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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5340 | |||||||||
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タイトル | Processed map of GroEL obtained with a CCD camera to compare results from cryo SPA with a DDD camera using the same grid. Initial evaluation of a Direct Detection Device detector for single particle cryo-electron microscopy. | |||||||||
マップデータ | Amplitude corrected and filtered GroEL map | |||||||||
試料 |
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キーワード | GroEL | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Milazzo AC / Cheng A / Moeller A / Lyumkis D / Jacovetty E / Polukas J / Ellisman MH / Xuong NH / Carragher B / Potter CS | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2011 タイトル: Initial evaluation of a direct detection device detector for single particle cryo-electron microscopy. 著者: Anna-Clare Milazzo / Anchi Cheng / Arne Moeller / Dmitry Lyumkis / Erica Jacovetty / James Polukas / Mark H Ellisman / Nguyen-Huu Xuong / Bridget Carragher / Clinton S Potter / 要旨: We report on initial results of using a new direct detection device (DDD) for single particle reconstruction of vitreous ice embedded specimens. Images were acquired on a Tecnai F20 at 200keV and a ...We report on initial results of using a new direct detection device (DDD) for single particle reconstruction of vitreous ice embedded specimens. Images were acquired on a Tecnai F20 at 200keV and a nominal magnification of 29,000×. This camera has a significantly improved signal to noise ratio and modulation transfer function (MTF) at 200keV compared to a standard CCD camera installed on the same microscope. Control of the DDD has been integrated into Leginon, an automated data collection system. Using GroEL as a test specimen, we obtained images of ∼30K particles with the CCD and the DDD from the same specimen sample using essentially identical imaging conditions. Comparison of the maps reconstructed from the CCD images and the DDD images demonstrates the improved performance of the DDD. We also obtained a 3D reconstruction from ∼70K GroEL particles acquired using the DDD; the quality of the density map demonstrates the potential of this new recording device for cryoEM data acquisition. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5340.map.gz | 12.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5340-v30.xml emd-5340.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5340_1.png | 326 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5340 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5340 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5340.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Amplitude corrected and filtered GroEL map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : GroEL
全体 | 名称: GroEL |
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要素 |
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-超分子 #1000: GroEL
超分子 | 名称: GroEL / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: D7 14-mer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa |
-分子 #1: GroEL
分子 | 名称: GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: GroEL / コピー数: 1 / 集合状態: homotetradecamer / 組換発現: Yes / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 100mM HEPES, 10mM Mg(OAc)2, 10mM KOAc, 2mM DTT |
グリッド | 詳細: Protochips C-flat grid, holey carbon with 2um holes and 2um spacing 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: OTHER 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot. Grid plasma cleaned for 20 seconds with Fischione 1020 plasma cleaner using 75 percent argon, 25 percent oxygen mix. 手法: Temperature of chamber was 4 degrees C. 0 seconds drain time. Single blot. 0 mm offset. 4 uL sample applied to grid. Blot for 3.5 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 108695 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan side-entry 626 cryostage / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 最低: 102 K / 最高: 102 K / 平均: 102 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: The objective lens astigmatism was corrected automatically using Leginon Legacy - Electron beam tilt params: beam tilt was less than 0.1 mrad |
日付 | 2011年2月24日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) 実像数: 879 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTF correction of each particle |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: XMIPP 詳細: Amplitude corrected with an x-ray scattering curve to 8A and low pass filtered to 7.5A 使用した粒子像数: 30711 |
詳細 | The particles were selected using an automatic selection program. |