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- EMDB-5669: Substrate-bound 26S proteasome Rpn11AXA Rpn13-delta mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5669
タイトルSubstrate-bound 26S proteasome Rpn11AXA Rpn13-delta mutant
マップデータReconstruction of substrate-bound Rpn11AXA Rpn13-delta yeast 26S proteasome
試料
  • 試料: Yeast Rpn11AXA Rpn13-delta mutant 26S proteasome
  • タンパク質・ペプチド: 26S proteasomeプロテアソーム
キーワード26S proteasome (プロテアソーム) / 19S regulatory particle / Rpn11 / deubiquitination / AAA+ ATPase / protein translocation / cryoEM (低温電子顕微鏡法) / UPS
機能・相同性proteasome regulatory particle / Proteasome, subunit alpha/beta
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Matyskiela ME / Lander GC / Martin A
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2013
タイトル: Conformational switching of the 26S proteasome enables substrate degradation.
著者: Mary E Matyskiela / Gabriel C Lander / Andreas Martin /
要旨: The 26S proteasome is the major eukaryotic ATP-dependent protease, responsible for regulating the proteome through degradation of ubiquitin-tagged substrates. Its regulatory particle, containing the ...The 26S proteasome is the major eukaryotic ATP-dependent protease, responsible for regulating the proteome through degradation of ubiquitin-tagged substrates. Its regulatory particle, containing the heterohexameric AAA+ ATPase motor and the essential deubiquitinase Rpn11, recognizes substrates, removes their ubiquitin chains and translocates them into the associated peptidase after unfolding, but detailed mechanisms remain unknown. Here we present the 26S proteasome structure from Saccharomyces cerevisiae during substrate degradation, showing that the regulatory particle switches from a preengaged to a translocation-competent conformation. This conformation is characterized by a rearranged ATPase ring with uniform subunit interfaces, a widened central channel coaxially aligned with the peptidase and a spiral orientation of pore loops that suggests a rapid progression of ATP-hydrolysis events around the ring. Notably, Rpn11 moves from an occluded position to directly above the central pore, thus facilitating substrate deubiquitination concomitant with translocation.
履歴
登録2013年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年5月22日-
マップ公開2013年6月19日-
更新2013年7月17日-
現状2013年7月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5669_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5669.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of substrate-bound Rpn11AXA Rpn13-delta yeast 26S proteasome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.17 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-16.684923170000001 - 18.904062270000001
平均 (標準偏差)0.02884262 (±0.63321114)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin404040
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 520.80005 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.172.172.17
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z520.800520.800520.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS404040
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-16.68518.9040.029

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast Rpn11AXA Rpn13-delta mutant 26S proteasome

全体名称: Yeast Rpn11AXA Rpn13-delta mutant 26S proteasome
要素
  • 試料: Yeast Rpn11AXA Rpn13-delta mutant 26S proteasome
  • タンパク質・ペプチド: 26S proteasomeプロテアソーム

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超分子 #1000: Yeast Rpn11AXA Rpn13-delta mutant 26S proteasome

超分子名称: Yeast Rpn11AXA Rpn13-delta mutant 26S proteasome / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: mutant proteasome was purified from yeast / 集合状態: holoenzyme / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa / 手法: Sedimentation

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分子 #1: 26S proteasome

分子名称: 26S proteasome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: proteasome / 詳細: Mutant proteasome was purified from yeast / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: yAM11 / 別称: Yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa
配列GO: proteasome regulatory particle / InterPro: Proteasome, subunit alpha/beta

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
詳細: 60mM HEPES, 50mM NaCl, 50mM KCl, 5mM MgCl2, 0.5mM EDTA, 1mM DTT, 2mM ATP, 0.05% NP40
グリッド詳細: 400-mesh C-flats, 2 um holes with 2 um spacing (Protochips Inc.)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 50 % / チャンバー内温度: 86 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot 3 seconds with -1 offset

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626, 70 degree cryoholder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度最低: 78 K / 最高: 80 K / 平均: 79 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 210,000 times magnification
詳細Data acquired with Leginon
日付2012年9月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 5328 / 平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2/SPARX, FREALIGN
詳細: Final map filtered to local resolution using the blocfilt function in Bsoft. Image processing performed in the Appion processing environment.
使用した粒子像数: 188400
詳細3D reconstruction with EMAN2/SPARX libraries; final alignment of particles with FREALIGN. Sharpened with SPIDER; low-pass filtered to local resolution with BSOFT.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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