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万見
- EMDB-6327: 3D reconstruction from the 188 most curved out of 450 fibrils of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6327
タイトル3D reconstruction from the 188 most curved out of 450 fibrils of Abeta(1-40)
マップデータ3D reconstruction of Abeta(1-40) fibril before any filtering, symmetrization, or masking. Figure 5A of the primary citation was generated from this map by application of helical symmetry and a B factor of -600A^2, with low-pass filtering to 7.5A.
試料
  • 試料: human Abeta(1-40)
  • タンパク質・ペプチド: Amyloid beta peptide (1-40)
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å
データ登録者Rohou A / Grigorieff N
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2008
タイトル: Paired beta-sheet structure of an Abeta(1-40) amyloid fibril revealed by electron microscopy.
著者: Carsten Sachse / Marcus Fändrich / Nikolaus Grigorieff /
要旨: Alzheimer's disease is a neurodegenerative disorder that is characterized by the cerebral deposition of amyloid fibrils formed by Abeta peptide. Despite their prevalence in Alzheimer's and other ...Alzheimer's disease is a neurodegenerative disorder that is characterized by the cerebral deposition of amyloid fibrils formed by Abeta peptide. Despite their prevalence in Alzheimer's and other neurodegenerative diseases, important details of the structure of amyloid fibrils remain unknown. Here, we present a three-dimensional structure of a mature amyloid fibril formed by Abeta(1-40) peptide, determined by electron cryomicroscopy at approximately 8-A resolution. The fibril consists of two protofilaments, each containing approximately 5-nm-long regions of beta-sheet structure. A local twofold symmetry within each region suggests that pairs of beta-sheets are formed from equivalent parts of two Abeta(1-40) peptides contained in each protofilament. The pairing occurs via tightly packed interfaces, reminiscent of recently reported steric zipper structures. However, unlike these previous structures, the beta-sheet pairing is observed within an amyloid fibril and includes significantly longer amino acid sequences.
履歴
登録2015年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月29日-
マップ公開2015年4月29日-
更新2015年4月29日-
現状2015年4月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 360
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 360
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 360
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6327.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6327.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 494.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of Abeta(1-40) fibril before any filtering, symmetrization, or masking. Figure 5A of the primary citation was generated from this map by application of helical symmetry and a B factor of -600A^2, with low-pass filtering to 7.5A.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 360.0 / ムービー #1: 360
最小 - 最大-114.302673339999998 - 792.99633788999995
平均 (標準偏差)-1.04920805 (±52.24778748)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ510510510
Spacing510510510
セルA=B=C: 612.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.21.21.2
M x/y/z510510510
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z612.000612.000612.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS510510510
D min/max/mean-114.303792.996-1.049

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human Abeta(1-40)

全体名称: human Abeta(1-40)
要素
  • 試料: human Abeta(1-40)
  • タンパク質・ペプチド: Amyloid beta peptide (1-40)

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超分子 #1000: human Abeta(1-40)

超分子名称: human Abeta(1-40) / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Helical assembly / Number unique components: 1

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分子 #1: Amyloid beta peptide (1-40)

分子名称: Amyloid beta peptide (1-40) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Abeta(1-40) / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 50 mM borate
グリッド詳細: Quantifoil R1.2/1.3 Cu 400 mesh grids
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification carried out in cold room at 277 K. / 手法: Blot for 7 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.629 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.027 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
日付2006年2月9日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7.0 µm / 実像数: 63 / 平均電子線量: 35 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Defocus estimated for each helical subunit
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.8 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 0.734 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C2 (2回回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Frealix
詳細: Data up to 20A were used in early stages of the refinement. This limit was gradually increased to 9A.
詳細Filaments were processed using Frealix, including restraints on all refinement parameters. Data up to 20A were used in early stages of refinement. This limit was gradually increased to 9A.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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