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万見
- PDB-3j0f: Sindbis virion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j0f
タイトルSindbis virion
要素
  • Capsid proteinカプシド
  • E1 envelope glycoprotein
  • E2 envelope glycoprotein
キーワードVIRUS (ウイルス) / alphavirus / virus assembly (ウイルス) / glycoprotein (糖タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


icosahedral viral capsid, spike / トガビリン / T=4 icosahedral viral capsid / ubiquitin-like protein ligase binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / membrane fusion / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...icosahedral viral capsid, spike / トガビリン / T=4 icosahedral viral capsid / ubiquitin-like protein ligase binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / membrane fusion / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell nucleus / structural molecule activity / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / タンパク質分解 / RNA binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Sindbis virus (シンドビスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7 Å
データ登録者Tang, J. / Jose, J. / Zhang, W. / Chipman, P. / Kuhn, R.J. / Baker, T.S.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2011
タイトル: Molecular links between the E2 envelope glycoprotein and nucleocapsid core in Sindbis virus.
著者: Jinghua Tang / Joyce Jose / Paul Chipman / Wei Zhang / Richard J Kuhn / Timothy S Baker /
要旨: A three-dimensional reconstruction of Sindbis virus at 7.0 Å resolution presented here provides a detailed view of the virion structure and includes structural evidence for key interactions that ...A three-dimensional reconstruction of Sindbis virus at 7.0 Å resolution presented here provides a detailed view of the virion structure and includes structural evidence for key interactions that occur between the capsid protein (CP) and transmembrane (TM) glycoproteins E1 and E2. Based on crystal structures of component proteins and homology modeling, we constructed a nearly complete, pseudo-atomic model of the virus. Notably, this includes identification of the 33-residue cytoplasmic domain of E2 (cdE2), which follows a path from the E2 TM helix to the CP where it enters and exits the CP hydrophobic pocket and then folds back to contact the viral membrane. Modeling analysis identified three major contact regions between cdE2 and CP, and the roles of specific residues were probed by molecular genetics. This identified R393 and E395 of cdE2 and Y162 and K252 of CP as critical for virus assembly. The N-termini of the CPs form a contiguous network that interconnects 12 pentameric and 30 hexameric CP capsomers. A single glycoprotein spike cross-links three neighboring CP capsomers as might occur during initiation of virus budding.
履歴
登録2011年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Database references
改定 1.22011年12月21日Group: Database references
改定 1.32012年5月30日Group: Refinement description
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_image_scans / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5251
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5251
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
E: E1 envelope glycoprotein
F: E1 envelope glycoprotein
G: E1 envelope glycoprotein
H: E1 envelope glycoprotein
I: E2 envelope glycoprotein
J: E2 envelope glycoprotein
K: E2 envelope glycoprotein
L: E2 envelope glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)495,23812
ポリマ－495,23812
非ポリマー00
水0
1
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
E: E1 envelope glycoprotein
F: E1 envelope glycoprotein
G: E1 envelope glycoprotein
H: E1 envelope glycoprotein
I: E2 envelope glycoprotein
J: E2 envelope glycoprotein
K: E2 envelope glycoprotein
L: E2 envelope glycoprotein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,714,263720
ポリマ－29,714,263720
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
E: E1 envelope glycoprotein
F: E1 envelope glycoprotein
G: E1 envelope glycoprotein
H: E1 envelope glycoprotein
I: E2 envelope glycoprotein
J: E2 envelope glycoprotein
K: E2 envelope glycoprotein
L: E2 envelope glycoprotein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 2.48 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,476,18960
ポリマ－2,476,18960
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
E: E1 envelope glycoprotein
F: E1 envelope glycoprotein
G: E1 envelope glycoprotein
H: E1 envelope glycoprotein
I: E2 envelope glycoprotein
J: E2 envelope glycoprotein
K: E2 envelope glycoprotein
L: E2 envelope glycoprotein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 2.97 MDa, 72 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,971,42672
ポリマ－2,971,42672
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein / カプシド / Coat protein / C / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 29410.010 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-264 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sindbis virus (シンドビスウイルス)
参照: UniProt: P03316, トガビリン
#2: タンパク質
E1 envelope glycoprotein / Spike glycoprotein E1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 47416.836 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 807-1245 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sindbis virus (シンドビスウイルス)
参照: UniProt: P03316
#3: タンパク質
E2 envelope glycoprotein / Spike glycoprotein E2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 46982.582 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 329-751 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sindbis virus (シンドビスウイルス)
参照: UniProt: P03316

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: sindbis virion / タイプ: VIRUS / 詳細: alphavirus
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM300FEG/T / 日付: 2001年12月12日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 資料ホルダタイプ: eucentric / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 7 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 1KXF

1kxf


PDB chain-ID: A / Accession code: 1KXF / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4064 0 0 0 4064

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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