGAGACAGGU UGGUUUUACC CUACUUAGCU GGAAAUUGCG AGAAAAAAAA AAUUUUUUAA AAU UUUUUU UUUUUUUACU UGGUACGAAA AAAA

+
分子 #3: 5.8S rRNA

分子名称: 5.8S rRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 54.425363 KDa
配列文字列: AACGUG(OMU)CGC GAUGGAUGAC UUGGCUUCCU AUUUCGUUGA A(7MG)(A2M)ACGCAGC AAAGUGCGAU AAGUGGUA U CAAUU(OMG)CAGA AUCAUUCAAU UACCGAAUCU UUGAA(OMC)GCAA ACGGCGCA(OMU)G GGAGAAGCUC CCCGGAG UC AUCCCCGUGC ...文字列:
AACGUG(OMU)CGC GAUGGAUGAC UUGGCUUCCU AUUUCGUUGA A(7MG)(A2M)ACGCAGC AAAGUGCGAU AAGUGGUA U CAAUU(OMG)CAGA AUCAUUCAAU UACCGAAUCU UUGAA(OMC)GCAA ACGGCGCA(OMU)G GGAGAAGCUC CCCGGAG UC AUCCCCGUGC AUGCCAUAUU UCUC(A2M)GU(OMG)UC G

+
分子 #4: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 38.047582 KDa
配列文字列:
GGGUACGACC AUACUUGGCC GAGUGCACCA CAUCCCGUCC GAUUUGUGAA GUUAAGCGGC CACAGGCCUC GUUAGUACGG CGAUCAGUG AUGGCGCUGG AACCCGGGGU GCUGCAAUC

+
分子 #5: srRNA1

分子名称: srRNA1 / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 46.982832 KDa
配列文字列:
GUGGAAAUGC GGCCAGGUGA CCAAUCAAUC CUCCCACGGU GAGCUUUCUU UUCACCAUAA UCCACUUGGG CCUUUCGAGU UGUUCGGAA CGGGGGCUCA AGAUUGAAAA AUGCAGUUGU GAGUUCUAUU AAAGCAAAAA CCUGGGG

+
分子 #6: srRNA3

分子名称: srRNA3 / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 14.572682 KDa
配列文字列:
CGAAUCGCCA CUUCUCUCGG CGCCAAGUAC CUUCAUAUUC ACAAGA

+
分子 #7: srRNA2

分子名称: srRNA2 / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 39.608434 KDa
配列文字列:
GGUAUCGUGA GGGUAGUACG AGGUGUACUC CCAUGCCGU(OMG) CCUCUGGUUU CUGGAGUUUG UCGAACGGCA AGUGCU CCG ACGCUAUCGC ACGGUGGUUA GCCAGUCCCA AGACCAGAUG CCCA

+
分子 #8: srRNA4

分子名称: srRNA4 / タイプ: rna / ID: 8 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 29.374498 KDa
配列文字列:
CACGUCCCUC UCCAAACGAG AGAACAUGCA UGGGCUGGCA UGAGCGCGUG GGGCCCCGAG GCGCUGAACC UUGAGGCCUC AUGCUGGGA CU

+
分子 #9: 60S ribosomal protein L18

分子名称: 60S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 21.595504 KDa
配列文字列: GVDLTGVQKK KRVVRHHTYS TNPYIKLLIK LYKFLAQRTN SAFNKLVHQR LLKSRSNRAP ISLSRIAVCM KRKSVWLEKG KKAPIAVIV GDVLDDVRMA RIPALRVCAL RFSKSARERI TGAGGECLTF DQLAMVAPTG KNTFLLRGRK SGRESVKHFG A AGVPGSHA ...文字列:
GVDLTGVQKK KRVVRHHTYS TNPYIKLLIK LYKFLAQRTN SAFNKLVHQR LLKSRSNRAP ISLSRIAVCM KRKSVWLEKG KKAPIAVIV GDVLDDVRMA RIPALRVCAL RFSKSARERI TGAGGECLTF DQLAMVAPTG KNTFLLRGRK SGRESVKHFG A AGVPGSHA KPFTSNRGKE RQRSSARRRA FRHK

+
分子 #10: 60S ribosomal protein L11

分子名称: 60S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 7.672055 KDa
配列文字列:
EIVVKKLCLN IVHCTVRTGS FGGMDFYVVL GRRGERVAHR RRKTSRVGCP HRVRKEEAMH WFERT

+
分子 #11: 60S ribosomal protein L13

分子名称: 60S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 23.690836 KDa
配列文字列: PKGKNAIPHV HQRKHWNPCS SQKGNVKVFL NQPAQKLRRR RLRLLKAKKT FPRPLKALRP QVNCPTVRHN MKKRLGRGFT VEELKAAGI NPRFAPTIGI RVDRRRKNKS EEGMSINIQR LKTYMSKLVL FPMSYKNVQK GEATEEEVKS ATQDRTRFGT A AVGGFVTP ...文字列:
PKGKNAIPHV HQRKHWNPCS SQKGNVKVFL NQPAQKLRRR RLRLLKAKKT FPRPLKALRP QVNCPTVRHN MKKRLGRGFT VEELKAAGI NPRFAPTIGI RVDRRRKNKS EEGMSINIQR LKTYMSKLVL FPMSYKNVQK GEATEEEVKS ATQDRTRFGT A AVGGFVTP APEAPRKVTE EERTKNVYKF LKKNHSAVRF FGIRRAR

+
分子 #12: 60S ribosomal protein L13a

分子名称: 60S ribosomal protein L13a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 23.412801 KDa
配列文字列: HRPEIIVVDL KDHVLGRAAA IVAKQLLLGK KITAVRCEQL TIAGTEIRNK IKYLQFLRKR KLSNPKLGPF HHRSPSDIFL RTVRSMLPR YTKRGQKALR QLVAYEGIPT NVVRTGGRVV IPKAQRHYCY RSERPYTVLG NMCKHVGWKY SDVVKKLETA R VEKAARHH ...文字列:
HRPEIIVVDL KDHVLGRAAA IVAKQLLLGK KITAVRCEQL TIAGTEIRNK IKYLQFLRKR KLSNPKLGPF HHRSPSDIFL RTVRSMLPR YTKRGQKALR QLVAYEGIPT NVVRTGGRVV IPKAQRHYCY RSERPYTVLG NMCKHVGWKY SDVVKKLETA R VEKAARHH KKTEKLRAAW KSARKEALSK VSKNNLEVLK KFGYA

+
分子 #13: 40S ribosomal protein L14

分子名称: 40S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 17.483592 KDa
配列文字列:
NYIRAGRLVR IIRGPRQDRV GVVVDIIDGN RVLVENPADK KMWRHVQNLK NVEPLKFSVE LSRNCSTKTL KNVLAEKKIL EKYAATKSA RRIAAKRAFA RSTDFERYQL RVAKRSRAFW TRKVFDENDK KKPVSWHKVA LKKLQKNAKK

+
分子 #14: Ribosomal protein L15

分子名称: Ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 24.154484 KDa
配列文字列: GAFMYLNELW KKKSSDVMRF IQRVRAWEFR HQHTVVRLRR PTRPEKARML GYKTKQGFSV FRVRVRRGGR KRPVHKGITY GKPKTSGVL GVKLNKNSRA IAEQRLGKKY GNLRVLNSYW VNADSTFVWY EVVAVDPMCR TIRRDPRINW IVNAVHKHRE Q RGLTSAGR ...文字列:
GAFMYLNELW KKKSSDVMRF IQRVRAWEFR HQHTVVRLRR PTRPEKARML GYKTKQGFSV FRVRVRRGGR KRPVHKGITY GKPKTSGVL GVKLNKNSRA IAEQRLGKKY GNLRVLNSYW VNADSTFVWY EVVAVDPMCR TIRRDPRINW IVNAVHKHRE Q RGLTSAGR KHRGLRHKGH KASKLRPSVR AAWRRNNRMV FLRKR

+
分子 #15: 60S ribosomal protein L17

分子名称: 60S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 17.545625 KDa
配列文字列:
HYSRKPQVSS KSAKAKVSDL RCHFKNTFET ANVINGMPLR KAQQLYRQVL AKTRCIPFKR YNGKIGRTAQ AKEWGQTKGR WPRKSVVAM LSLLKNAEAN AIEKGLDPNK MVIKHVQVDQ AARMRRRTYR AHGRITPYMC SPCHVQLFMT QPQ

+
分子 #16: 60S ribosomal protein L18a

分子名称: 60S ribosomal protein L18a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 20.595014 KDa
配列文字列:
VKPHLRHYCV VGRETPSEKN PAPTVYKFEV FAPNFVVAKS RFWRMMREKN KVKSTHGDVL SCKVVKDRKL AARNYSVDIA YYSQRCGYT HMVKEFRDVS KAGAVSQAYH DLASRHRARY HNIEVLGVKS IPNHQVKRLS ISEYHASNLS FPLLHRRVKA P RKDRVVFV KKNTKRAVV

+
分子 #17: Ribosomal protein L19-like protein

分子名称: Ribosomal protein L19-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 18.187561 KDa
配列文字列:
SLKLQARLAA DILRCGRHRV WLDPNEASEI SNANSRKSVR KLIKDGLIIR KPVKVHSRSR WRHMKEAKSM GRHEGAGRRE GTREARMPS KELWMRRLRI LRRLLRKYRE EKKIDRHIYR ELYVKAKGNV FRNKRNLMEH IHKVKNEKKK E

+
分子 #18: Ribosomal protein L21E (60S)

分子名称: Ribosomal protein L21E (60S) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 16.584541 KDa
配列文字列:
HSHGYKCGTR HLFAKKFRKH GVPSVSTILT NFKVGDYVDV VADSAVRAGM PHKYYHGRTG IVWNVTPRGV GVIVNKPVRN RTVRKRICV RFEHVRKSRC QEAFKQKQKD FLAFQAAKKA GKPLPPLKRS SRNGGIVRAK RVEVLAR

+
分子 #19: 60S ribosomal protein L22

分子名称: 60S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 11.872974 KDa
配列文字列:
KVFKIDCTIP ANDGIFSEEI LGNFEQYFQE NVKLNGRKGK LTEKVRVGLR NNVLTITTTM AYRKKYFKYL TKKFLKKKDL RDWIRILAR GKDTYQLKYF

+
分子 #20: 60S ribosomal protein L23

分子名称: 60S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 13.651026 KDa
配列文字列:
FRVSLALPVG AVVNCADNTG AKNLYIISVK GYHGRLNRLP AAALGDIVMA SVKKGKPELR RKVLNAVIIR QRKSWRRKDG TVIYFEDNA GVIVNPKGEM KGSGIAGPVA KEAADLWPKI SSHAPAIV

+
分子 #21: 60S ribosomal protein L23a

分子名称: 60S ribosomal protein L23a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 13.444673 KDa
配列文字列:
AYTRPQFRRP HTYRRPSIPK PSNNMSAISN KWDAFRVIRY PLTTDKAMKK IEENNTLTFI VDSNANKTEI KKAMRKLYQV KAVKVNTLI RPDGLKKAYI RLSASYDALE TANKMGL

+
分子 #22: Ribosomal protein L24

分子名称: Ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 7.363689 KDa
配列文字列:
TIDCEFSHFA VHPGHGRRYV PFAFLSTKPV LTFARPKCFA MYMRKKNPRF VPWTRTYRRI N

+
分子 #23: 60S ribosomal protein L26

分子名称: 60S ribosomal protein L26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 13.107445 KDa
配列文字列:
GSRRKARRAH FQAPSHVRRI LMSAPLSKEL RAKYNVRAMP VRKDDEVRVK RGAYKGREGK VTACYRLRWV IHIDKVNREK ANGTTVPVG VHPSNVEITK LKLNHNRKAI LERK

+
分子 #24: Ribosomal protein L27

分子名称: Ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 15.419276 KDa
配列文字列:
KFLKPGKVVI VTSGRYAGKK AVIVQNTDSK SKERPYGHSL IAGMKKYPKK VVRGMSKRTI QRRSRVGVFL RVVNHKHFLP TRYNMDLSR ELRGRINVSD ASKKAKSKQL VRKLFQARYN AGSNRWFFQR LRF

+
分子 #25: 60S ribosomal protein L27A/L29

分子名称: 60S ribosomal protein L27A/L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 16.103848 KDa
配列文字列:
PTRFKKTRHQ RGSTFCGYGR VGKHRKHPSG RGNAGGQHHH RINFDKYHPG YFGKCGMNHY HLKKNPLWKP TINLNNLAKL IAKDEALKA KKGETLPVVD LLANGYSKLL GNGHLQTPCI VKARWVSKLA DKKIRKAGGA VVLQA

+
分子 #26: 60S ribosomal protein L28

分子名称: 60S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 13.836174 KDa
配列文字列:
STDLQWLLVR QNSKFLQKRN GIRLSSDPFN NNANWTKRHA GFLNTKAAVV KTKGDRILVT TKDGKAGNKP KSMYKKAVMD AGVEASVVS KAVAAVRPDL ASIASRRARK MASTLEHMKK VRAARK

+
分子 #27: Ribosomal protein L29

分子名称: Ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 7.378556 KDa
配列文字列:
NHTNHNQSRK NHRNGIKRAL PMYLHNSKRG SWLPALINAR RVRKNNQKAA VKARRERLAA HKA

+
分子 #28: 60S ribosomal protein L2

分子名称: 60S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 26.737242 KDa
配列文字列: GKTVLTCRKG NGSIYQVHGH KRLGPAKLRI LDYAERHGFM RGVVKTIEHE PGRGAPLARV EFRHPYKYRR VKELMVAPEG MFTGQSVLC GVKAPLAIGN VLPLGQITEG CIVCNVEAKV GDRGTIARAS GDYCIIISHN HETGRTRLKL PSGQKKTVPS N CRAMIGII ...文字列:
GKTVLTCRKG NGSIYQVHGH KRLGPAKLRI LDYAERHGFM RGVVKTIEHE PGRGAPLARV EFRHPYKYRR VKELMVAPEG MFTGQSVLC GVKAPLAIGN VLPLGQITEG CIVCNVEAKV GDRGTIARAS GDYCIIISHN HETGRTRLKL PSGQKKTVPS N CRAMIGII AGGGRIEKPV LKAGNSFYRF RGKRNCWPKV RGVARNPVEH PHGGGNHQHI GHPSTVSRHA PPGQKVGLIA AR RTGRI

+
分子 #29: Ribosomal protein L13

分子名称: Ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 45.359961 KDa
配列文字列: EHPRHGHLGF LPRKRSRQIR GRVRSFPKDD PSQKPHLTSF MVFKAGMTHI VRDVDRPGSK VNKKEVVEPV TILEAPPMVV VGIVGYRQT PVGHKTIGTV WAHHTSVEFR RRFYKNWKQS AQLAFTKRKQ FARTTEGRLA EARTLKAFAK KADIIRVVAH T QLRKLRNN ...文字列:
EHPRHGHLGF LPRKRSRQIR GRVRSFPKDD PSQKPHLTSF MVFKAGMTHI VRDVDRPGSK VNKKEVVEPV TILEAPPMVV VGIVGYRQT PVGHKTIGTV WAHHTSVEFR RRFYKNWKQS AQLAFTKRKQ FARTTEGRLA EARTLKAFAK KADIIRVVAH T QLRKLRNN RVGVKKAHVS EIQINGGTIA EKIELAKSLL EKEVRIDSIF QQSETCDVCA VTKGHGFTGV VKRWGVACLP RK THRGLRK VACIGAWHPA RVMYTVARAG QHGYHHRTHL NKKIYQLGRA VSMEPNQATT TYDLTAKSIT PMGGFVGYGT VRN DYIMLK GSVAGPRRRV ITLRRPMAPQ TSRKLTEQIT LKFIDTSSKI GHGRFQTKKE KSQWFGPLKK DRIRREERLR K

+
分子 #30: 60S ribosomal protein L30

分子名称: 60S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 7.508954 KDa
配列文字列:
TKIQLVMKSG KYVLGTKQTL KTLRQGRSKL VVISSNCPPI RKAEIEYYCT LSKTPMHHYV LSITDV

+
分子 #31: 60S ribosomal subunit protein L31

分子名称: 60S ribosomal subunit protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 19.48308 KDa
配列文字列:
ALLDARKKAI ASRKARDDRR WKRVLAKMDS EKRKKYHGVG NTAEHSRVRG ITRAALRKRT GRKPDNITME ATIHLSKLLK RKTFHKRAP IAIKRIKAFV ARLMKTKDNR IDASLNTYVW HKGVKGVPGR VRVHVERKSE TLEGGKRKHF YTVISNVPVA S FKNLTTKV T

+
分子 #32: 60S ribosomal protein L32

分子名称: 60S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 13.218489 KDa
配列文字列:
VKKRTKRFTR HKCELFPQLS SSWRKPRGED SPVRRRYKGQ KAMPNKGYGS DRKTKYITPS GFKNFPIHNV QDLYMLLMQN RKYAGVISH TVGAKSRKAI VRKAHELDVR LING

+
分子 #33: 60S ribosomal protein L34

分子名称: 60S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 12.302434 KDa
配列文字列:
PRVQYRRRMH YATRGNRMKL VRTPGNRLVM QKRVKRSQGP HTPWVLGHKR LAGTKALRHT EARLASRHEK STSRPYGGVL SHEQVRDRI VRAFLIEEQR IVKRA

+
分子 #34: 60S ribosomal protein L35

分子名称: 60S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 14.526508 KDa
配列文字列:
IRDLRDKSKD ELLKQLMEFK KELSQLRVAQ QLNSAGTRLG RIRLIRKSIA RILTVLNRNQ RESLRKVYAG RRLRLAMPKA LRPKLTRRR RLALKDNEKN RKTRRQLRMA RKFPRRVYAV K

+
分子 #35: Ribosomal protein L35A

分子名称: Ribosomal protein L35A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 15.513169 KDa
配列文字列:
NRSKKIQQLT KKTSTVKRNR KSPRLYMKAV LAGYTRGLHG QNKNTAIVRI ENVNTKEDAA WYVGKRVCYV YHGYKMKRCV RWSKAPARR SNTRAIWGRV TRPHGGSGAV RAKFNGSAVP ASAIGKRVRV YLYPSRI

+
分子 #36: Ribosomal protein L36

分子名称: Ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 10.819966 KDa
配列文字列:
PAPRTGIIAG FNKGHKTTRR ARAPSSNDRY ALPHKKLRAV KAIITDLVGL SPMERRVQEL LRVGKDKRAL KFCKKRLGNF KAAKKRRAK MEEALR

+
分子 #37: Ribosomal protein L37

分子名称: Ribosomal protein L37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 9.734394 KDa
配列文字列:
TKGTTSMGQR HGRTHILCRR CGRNAYHVQW ERCAACAYPR ASRRRYNWSV KAIKRRRTGT GRMRYLKEVN RRIKNHFKTS L

+
分子 #38: 60S ribosomal protein L37a

分子名称: 60S ribosomal protein L37a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 9.609315 KDa
配列文字列:
KRTVKMGVMG RYGARYGANP RKRAKKLEVS QHARHFCSFC GKFAFRRKAV GIWRCDGCSK TMAGGAYTLS TPNNSTVRST VRRLR

+
分子 #39: Ribosomal protein L38

分子名称: Ribosomal protein L38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 6.840182 KDa
配列文字列:
PREIKNLKEF LAICSRKDAR CVKVKHNPAQ TKFKVRCSRY LYTLVVADKK KADKIERS

+
分子 #40: Ribosomal protein L39

分子名称: Ribosomal protein L39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 6.436773 KDa
配列文字列:
GRFKPLAIKK KYAKKLKQNR PVPYWIRLRT GNRIKWNEKR RHWRRTKLHY

+
分子 #41: 60S ribosomal protein L4

分子名称: 60S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 37.228363 KDa
配列文字列: SVSVYSASED KVVGTCPLPA VFTAPIRHDI VQFVHTNMAK NSRQAYAVNR LSGMNHSAES WGTGRAVARI PRIGGGGTST SGAGAFGNM CRGGRMFAPT KIFRRWHRKI NLHQKRFAVV SALAASSVPA LVMSRGHKIE NVAEVPLVVE DAVQGYEKTK E AMAFLKAI ...文字列:
SVSVYSASED KVVGTCPLPA VFTAPIRHDI VQFVHTNMAK NSRQAYAVNR LSGMNHSAES WGTGRAVARI PRIGGGGTST SGAGAFGNM CRGGRMFAPT KIFRRWHRKI NLHQKRFAVV SALAASSVPA LVMSRGHKIE NVAEVPLVVE DAVQGYEKTK E AMAFLKAI GAVDDVNRVN DSREIRAGRG KMRNRRYVAR RGPMLVMPDN KGTRAFRNIF GLDLANVNAL NLLHLAPGGH VG RFVVWTK GAFEKLDSIF GTFTKASAVK KGFMLPAPML TNTDVTRIMQ SEEVRRVLKP KKLQPKKASR LTQPTNGFRN RRL RLRLNP FQKKESAMVK G

+
分子 #42: 60S ribosomal protein L44

分子名称: 60S ribosomal protein L44 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 10.90806 KDa
配列文字列:
VNYPKKKTMY CPDARCKAHK SFKVVQYKAG KARLYARGKR RYDRKQSGYG GQTKPIFHKK AKTTKKIVLK LQCSNCKSII QNVLKRTKH FELN

+
分子 #43: 60S ribosomal protein L5

分子名称: 60S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 28.665885 KDa
配列文字列: VVKNKAYFKR FQVKYRRRRE GKTDYQARRQ MVLQDKTKFG TPKYRLVVRI TNRDIIAQVV QAKVVGDEVV MAAYSHELPQ FGIQHGLTN YAAAYATGLL VARRMLTKLG LANKFEGTKE ADGSYSAVRT KADDQGDDEK RFPFKAILDV GLARTTTGAR V FGVMKGAV ...文字列:
VVKNKAYFKR FQVKYRRRRE GKTDYQARRQ MVLQDKTKFG TPKYRLVVRI TNRDIIAQVV QAKVVGDEVV MAAYSHELPQ FGIQHGLTN YAAAYATGLL VARRMLTKLG LANKFEGTKE ADGSYSAVRT KADDQGDDEK RFPFKAILDV GLARTTTGAR V FGVMKGAV DGGLAVPHRP NRFPGYDKEK DSLNAKAHRD RILGLHVAEY LKQVREEASS NPEESTCQFS KYIKDKVVPN EL EGMYKKA HAAIRAD

+
分子 #44: 60S ribosomal protein L6

分子名称: 60S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 19.042512 KDa
配列文字列:
EYTTLRKSCK PGTIAIILAG RFRGRRVVIL KQLPRNGPLV ISGPMKYNGV PIRRIDSRYI IATSTKVDIK NVDVSGITPD IFKRPKQEK RVKSEGEFMG DKAKKAAEQK AKKTAKAAPK GIVSDARAQL QKKVDAALIE AIRKDPLGKE KAGYLHSVFT I KPGDAPHR MRW

+
分子 #45: 60S ribosomal protein L7

分子名称: 60S ribosomal protein L7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 24.898406 KDa
配列文字列: KAIAANKAAR VALKKAAYAR GLRYSREYRS AEKKLVHLRR QAKSCGNYYL EAKPKVAVVT RIRGIAKVAP KQRKILQLLR LRQIFNTVF VRLNKPMENM LRAVEPYIAY GYPSLRTVRM MVYKRGHLKI NGQRVKIVNN QMIESKYNNE NIVCAEDIVN Q IYTGGKHF ...文字列:
KAIAANKAAR VALKKAAYAR GLRYSREYRS AEKKLVHLRR QAKSCGNYYL EAKPKVAVVT RIRGIAKVAP KQRKILQLLR LRQIFNTVF VRLNKPMENM LRAVEPYIAY GYPSLRTVRM MVYKRGHLKI NGQRVKIVNN QMIESKYNNE NIVCAEDIVN Q IYTGGKHF REVTNGLWPF KLSPPAGGMR QKRRHFVEGG DYGNRDALIN RFLARMI

+
分子 #46: Ribosomal protein L7a-like protein

分子名称: Ribosomal protein L7a-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 25.701291 KDa
配列文字列: RPKNFGIGHD VPYARDLSRF MRWPTFVTMQ RKKRVLQRRL KVPPALHQFT KVLDRSSRNE LLKLVKKYPS ETRRARRQRL FDVATEKKK NPEAASKKAP LSVVTGLQEV TRTIEKKTAR LVMIANNVDP IELVLWMPTL CRANKVPYAI VKDKARLGDA V GRKTATCV ...文字列:
RPKNFGIGHD VPYARDLSRF MRWPTFVTMQ RKKRVLQRRL KVPPALHQFT KVLDRSSRNE LLKLVKKYPS ETRRARRQRL FDVATEKKK NPEAASKKAP LSVVTGLQEV TRTIEKKTAR LVMIANNVDP IELVLWMPTL CRANKVPYAI VKDKARLGDA V GRKTATCV AITDVNAEDE AALKNLIRSV NARFLARSDV IRRQWGGLQL SLRSRAELRK KRARN

+
分子 #47: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 105 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #48: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #49: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 83 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantfoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 27.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6315

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 235000

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / 温度因子: 56
得られたモデル

PDB-5t5h:
Structure and assembly model for the Trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る