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万見
- EMDB-6335: Three-Dimensional Reconstruction of Lipid Nanodisc Reconstituted ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6335
タイトルThree-Dimensional Reconstruction of Lipid Nanodisc Reconstituted Yeast V-ATPase Membrane Sector
マップデータReconstruction of Lipid Nanodisc Reconstituted Yeast V-ATPase Membrane Sector
試料
  • 試料: V-ATPase membrane sector (Vo) isolated from yeast membranes and reconstituted with lipid nanodisc
  • タンパク質・ペプチド: Vacuolar-type (V-) ATPase membrane sector (Vo)
  • タンパク質・ペプチド: MSP1E3D1
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.3 Å
データ登録者Stam NJ / Wilkens S
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2017
タイトル: Structure of the Lipid Nanodisc-reconstituted Vacuolar ATPase Proton Channel: DEFINITION OF THE INTERACTION OF ROTOR AND STATOR AND IMPLICATIONS FOR ENZYME REGULATION BY REVERSIBLE DISSOCIATION.
著者: Nicholas J Stam / Stephan Wilkens /
要旨: Eukaryotic vacuolar H-ATPase (V-ATPase) is a multisubunit enzyme complex that acidifies subcellular organelles and the extracellular space. V-ATPase consists of soluble V-ATPase and membrane-integral ...Eukaryotic vacuolar H-ATPase (V-ATPase) is a multisubunit enzyme complex that acidifies subcellular organelles and the extracellular space. V-ATPase consists of soluble V-ATPase and membrane-integral V proton channel sectors. To investigate the mechanism of V-ATPase regulation by reversible disassembly, we recently determined a cryo-EM reconstruction of yeast V The structure indicated that, when V is released from V, the N-terminal cytoplasmic domain of subunit a (a) changes conformation to bind rotor subunit d However, insufficient resolution precluded a precise definition of the a-d interface. Here we reconstituted V into lipid nanodiscs for single-particle EM. 3D reconstructions calculated at ∼15-Å resolution revealed two sites of contact between a and d that are mediated by highly conserved charged residues. Alanine mutagenesis of some of these residues disrupted the a-d interaction, as shown by isothermal titration calorimetry and gel filtration of recombinant subunits. A recent cryo-EM study of holo V-ATPase revealed three major conformations corresponding to three rotational states of the central rotor of the enzyme. Comparison of the three V-ATPase conformations with the structure of nanodisc-bound V revealed that V is halted in rotational state 3. Combined with our prior work that showed autoinhibited V-ATPase to be arrested in state 2, we propose a model in which the conformational mismatch between free V and V functions to prevent unintended reassembly of holo V-ATPase when activity is not needed.
履歴
登録2015年5月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年5月27日-
マップ公開2016年5月11日-
更新2016年5月25日-
現状2016年5月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6335.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6335.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Lipid Nanodisc Reconstituted Yeast V-ATPase Membrane Sector
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.5 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.18370923 - 0.34209979
平均 (標準偏差)0.00211898 (±0.02535874)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 336.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.53.53.5
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z336.000336.000336.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.1840.3420.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : V-ATPase membrane sector (Vo) isolated from yeast membranes and r...

全体名称: V-ATPase membrane sector (Vo) isolated from yeast membranes and reconstituted with lipid nanodisc
要素
  • 試料: V-ATPase membrane sector (Vo) isolated from yeast membranes and reconstituted with lipid nanodisc
  • タンパク質・ペプチド: Vacuolar-type (V-) ATPase membrane sector (Vo)
  • タンパク質・ペプチド: MSP1E3D1

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超分子 #1000: V-ATPase membrane sector (Vo) isolated from yeast membranes and r...

超分子名称: V-ATPase membrane sector (Vo) isolated from yeast membranes and reconstituted with lipid nanodisc
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: Vacuolar-type (V-) ATPase membrane sector (Vo)

分子名称: Vacuolar-type (V-) ATPase membrane sector (Vo) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BY4743 / 別称: Yeast
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #2: MSP1E3D1

分子名称: MSP1E3D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: membrane scaffold protein, nanodisc / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 30 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pET28a

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.04 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 0.5 mM EDTA
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 2% w/v uranyl formate applied to grids with adsorbed protein
グリッド詳細: 200 mesh copper grid with thin carbon support, glow-discharged in air
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 85800 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.08 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.125 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification.
日付2014年11月13日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
実像数: 390 / 平均電子線量: 17 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8

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画像解析

CTF補正詳細: By micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, Relion / 使用した粒子像数: 47422
詳細Particles were selected using a monitored semi-automated selection program.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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