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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6303
タイトルThe cryo-EM structure of Meiothermus taiwanensis Lon protease with Mg2+
マップデータReconstruction of Meiothermus taiwanensis LonA protease
試料
  • 試料: Meiothermus taiwanensis LonA protease
  • タンパク質・ペプチド: Meiothermus taiwanensis LonA protease
キーワードATP-dependent protease / sequestered degradation chamber / AAA+ domain / protease domain (プロテアーゼ)
生物種Meiothermus taiwanensis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 12.6 Å
データ登録者Su SC / Chang YC / Chang CI
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for the Magnesium-Dependent Activation and Hexamerization of the Lon AAA+ Protease.
著者: Shih-Chieh Su / Chien-Chu Lin / Hui-Chung Tai / Mu-Yueh Chang / Meng-Ru Ho / C Satheesan Babu / Jiahn-Haur Liao / Shih-Hsiung Wu / Yuan-Chih Chang / Carmay Lim / Chung-I Chang /
要旨: The Lon AAA+ protease (LonA) plays important roles in protein homeostasis and regulation of diverse biological processes. LonA behaves as a homomeric hexamer in the presence of magnesium (Mg(2+)) and ...The Lon AAA+ protease (LonA) plays important roles in protein homeostasis and regulation of diverse biological processes. LonA behaves as a homomeric hexamer in the presence of magnesium (Mg(2+)) and performs ATP-dependent proteolysis. However, it is also found that LonA can carry out Mg(2+)-dependent degradation of unfolded protein substrate in an ATP-independent manner. Here we show that in the presence of Mg(2+) LonA forms a non-secluded hexameric barrel with prominent openings, which explains why Mg(2+)-activated LonA can operate as a diffusion-based chambered protease to degrade unstructured protein and peptide substrates efficiently in the absence of ATP. A 1.85 Å crystal structure of Mg(2+)-activated protease domain reveals Mg(2+)-dependent remodeling of a substrate-binding loop and a potential metal-binding site near the Ser-Lys catalytic dyad, supported by biophysical binding assays and molecular dynamics simulations. Together, these findings reveal the specific roles of Mg(2+) in the molecular assembly and activation of LonA.
履歴
登録2015年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年5月6日-
マップ公開2016年3月23日-
更新2016年4月20日-
現状2016年4月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6303.tiff

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6303.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Meiothermus taiwanensis LonA protease
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.65 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.45 / ムービー #1: 1.45
最小 - 最大-3.15154052 - 4.32552481
平均 (標準偏差)0.1581881 (±0.56546235)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 211.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.651.651.65
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z211.200211.200211.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ454586
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-3.1524.3260.158

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Meiothermus taiwanensis LonA protease

全体名称: Meiothermus taiwanensis LonA protease
要素
  • 試料: Meiothermus taiwanensis LonA protease
  • タンパク質・ペプチド: Meiothermus taiwanensis LonA protease

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超分子 #1000: Meiothermus taiwanensis LonA protease

超分子名称: Meiothermus taiwanensis LonA protease / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One homohexamer of MtaLonA in open form / Number unique components: 1
分子量実験値: 540 KDa / 理論値: 540 KDa / 手法: Sedimentation

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分子 #1: Meiothermus taiwanensis LonA protease

分子名称: Meiothermus taiwanensis LonA protease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: MtaLonA / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Meiothermus taiwanensis (バクテリア) / 別称: Meiothermus taiwanensis
分子量実験値: 540 KDa / 理論値: 540 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET21a

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.12 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 15mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 2% w/v uranyl acetate for 60 seconds.
グリッド詳細: 200 mesh gold grid with thin carbon support, glow discharged in amylamine atmosphere
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: 1. wait for 10 seconds before blot 2. Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 85600 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.35 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.625 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2013年11月27日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 192

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 2次元分類クラス数: 80
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 30249
詳細The particle images were interactively selected using EMAN Boxer program

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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