[日本語] English
万見
- PDB-4v6v: Tetracycline resistance protein Tet(O) bound to the ribosome -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v6v
タイトルTetracycline resistance protein Tet(O) bound to the ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 32
  • 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • P-tRNA
  • Tetracycline resistance protein TetOテトラサイクリン
  • mRNA伝令RNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / 70S ribosome (リボソーム) / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / translation repressor activity / translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to reactive oxygen species / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / DNA endonuclease activity / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tetracycline resistance protein, C-terminal / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Elongation factor EFG, domain V-like ...Tetracycline resistance protein, C-terminal / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L10 / EF-G domain III/V-like / : / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / : / : ...: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Tetracycline resistance protein TetO / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å
データ登録者Li, W. / Atkinson, G.C. / Thakor, N.S. / Allas, U. / Lu, C. / Chan, K.Y. / Tenson, T. / Schulten, K. / Wilson, K.S. / Hauryliuk, V. / Frank, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Mechanism of tetracycline resistance by ribosomal protection protein Tet(O).
著者: Wen Li / Gemma C Atkinson / Nehal S Thakor / Ular Allas / Chuao-chao Lu / Kwok-Yan Chan / Tanel Tenson / Klaus Schulten / Kevin S Wilson / Vasili Hauryliuk / Joachim Frank /
要旨: Tetracycline resistance protein Tet(O), which protects the bacterial ribosome from binding the antibiotic tetracycline, is a translational GTPase with significant similarity in both sequence and ...Tetracycline resistance protein Tet(O), which protects the bacterial ribosome from binding the antibiotic tetracycline, is a translational GTPase with significant similarity in both sequence and structure to the elongation factor EF-G. Here, we present an atomic model of the Tet(O)-bound 70S ribosome based on our cryo-electron microscopic reconstruction at 9.6-Å resolution. This atomic model allowed us to identify the Tet(O)-ribosome binding sites, which involve three characteristic loops in domain 4 of Tet(O). Replacements of the three amino-acid tips of these loops by a single glycine residue result in loss of Tet(O)-mediated tetracycline resistance. On the basis of these findings, the mechanism of Tet(O)-mediated tetracycline resistance can be explained in molecular detail.
履歴
登録2013年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3J36, 3J37
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年4月1日Group: Other
改定 2.02018年7月18日Group: Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: em_image_scans / em_software / entity_poly
Item: _em_software.image_processing_id / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12019年12月18日Group: Database references / Derived calculations / Other / カテゴリ: atom_sites / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5562
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AB: 30S ribosomal protein S2
AT: 30S ribosomal protein S20
AU: 30S ribosomal protein S21
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
A1: Tetracycline resistance protein TetO
AA: 16S ribosomal RNA
A2: mRNA
A3: P-tRNA
BC: 50S ribosomal protein L1
BJ: 50S ribosomal protein L10
BK: 50S ribosomal protein L11
BN: 50S ribosomal protein L13
BO: 50S ribosomal protein L14
BP: 50S ribosomal protein L15
BQ: 50S ribosomal protein L16
BR: 50S ribosomal protein L17
BS: 50S ribosomal protein L18
BT: 50S ribosomal protein L19
BD: 50S ribosomal protein L2
BU: 50S ribosomal protein L20
BV: 50S ribosomal protein L21
BW: 50S ribosomal protein L22
BX: 50S ribosomal protein L23
BY: 50S ribosomal protein L24
BZ: 50S ribosomal protein L25
B0: 50S ribosomal protein L27
B1: 50S ribosomal protein L28
B2: 50S ribosomal protein L29
BE: 50S ribosomal protein L3
B3: 50S ribosomal protein L30
B4: 50S ribosomal protein L31
B5: 50S ribosomal protein L32
B6: 50S ribosomal protein L33
B7: 50S ribosomal protein L34
B8: 50S ribosomal protein L35
B9: 50S ribosomal protein L36
BF: 50S ribosomal protein L4
BG: 50S ribosomal protein L5
BH: 50S ribosomal protein L6
BL: 50S ribosomal protein L9
BA: 23S ribosomal RNA
Ba: 5S ribosomal RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,306,32658
ポリマ－2,306,32658
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 AJAKALAMANAOAPAQARASABATAUACADAEAFAGAHAI

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5
#2: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13739.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 12997.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S14 /


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10188.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 9593.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 8874.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QTM3, UniProt: P0A7T7*PLUS
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10324.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 26650.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 9577.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S21 /


分子量: 8392.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QYU7, UniProt: P68679*PLUS
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 25900.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QXG8, UniProt: P0A7V3*PLUS
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17498.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QXH9, UniProt: P0A7W1*PLUS
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / / 30S ribosomal protein S6 / fully modified isoform / 30S ribosomal protein S6 / non-modified isoform


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 19923.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QXH6, UniProt: P0A7W7*PLUS
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14755.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QXP3, UniProt: P0A7X3*PLUS

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A1

#21: タンパク質 Tetracycline resistance protein TetO / テトラサイクリン / Tet(O)


分子量: 72655.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
参照: UniProt: P10952

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 AAA2A3BABa

#22: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 499874.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 83754040
#23: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 15036.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#24: RNA鎖 P-tRNA


分子量: 24832.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#57: RNA鎖 23S ribosomal RNA / 23SリボソームRNA


分子量: 941812.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 33357927
#58: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 33357928

+
50S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 BCBJBKBNBOBPBQBRBSBTBDBUBVBWBXBYBZB0B1B2BEB3B4B5B6B7B8B9BFBGBHBL

#25: タンパク質 50S ribosomal protein L1 /


分子量: 24765.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L0
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L10 / / 50S ribosomal protein L8


分子量: 17605.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7J3
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L11 /


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QV94, UniProt: P0A7J7*PLUS
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QXP2, UniProt: P0AA10*PLUS
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG44
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C018
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7K6
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 29792.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QTZ1, UniProt: P0A7L3*PLUS
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QXG7, UniProt: P61175*PLUS
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ0
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 11208.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QXH3, UniProt: P60624*PLUS
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L25 /


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 9015.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M2
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M6
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L31 /


分子量: 7887.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M9
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QYM3, UniProt: P0A7N4*PLUS
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 6257.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QUM5, UniProt: P0A7N9*PLUS
#50: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QXD2, UniProt: P0A7P5*PLUS
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QTZ0, UniProt: P0A7Q1*PLUS
#52: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QXI3, UniProt: P0A7Q6*PLUS
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QXG3, UniProt: P60723*PLUS
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 20202.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62399
#55: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG55
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L9 /


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: 70S ribosome-Tet(O) / タイプ: RIBOSOME
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2010年10月18日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 10 e/Å2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1MDFFモデルフィッティング
2MDFFモデルフィッティング
3SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: group defocus
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC / 粒子像の数: 98000 / ピクセルサイズ（実測値）: 2.71 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
12I2U

2i2u
PDB 未公開エントリ

12I2U1PDBexperimental model
22I2V

2i2v
PDB 未公開エントリ

12I2V2PDBexperimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24445 35722 0 0 60167

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る