PDB-5u7a: Crystal structure of a complex formed between MerB and Dimethyltin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u7a

タイトル

Crystal structure of a complex formed between MerB and Dimethyltin

要素

Alkylmercury lyase

キーワード

LYASE (リアーゼ) / METAL BINDING PROTEIN /

Bacterial Proteins (細菌) /

Cysteine (システイン) /

Escherichia coli (大腸菌) /

Lyases (リアーゼ) /

Mercury (水銀) / Dimethyltin

機能・相同性

機能・相同性情報

alkylmercury lyase /

alkylmercury lyase activity /

: / response to mercury ion
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.532 Å

データ登録者

Wahba, H.M. / Stevenson, M. / Mansour, A. / Sygusch, J. / Wilcox, D.E. / Omichinski, J.G.

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Organotin and Organolead Compounds Binding to the Organomercurial Lyase MerB Provide New Insights into Its Mechanism of Carbon-Metal Bond Cleavage.
著者: Wahba, H.M. / Stevenson, M.J. / Mansour, A. / Sygusch, J. / Wilcox, D.E. / Omichinski, J.G.

履歴

登録	2016年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u7a.cif.gz	243.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u7a.ent.gz	199.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u7a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/5u7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/5u7a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u79C 5u7bC 5u7cC 5u82C 5u83C 5u88C 3f0p 5c0t 5c0u 5c17 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c0u-2 5c0t-2 5u79-2 5dsf-2 5u88-2 5c0t-1 5u7c-2 5u7b-2 3f2f-1 5u79-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alkylmercury lyase

B: Alkylmercury lyase

ヘテロ分子

46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alkylmercury lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alkylmercury lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.055, 88.648, 51.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.340, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Alkylmercury lyase / / Organomercurial lyase 分子量: 23058.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: merB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77072, alkylmercury lyase
#2: 化合物	ChemComp-ZN5 / Dimethyltin dibromide / ジメチルジブロモスタンナン分子量: 308.587 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆Br₂Sn
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.61 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 23 % polyethylene glycol 2000 MME, 0.2 M sodium acetate pH 5.5, 0.2 M potassium bromide. Before flash freezing, the same precipitant was used except 25% polyethylene glycol 2000 MME was used as a cryo-protectant.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 43607 / % possible obs: 86.48 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 16.45

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.532→43.98 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 24.62

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2105	3381	4.61 %
R_work	0.173	-	-
obs	0.1748	43607	73.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.92 Å² / B_iso mean: 30.7102 Å² / B_iso min: 9.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.532→43.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3178	0	8	276	3462
B_iso mean	-	-	20.78	33.88	-
残基数	-	-	-	-	416

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3248
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.346	4430
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	524
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	568
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.738	1158

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5317-1.5536	0.4366	19	0.2908	377	396	10
1.5536-1.5768	0.2916	43	0.3046	889	932	22
1.5768-1.6015	0.2906	63	0.2802	1207	1270	31
1.6015-1.6277	0.3221	75	0.2594	1580	1655	40
1.6277-1.6558	0.3001	102	0.245	1920	2022	48
1.6558-1.6859	0.2639	109	0.2308	2164	2273	56
1.6859-1.7183	0.2664	129	0.2289	2595	2724	64
1.7183-1.7534	0.2623	147	0.2151	3040	3187	78
1.7534-1.7915	0.2016	155	0.2074	3263	3418	82
1.7915-1.8332	0.2388	156	0.2023	3356	3512	84
1.8332-1.879	0.2172	161	0.1936	3349	3510	85
1.879-1.9298	0.2159	171	0.1865	3450	3621	87
1.9298-1.9866	0.2031	160	0.1813	3442	3602	87
1.9866-2.0508	0.2024	170	0.1669	3474	3644	88
2.0508-2.124	0.2053	169	0.1655	3468	3637	88
2.124-2.2091	0.2253	167	0.1728	3478	3645	88
2.2091-2.3096	0.2026	170	0.1682	3503	3673	89
2.3096-2.4314	0.2009	170	0.167	3559	3729	90
2.4314-2.5837	0.2311	168	0.1753	3560	3728	90
2.5837-2.7832	0.203	171	0.1713	3592	3763	90
2.7832-3.0632	0.2415	173	0.1837	3610	3783	92
3.0632-3.5063	0.1843	174	0.1673	3655	3829	92
3.5063-4.4169	0.1907	178	0.1471	3691	3869	93
4.4169-43.9984	0.1996	181	0.1599	3791	3972	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5311	-0.1648	-0.0079	1.1836	0.2749	0.4729	0.0048	-0.026	-0.0398	0.1399	-0.0596	0.0861	0.095	-0.0564	-0.0041	0.151	-0.023	0.0254	0.1281	-0.0081	0.1124	9.2367	-3.634	33.433
2	0.7412	-0.407	-0.0804	1.5411	-0.2423	0.4756	0.1032	0.1454	0.0007	-0.1638	-0.1272	-0.049	0.0307	0.0154	-0.0015	0.1204	0.0272	-0.0142	0.1651	0.0142	0.1092	-0.9905	-8.2027	9.7275

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	1 - 208
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	1 - 208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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