PDB-3rus: Crystal structure of Cpn-rls in complex with ADP from Methanococc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rus

タイトル

Crystal structure of Cpn-rls in complex with ADP from Methanococcus maripaludis

要素

Chaperonin

キーワード

CHAPERONE (シャペロン) / double-ring / protein folding machinery / group II chaperonin /

ATP binding (アデノシン三リン酸)

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding /

ATP hydrolysis activity /

ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanococcus maripaludis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.338 Å

データ登録者

Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N.R. / Kumar, R. / McAndrew, R.P. / Knee, K.M. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Mechanism of nucleotide sensing in group II chaperonins.
著者: Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N.R. / Kumar, R. / Lopez, T. / McAndrew, R.P. / Knee, K.M. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.

履歴

登録	2011年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rus.cif.gz	780 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rus.ent.gz	651.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/3rus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/3rus	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ruqC 3ruvC 3ruwC 3kfbS 3kfe 3kfk S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ruv-1 3j3x-d 4v81-1 3ruq-1 3ruw-1 4v94-1 7lum-d 4v94-2 1q3r-1 3kfb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

235 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
940 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.564, 185.585, 185.494
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-554- HOH

#1: タンパク質	Chaperonin / / Cpn 分子量: 58115.105 Da / 分子数: 4 / 変異: T327A,N328A,K330A,D331A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q877G8
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月1日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.338→50 Å / Num. all: 117349 / Num. obs: 117127 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KFB

3kfb

解像度: 2.338→49.037 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2213	5480	4.99 %
R_work	0.1735	-	-
obs	0.1759	109711	93.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.765 Å² / k_sol: 0.32 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.512 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.527 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.015 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.338→49.037 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15436	0	152	552	16140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	15680
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.068	20960
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.898	5956
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	2556
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2712

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3383-2.3649	0.2886	141	0.248	2967	X-RAY DIFFRACTION	80
2.3649-2.3927	0.2885	173	0.235	3066	X-RAY DIFFRACTION	84
2.3927-2.4219	0.2982	156	0.2303	3160	X-RAY DIFFRACTION	85
2.4219-2.4526	0.3144	138	0.2223	3215	X-RAY DIFFRACTION	86
2.4526-2.4848	0.2731	177	0.2164	3178	X-RAY DIFFRACTION	86
2.4848-2.5189	0.2508	162	0.2237	3176	X-RAY DIFFRACTION	87
2.5189-2.5549	0.2991	164	0.2215	3229	X-RAY DIFFRACTION	88
2.5549-2.593	0.2881	169	0.2217	3275	X-RAY DIFFRACTION	89
2.593-2.6335	0.2498	153	0.2225	3279	X-RAY DIFFRACTION	89
2.6335-2.6767	0.2915	192	0.2113	3356	X-RAY DIFFRACTION	91
2.6767-2.7228	0.2765	204	0.2129	3317	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7228-2.7723	0.2803	171	0.2083	3434	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7723-2.8257	0.2752	192	0.2093	3406	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8257-2.8833	0.2586	172	0.2054	3468	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8833-2.946	0.253	187	0.2139	3498	X-RAY DIFFRACTION	94
2.946-3.0145	0.2638	170	0.2215	3521	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0145-3.0899	0.2926	194	0.223	3554	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0899-3.1734	0.2837	201	0.2159	3550	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1734-3.2668	0.2796	203	0.2047	3614	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2668-3.3722	0.2475	171	0.1908	3675	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3722-3.4927	0.2515	190	0.1823	3655	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4927-3.6325	0.2534	182	0.1731	3663	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6325-3.7978	0.2046	211	0.1617	3687	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7978-3.9979	0.1875	179	0.1431	3715	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9979-4.2483	0.174	203	0.1282	3713	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2483-4.5761	0.1597	203	0.1214	3712	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5761-5.0362	0.1702	199	0.1279	3742	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0362-5.7639	0.199	200	0.1524	3764	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7639-7.2582	0.2099	209	0.1707	3770	X-RAY DIFFRACTION	99
7.2582-49.0473	0.1594	214	0.1465	3872	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7977	-0.0973	0.1754	0.5431	0.4439	0.9768	0.1092	-0.0611	0.0422	0.0192	-0.0574	-0.0208	0.0044	0.0673	-0.0336	0.075	-0.0108	0.045	0.0691	-0.0206	0.1127	35.0155	-41.1822	78.5199
2	1.0325	-0.1865	0.2487	0.2492	-0.176	0.6831	0.1652	0.1838	-0.0004	-0.1169	-0.0704	0.0437	0.0337	-0.21	-0.0191	0.1614	0.0387	0.0447	0.2237	-0.0597	0.126	19.1754	-50.8779	58.5003
3	0.0602	-0.1291	0.0436	0.812	-0.742	0.9421	0.095	-0.0932	-0.0189	-0.027	-0.1645	0.0842	-0.0011	0.3391	0.0397	0.2159	0.0556	-0.0276	0.4202	-0.0004	0.2437	3.683	-35.3315	33.8058
4	0.7808	-0.1901	0.1068	0.626	0.1495	0.7869	0.0302	-0.1381	-0.0334	0.0095	0.0008	0.0494	0.0653	0.0663	-0.0253	0.0671	0.0243	0.0097	0.1028	-0.0483	0.1356	-4.2199	-53.813	78.4364
5	0.3574	-0.5065	0.3727	0.6025	-0.2277	0.4806	0.2277	0.4969	0.0081	0.0495	-0.1143	0.3308	-0.0681	-0.1561	0.0494	0.1526	0.0375	-0.0809	0.3921	-0.2141	0.1258	-22.1894	-49.5597	58.4459
6	0.1514	0.3359	-0.4065	0.998	-1.0298	0.9168	0.1946	-0.1835	0.0373	-0.1726	-0.2711	-0.0218	0.0937	0.5738	0.0645	0.3341	0.0548	-0.0045	0.5108	-0.0972	0.2517	-22.1032	-27.4745	33.7406
7	1.3636	-0.4744	0.3978	0.4243	-0.2436	1.6052	-0.2301	-0.2683	-0.1523	0.1955	0.3841	0.1629	0.0141	-0.1586	-0.0197	0.0122	-0.1037	-0.0612	-0.2059	-0.2161	0.0273	-40.9991	-35.1198	78.3293
8	0.2847	0.0678	0.0974	0.3487	0.2501	1.3333	0.0028	0.0439	0.0257	-0.071	0.0133	-0.0042	-0.3309	-0.098	0.0241	0.2329	-0.0238	-0.0506	0.1764	-0.0632	0.1784	-50.9632	-19.2362	58.4319
9	0.8319	0.2404	-0.8737	0.3421	-0.5217	1.3376	-0.1641	0.0824	0.1041	-0.1078	0.2517	0.0187	0.8133	0.0347	0.0328	0.5875	0.0752	0.0025	0.3179	-0.0314	0.2651	-35.3436	-3.7173	33.8237
10	0.7653	0.0734	-0.1262	0.7084	-0.1127	0.8198	-0.0322	0.0315	0.0222	0.1078	0.0354	0.0507	0.0972	-0.0827	-0.0073	0.1652	-0.0112	-0.0364	0.1141	-0.0285	0.2254	-53.9305	4.3317	78.4421
11	0.604	0.4424	-0.0852	0.6369	-0.2672	1.2756	-0.0276	0.0729	0.0121	-0.0677	0.1737	0.0044	-0.0679	0.0145	-0.0439	0.2627	-0.0235	-0.0684	0.2472	0.0185	0.2284	-49.6248	22.497	58.5406
12	1.5324	-0.4154	-1.4722	0.1751	0.3148	1.6899	-0.0375	0.2364	0.1208	0.051	0.0603	-0.0679	0.3825	-0.2766	0.0145	0.4274	-0.0458	-0.0069	0.4286	0.0117	0.3631	-27.4651	22.3768	33.89

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 4:141 or resid 400:519)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 362:399 or resid 142:210)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 211:361
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 4:141 or resid 400:519)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 362:399 or resid 142:210)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 211:361
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and (resid 4:141 or resid 400:519)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain C and (resid 362:399 or resid 142:210)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and resid 211:361
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D and (resid 4:141 or resid 400:519)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain D and (resid 362:399 or resid 142:210)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain D and resid 211:361

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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