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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8011 | |||||||||
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タイトル | Foot region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / U2-type prespliceosome assembly ...generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / U2-type prespliceosome assembly / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / poly(U) RNA binding / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 3'-splice site recognition / mRNA 5'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Nguyen THD / Galej WP / Bai XC / Oubridge C / Scheres SHW / Newman AJ / Nagai K | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2015 タイトル: The architecture of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP. 著者: Thi Hoang Duong Nguyen / Wojciech P Galej / Xiao-chen Bai / Christos G Savva / Andrew J Newman / Sjors H W Scheres / Kiyoshi Nagai / 要旨: U4/U6.U5 tri-snRNP is a 1.5-megadalton pre-assembled spliceosomal complex comprising U5 small nuclear RNA (snRNA), extensively base-paired U4/U6 snRNAs and more than 30 proteins, including the key ...U4/U6.U5 tri-snRNP is a 1.5-megadalton pre-assembled spliceosomal complex comprising U5 small nuclear RNA (snRNA), extensively base-paired U4/U6 snRNAs and more than 30 proteins, including the key components Prp8, Brr2 and Snu114. The tri-snRNP combines with a precursor messenger RNA substrate bound to U1 and U2 small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs), and transforms into a catalytically active spliceosome after extensive compositional and conformational changes triggered by unwinding of the U4 and U6 (U4/U6) snRNAs. Here we use cryo-electron microscopy single-particle reconstruction of Saccharomyces cerevisiae tri-snRNP at 5.9 Å resolution to reveal the essentially complete organization of its RNA and protein components. The single-stranded region of U4 snRNA between its 3' stem-loop and the U4/U6 snRNA stem I is loaded into the Brr2 helicase active site ready for unwinding. Snu114 and the amino-terminal domain of Prp8 position U5 snRNA to insert its loop I, which aligns the exons for splicing, into the Prp8 active site cavity. The structure provides crucial insights into the activation process and the active site of the spliceosome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8011.map.gz | 196.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8011-v30.xml emd-8011.xml | 27.1 KB 27.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8011_fsc.xml | 13.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8011.png | 150.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8011 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8011 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5gamMC 8006C 8007C 8008C 8009C 8010C 8012C 8013C 8014C 5ganC 5gaoC 5gapC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8011.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.43 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Foot region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP
+超分子 #1: Foot region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP
+分子 #1: U5 snRNA
+分子 #4: U6 snRNA, 5' end
+分子 #2: Pre-mRNA-splicing factor 8
+分子 #3: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
+分子 #5: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
+分子 #6: Small nuclear ribonucleoprotein E
+分子 #7: Small nuclear ribonucleoprotein F
+分子 #8: Small nuclear ribonucleoprotein G
+分子 #9: Unknown polypeptide
+分子 #10: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
+分子 #11: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
+分子 #12: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
+分子 #13: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
解析 | 単粒子再構成法 |
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試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 6.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER 詳細: Grids are made of holey carbon, carbon-coated and glow discharged in N-amylamine. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 35714 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 実像数: 2477 / 平均露光時間: 16.0 sec. / 平均電子線量: 38.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL |
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得られたモデル | PDB-5gam: |