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- PDB-5ezo: Crystal Structure of PfCyRPA in complex with an invasion-inhibito... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ezo
タイトルCrystal Structure of PfCyRPA in complex with an invasion-inhibitory antibody Fab.
要素
  • PfCyRPA
  • c12 FAB
  • c12 Fab
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / MALARIA INHIBITORY ANTIBODY / FAB / cyrpa
機能・相同性
機能・相同性情報


microneme lumen / microneme / symbiont entry into host / apical part of cell / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Cysteine-rich protective antigen 6 bladed domain / Cysteine-Rich Protective Antigen 6 bladed domain / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine-rich protective antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.63 Å
データ登録者Favuzza, P. / Pluschke, G. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structure of the malaria vaccine candidate antigen CyRPA and its complex with a parasite invasion inhibitory antibody.
著者: Favuzza, P. / Guffart, E. / Tamborrini, M. / Scherer, B. / Dreyer, A.M. / Rufer, A.C. / Erny, J. / Hoernschemeyer, J. / Thoma, R. / Schmid, G. / Gsell, B. / Lamelas, A. / Benz, J. / Joseph, C. ...著者: Favuzza, P. / Guffart, E. / Tamborrini, M. / Scherer, B. / Dreyer, A.M. / Rufer, A.C. / Erny, J. / Hoernschemeyer, J. / Thoma, R. / Schmid, G. / Gsell, B. / Lamelas, A. / Benz, J. / Joseph, C. / Matile, H. / Pluschke, G. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2015年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Structure summary
改定 1.22017年3月1日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: PfCyRPA
L: c12 FAB
A: c12 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1444
ポリマ－86,5743
非ポリマー5711
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area35440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.801, 44.681, 121.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 PfCyRPA / heavy chain


分子量: 23676.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 c12 FAB / Fab light chain


分子量: 23581.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 c12 Fab


分子量: 39316.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
遺伝子: PFD1130w / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8IFM8
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 17 % PEG 5000 MME, 0.2 M NDSB-201

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.63→43 Å / Num. obs: 11401 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 60.184 Å2 / CC1/2: 0.921 / Rmerge(I) obs: 0.497 / Rrim(I) all: 0.595 / Χ2: 0.759 / Net I/σ(I): 2.63 / Num. measured all: 37178
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.63-3.723.32.6730.427738668550.353.18198.7
3.72-3.832.0260.5426977867840.3342.40499.7
3.83-3.941.3910.826998017970.421.65799.5
3.94-4.061.1840.9325927827640.5741.40997.7
4.06-4.191.0371.1124657337290.6611.23599.5
4.19-4.340.6071.8123727207170.8740.72799.6
4.34-4.50.5661.8822067117030.8530.68598.9
4.5-4.690.4652.3721186636580.8470.55999.2
4.69-4.890.422.5720346506500.8640.504100
4.89-5.130.3752.9220596136110.8970.44799.7
5.13-5.410.4362.6519945935890.8680.52199.3
5.41-5.740.422.6118385615540.8680.50198.8
5.74-6.140.4332.517455345310.8610.5299.4
6.14-6.630.4842.2815245054980.8070.58798.6
6.63-7.260.3862.8514344624630.8480.467100
7.26-8.120.244.3113474244190.960.28698.8
8.12-9.370.131711863673660.9860.15999.7
9.37-11.480.08110.569583123130.9940.098100
11.48-16.230.07211.57262622570.9920.08898.1
16.230.04414.354111541430.9980.05492.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHENIX精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ezi, 5ezn

5ezi

5ezn


解像度: 3.63→43 Å / SU ML: 0.71 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 544 4.79 %
Rwork0.2737 --
obs0.2763 11357 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 171.29 Å2 / Biso mean: 70.7961 Å2 / Biso min: 33.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.63→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5995 0 38 0 6033
Biso mean--112.4 --
残基数----756
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3728-0.30621.05282.0228-0.2171.8463-0.1470.884-0.424-0.42390.0126-0.3447-0.25850.18220.18140.66430.01040.06080.7059-0.27730.58093.40710.2549-35.4266
23.29640.37210.31040.11631.35881.5089-0.07642.0231-0.0352-0.0795-0.0190.2525-0.10240.32550.04140.8716-0.1033-0.03671.2709-0.1390.515-25.09963.3185-46.9995
32.32061.0654-0.98311.2088-1.02361.57620.07570.39290.00240.00310.0599-0.0742-0.4840.19790.12260.65130.1614-0.12730.28830.05790.4015-8.837211.3398-19.3945
42.7955-0.5595-1.74092.63370.13884.7328-0.10980.8279-0.34260.07850.2050.44860.1559-1.7495-0.13280.6392-0.15940.03271.334-0.23420.7412-38.8333-0.4642-37.9811
51.56950.20312.42442.07260.56052.73860.11430.2846-0.32860.02180.19850.33150.25510.83150.0560.393-0.01530.05520.4249-0.02730.795615.492825.5493-2.3849
64.32490.8277-0.77521.54051.62194.7879-0.29460.1467-0.1484-0.4315-0.02880.0940.21480.57420.11490.42050.1123-0.00580.63990.06440.577217.034516.4869-16.4872
78.5864-1.6511-2.67156.88411.91783.94070.23421.8335-0.757-0.0771-0.43650.46220.1110.25490.16730.73610.16650.00050.9318-0.08580.488724.120217.1683-25.3699
82.92132.179-2.045.87031.45763.6742-0.66130.4890.0981-0.1180.9914-0.6528-0.09041.4874-0.0630.4573-0.149-0.13131.36530.22710.738835.589923.1998-18.9444
93.92121.2835-2.08451.03490.02872.12290.6183-1.2859-0.93281.6671-1.3029-1.07352.39281.4573-0.18141.23760.5245-0.51270.92950.17410.65445.88514.8585-11.7121
103.55430.2924-0.48021.67880.48944.2299-0.69670.1748-0.9385-0.1660.5827-0.83840.3320.52920.08440.6254-0.06090.01660.78-0.09520.825838.788921.9069-12.9392
117.28680.3304-1.35622.7945-0.12686.4645-0.15470.4986-0.50780.12280.3395-0.7393-0.07520.0847-0.24790.5366-0.1259-0.06640.5373-0.12150.75133.61224.00642.6604
120.5596-0.74190.26331.24930.71614.9770.19670.2668-0.24410.330.7698-0.29371.1508-0.79560.46280.2650.5143-0.46060.45430.0111.394614.986612.79899.5571
134.474-1.4116-0.22724.70811.62915.50810.472-0.2332-0.1926-0.1759-1.3090.2713-0.1338-0.74310.0920.40280.08440.14890.81910.16420.646117.803126.98760.9665
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 19 through 123 )H19 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 124 through 240 )H124 - 240
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 21 through 133 )L21 - 133
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 134 through 233 )L134 - 233
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 31 through 58 )A31 - 58
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 59 through 119 )A59 - 119
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 120 through 151 )A120 - 151
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 152 through 176 )A152 - 176
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 177 through 195 )A177 - 195
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 196 through 235 )A196 - 235
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 236 through 316 )A236 - 316
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 317 through 330 )A317 - 330
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 331 through 360 )A331 - 360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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