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- PDB-5any: Electron cryo-microscopy of chikungunya virus in complex with neu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5any
タイトルElectron cryo-microscopy of chikungunya virus in complex with neutralizing antibody Fab CHK265
要素
  • E1
  • E2
  • FAB CHK265
  • FABFragment antigen-binding
キーワードVIRUS (ウイルス) / CHIKUNGUNYA VIRUS (チクングニア熱) / NEUTRALIZING ANTIBODY FAB
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種CHIKUNGUNYA VIRUS (チクングニヤウイルス)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.9 Å
データ登録者Fox, J.M. / Long, F. / Edeling, M.A. / Lin, H. / Duijl-Richter, M. / Fong, R.H. / Kahle, K.M. / Smit, J.M. / Jin, J. / Simmons, G. ...Fox, J.M. / Long, F. / Edeling, M.A. / Lin, H. / Duijl-Richter, M. / Fong, R.H. / Kahle, K.M. / Smit, J.M. / Jin, J. / Simmons, G. / Doranz, B.J. / Crowe, J.E. / Fremont, D.H. / Rossmann, M.G. / Diamond, M.S.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Broadly Neutralizing Alphavirus Antibodies Bind an Epitope on E2 and Inhibit Entry and Egress.
著者: Julie M Fox / Feng Long / Melissa A Edeling / Hueylie Lin / Mareike K S van Duijl-Richter / Rachel H Fong / Kristen M Kahle / Jolanda M Smit / Jing Jin / Graham Simmons / Benjamin J Doranz / ...著者: Julie M Fox / Feng Long / Melissa A Edeling / Hueylie Lin / Mareike K S van Duijl-Richter / Rachel H Fong / Kristen M Kahle / Jolanda M Smit / Jing Jin / Graham Simmons / Benjamin J Doranz / James E Crowe / Daved H Fremont / Michael G Rossmann / Michael S Diamond /
要旨: We screened a panel of mouse and human monoclonal antibodies (MAbs) against chikungunya virus and identified several with inhibitory activity against multiple alphaviruses. Passive transfer of ...We screened a panel of mouse and human monoclonal antibodies (MAbs) against chikungunya virus and identified several with inhibitory activity against multiple alphaviruses. Passive transfer of broadly neutralizing MAbs protected mice against infection by chikungunya, Mayaro, and O'nyong'nyong alphaviruses. Using alanine-scanning mutagenesis, loss-of-function recombinant proteins and viruses, and multiple functional assays, we determined that broadly neutralizing MAbs block multiple steps in the viral lifecycle, including entry and egress, and bind to a conserved epitope on the B domain of the E2 glycoprotein. A 16 Å resolution cryo-electron microscopy structure of a Fab fragment bound to CHIKV E2 B domain provided an explanation for its neutralizing activity. Binding to the B domain was associated with repositioning of the A domain of E2 that enabled cross-linking of neighboring spikes. Our results suggest that B domain antigenic determinants could be targeted for vaccine or antibody therapeutic development against multiple alphaviruses of global concern.
履歴
登録2015年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3144
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3144
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E1
B: E2
C: E1
D: E2
E: E1
F: E2
G: E1
H: E2
I: FAB CHK265
J: FAB CHK265
K: FAB CHK265
L: FAB CHK265
M: FAB
N: FAB
O: FAB
P: FAB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)542,42116
ポリマ－542,42116
非ポリマー00
水0
1
A: E1
B: E2
C: E1
D: E2
E: E1
F: E2
G: E1
H: E2
I: FAB CHK265
J: FAB CHK265
K: FAB CHK265
L: FAB CHK265
M: FAB
N: FAB
O: FAB
P: FAB
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,545,252960
ポリマ－32,545,252960
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: E1
B: E2
C: E1
D: E2
E: E1
F: E2
G: E1
H: E2
I: FAB CHK265
J: FAB CHK265
K: FAB CHK265
L: FAB CHK265
M: FAB
N: FAB
O: FAB
P: FAB
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 2.71 MDa, 80 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,712,10480
ポリマ－2,712,10480
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: E1
B: E2
C: E1
D: E2
E: E1
F: E2
G: E1
H: E2
I: FAB CHK265
J: FAB CHK265
K: FAB CHK265
L: FAB CHK265
M: FAB
N: FAB
O: FAB
P: FAB
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 3.25 MDa, 96 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,254,52596
ポリマ－3,254,52596
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
E1


分子量: 48776.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHIKUNGUNYA VIRUS (チクングニヤウイルス)
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q1H8W5
#2: タンパク質
E2


分子量: 39907.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHIKUNGUNYA VIRUS (チクングニヤウイルス)
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q1H8W5
#3: 抗体
FAB CHK265


分子量: 23743.719 Da / 分子数: 4 / Fragment: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#4: 抗体
FAB / Fragment antigen-binding


分子量: 23177.713 Da / 分子数: 4 / Fragment: LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: chikungunya virus in complex with neutralizing antibody Fab CHK265チクングニア熱
タイプ: COMPLEX
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2015年3月10日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 47000 X / 倍率（補正後）: 78354 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 22 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 500

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解析

EMソフトウェア名称: jspr / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PARTICLE
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: CROSS-COMMON LINES / 解像度: 16.9 Å / 粒子像の数: 5828
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3144. (DEPOSITION ID: 13751)
対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 16.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 16.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35620 0 0 0 35620

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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