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万見
- EMDB-6465: The Architecture of a Eukaryotic Replisome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6465
タイトルThe Architecture of a Eukaryotic Replisome
マップデータYeast CMGE complex
試料
  • 試料: Saccharomyces cerevisiae CMGE complex
  • タンパク質・ペプチド: CMG complex
  • タンパク質・ペプチド: Polymerase Epsilon
キーワードEukaryotic replisome / CMGE / Electron microscopy (電子顕微鏡)
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Sun J / Shi Y / Georgescu RE / Yuan Z / Chait B / Li H / O'Donnell ME
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: The architecture of a eukaryotic replisome.
著者: Jingchuan Sun / Yi Shi / Roxana E Georgescu / Zuanning Yuan / Brian T Chait / Huilin Li / Michael E O'Donnell /
要旨: At the eukaryotic DNA replication fork, it is widely believed that the Cdc45-Mcm2-7-GINS (CMG) helicase is positioned in front to unwind DNA and that DNA polymerases trail behind the helicase. Here ...At the eukaryotic DNA replication fork, it is widely believed that the Cdc45-Mcm2-7-GINS (CMG) helicase is positioned in front to unwind DNA and that DNA polymerases trail behind the helicase. Here we used single-particle EM to directly image a Saccharomyces cerevisiae replisome. Contrary to expectations, the leading strand Pol ɛ is positioned ahead of CMG helicase, whereas Ctf4 and the lagging-strand polymerase (Pol) α-primase are behind the helicase. This unexpected architecture indicates that the leading-strand DNA travels a long distance before reaching Pol ɛ, first threading through the Mcm2-7 ring and then making a U-turn at the bottom and reaching Pol ɛ at the top of CMG. Our work reveals an unexpected configuration of the eukaryotic replisome, suggests possible reasons for this architecture and provides a basis for further structural and biochemical replisome studies.
履歴
登録2015年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年10月14日-
マップ公開2015年11月4日-
更新2015年12月16日-
現状2015年12月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6465.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6465.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Yeast CMGE complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.12 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.408 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-0.43355834 - 0.9493196
平均 (標準偏差)0.0007616 (±0.06425492)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 542.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.122.122.12
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z542.720542.720542.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-190-190-189
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.4340.9490.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Saccharomyces cerevisiae CMGE complex

全体名称: Saccharomyces cerevisiae CMGE complex
要素
  • 試料: Saccharomyces cerevisiae CMGE complex
  • タンパク質・ペプチド: CMG complex
  • タンパク質・ペプチド: Polymerase Epsilon

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超分子 #1000: Saccharomyces cerevisiae CMGE complex

超分子名称: Saccharomyces cerevisiae CMGE complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量理論値: 1.2 MDa

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分子 #1: CMG complex

分子名称: CMG complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: CMG / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Yeast
分子量理論値: 700 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #2: Polymerase Epsilon

分子名称: Polymerase Epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Yeast
分子量理論値: 500 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液詳細: 20 mM Tris-acetate, 40 mM potassium glutamate, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids were stained with 1% w/v uranyl acetate for 1 minute.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
日付2014年9月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 320 / 平均電子線量: 20 e/Å2

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画像解析

CTF補正詳細: CTFFIND3
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion_1.3 / 使用した粒子像数: 18721
詳細Particles were selected in EMAN 2.1 using SWAM.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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