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万見
- EMDB-5442: Regulation of mammalian transcription by Gdown1 through a novel s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5442
タイトルRegulation of mammalian transcription by Gdown1 through a novel steric crosstalk revealed by cryo-EM
マップデータReconstruction of Bovine RNA polymerase II with TFIIF
試料
  • 試料: Bovine RNA polymerase II complex
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II elongation complex
キーワードRNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / Mediator / Gdown1 / TFIIF
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Wu YM / Chang JW / Wang CH / Lin YC / Wu PL / Huang SH / Chang CC / Hu X / Gnatt A / Chang WH
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2012
タイトル: Regulation of mammalian transcription by Gdown1 through a novel steric crosstalk revealed by cryo-EM.
著者: Yi-Min Wu / Jen-Wei Chang / Chun-Hsiung Wang / Yen-Chen Lin / Pei-lun Wu / Shih-hsin Huang / Chia-Chi Chang / Xiaopeng Hu / Averell Gnatt / Wei-hau Chang /
要旨: In mammals, a distinct RNA polymerase II form, RNAPII(G) contains a novel subunit Gdown1 (encoded by POLR2M), which represses gene activation, only to be reversed by the multisubunit Mediator co- ...In mammals, a distinct RNA polymerase II form, RNAPII(G) contains a novel subunit Gdown1 (encoded by POLR2M), which represses gene activation, only to be reversed by the multisubunit Mediator co-activator. Here, we employed single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to disclose the architectures of RNAPII(G), RNAPII and RNAPII in complex with the transcription initiation factor TFIIF, all to ~19 Å. Difference analysis mapped Gdown1 mostly to the RNAPII Rpb5 shelf-Rpb1 jaw, supported by antibody labelling experiments. These structural features correlate with the moderate increase in the efficiency of RNA chain elongation by RNAP II(G). In addition, our updated RNAPII-TFIIF map showed that TFIIF tethers multiple regions surrounding the DNA-binding cleft, in agreement with cross-linking and biochemical mapping. Gdown1's binding sites overlap extensively with those of TFIIF, with Gdown1 sterically excluding TFIIF from RNAPII, herein demonstrated by competition assays using size exclusion chromatography. In summary, our work establishes a structural basis for Gdown1 impeding initiation at promoters, by obstruction of TFIIF, accounting for an additional dependent role of Mediator in activated transcription.
履歴
登録2012年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年7月25日-
マップ公開2013年2月13日-
更新2013年2月13日-
現状2013年2月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5442_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5442.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Bovine RNA polymerase II with TFIIF
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.9 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0024 / ムービー #1: 0.0024
最小 - 最大-0.00507214 - 0.00952793
平均 (標準偏差)0.00001049 (±0.00099565)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ149149149
Spacing149149149
セルA=B=C: 283.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.91.91.9
M x/y/z149149149
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z283.100283.100283.100
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-1500
NX/NY/NZ301301151
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS149149149
D min/max/mean-0.0050.0100.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bovine RNA polymerase II complex

全体名称: Bovine RNA polymerase II complex
要素
  • 試料: Bovine RNA polymerase II complex
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II elongation complex

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超分子 #1000: Bovine RNA polymerase II complex

超分子名称: Bovine RNA polymerase II complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 620 KDa

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分子 #1: RNA polymerase II elongation complex

分子名称: RNA polymerase II elongation complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: thymus
分子量理論値: 620 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-Cl, 200 mM KOAc, 5mM MgCl2, 5 mM DDT
グリッド詳細: 200 mesh quantifoil grid with thin carbon layer
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
日付2012年3月14日
撮影デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / 実像数: 150 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 2次元分類クラス数: 128
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider, EMAN2 / 使用した粒子像数: 24000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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