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- EMDB-8216: MicroED structure of tau VQIVYK peptide at 1.1 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8216
タイトルMicroED structure of tau VQIVYK peptide at 1.1 A resolution
マップデータtau VQIVYK peptide
試料
  • 細胞器官・細胞要素: VQIVYK
    • タンパク質・ペプチド: VQIVYK
  • リガンド: water水
キーワードAmyloid (アミロイド) / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / 軸索輸送 / histone-dependent DNA binding / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of diacylglycerol kinase activity / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / positive regulation of protein localization to synapse / microtubule lateral binding / tubulin complex ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / 軸索輸送 / histone-dependent DNA binding / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of diacylglycerol kinase activity / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / positive regulation of protein localization to synapse / microtubule lateral binding / tubulin complex / phosphatidylinositol bisphosphate binding / main axon / regulation of long-term synaptic depression / negative regulation of kinase activity / negative regulation of tubulin deacetylation / generation of neurons / regulation of chromosome organization / positive regulation of protein localization / rRNA metabolic process / internal protein amino acid acetylation / regulation of mitochondrial fission / intracellular distribution of mitochondria / axonal transport of mitochondrion / axon development / central nervous system neuron development / regulation of microtubule polymerization / 微小管 / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / dynactin binding / glial cell projection / negative regulation of mitochondrial membrane potential / apolipoprotein binding / protein polymerization / negative regulation of mitochondrial fission / axolemma / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / positive regulation of axon extension / supramolecular fiber organization / Activation of AMPK downstream of NMDARs / regulation of microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic microtubule organization / stress granule assembly / regulation of cellular response to heat / axon cytoplasm / regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of microtubule polymerization / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / somatodendritic compartment / synapse assembly / phosphatidylinositol binding / nuclear periphery / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of superoxide anion generation / protein phosphatase 2A binding / regulation of autophagy / astrocyte activation / synapse organization / response to lead ion / microglial cell activation / regulation of synaptic plasticity / Hsp90 protein binding / PKR-mediated signaling / protein homooligomerization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / 記憶 / microtubule cytoskeleton organization / cellular response to reactive oxygen species / SH3 domain binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / protein-macromolecule adaptor activity / single-stranded DNA binding / cell-cell signaling / cellular response to heat / cell body / actin binding / 成長円錐 / protein-folding chaperone binding / double-stranded DNA binding / microtubule binding / 微小管 / amyloid fibril formation / sequence-specific DNA binding / 樹状突起スパイン / learning or memory / neuron projection / nuclear speck / 脂質ラフト / 神経繊維 / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / 樹状突起 / DNA damage response / protein kinase binding / enzyme binding / ミトコンドリア / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / タウタンパク質 / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
タウタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者de la Cruz MJ / Hattne J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)1R01-AG029430 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2017
タイトル: Atomic-resolution structures from fragmented protein crystals with the cryoEM method MicroED.
著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P ...著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P Hinck / Guillermo Calero / David Eisenberg / Tamir Gonen /
要旨: Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from ...Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from pathologies that render them inappropriate for high-resolution structure determination. Here we show that fragmentation of large, imperfect crystals into microcrystals or nanocrystals can provide a simple path for high-resolution structure determination by the cryoEM method MicroED and potentially by serial femtosecond crystallography.
履歴
登録2016年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月22日-
マップ公開2016年6月22日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5k7n
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5k7n
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8216.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8216.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈tau VQIVYK peptide
ボクセルのサイズX: 0.36775 Å / Y: 0.31188 Å / Z: 0.3574 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.47962725 - 1.1435935
平均 (標準偏差)-0.0008480896 (±0.15727948)
対称性空間群: 5
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-6-15-19
サイズ1008350
Spacing8016104
セルA: 29.419998 Å / B: 4.99 Å / C: 37.17 Å
α: 90.0 ° / β: 111.55 ° / γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.367750.3118750.35740384615385
M x/y/z8016104
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z29.4204.99037.170
α/β/γ90.000111.55090.000
start NX/NY/NZ-6-19-15
NX/NY/NZ1005083
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-15-6-19
NC/NR/NS8310050
D min/max/mean-0.4801.144-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : VQIVYK

全体名称: VQIVYK
要素
  • 細胞器官・細胞要素: VQIVYK
    • タンパク質・ペプチド: VQIVYK
  • リガンド: water水

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超分子 #1: VQIVYK

超分子名称: VQIVYK / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 747 Da

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分子 #1: VQIVYK

分子名称: VQIVYK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 749.917 Da
配列文字列:
VQIVYK

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 8.5
構成要素:
濃度名称
22.5 %ethylene glycolエチレングリコール
Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION回折 / カメラ長: 730 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 299 / 回折像の数: 299 / 平均露光時間: 2.1 sec. / 平均電子線量: 0.002 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Crystallography statisticsNumber intensities measured: 6185 / Number structure factors: 3319 / Fourier space coverage: 83 / R sym: 12.9 / R merge: 12.9 / Overall phase error: 0 / Overall phase residual: 39.4 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.1 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.1 Å / 殻 - Low resolution: 1.23 Å / 殻 - Number structure factors: 255 / 殻 - Phase residual: 47.6 / 殻 - Fourier space coverage: 79.4 / 殻 - Multiplicity: 1.8
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.1 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
Merging software listソフトウェア - 名称: XDS (ver. May 1, 2016)

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-5k7n:
MicroED structure of tau VQIVYK peptide at 1.1 A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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