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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3izp | ||||||
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タイトル | Conformation of EF-G during translocation | ||||||
要素 | Elongation factor GEF-G | ||||||
キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / electron microscopy (電子顕微鏡) / flexible fitting / GTP hydrolysis / hybrid state / inter-subunit rotation / ribosome (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学)) / tRNA (転移RNA) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translational elongation / translation elongation factor activity / GDP binding / ribosome binding / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 | ||||||
データ登録者 | Li, W. / Trabuco, L.G. / Schulten, K. / Frank, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2011 タイトル: Molecular dynamics of EF-G during translocation. 著者: Wen Li / Leonardo G Trabuco / Klaus Schulten / Joachim Frank / 要旨: Elongation factor G (EF-G) plays a crucial role in two stages of mRNA-(tRNA)(2) translocation. First, EF-G•GTP enters the pre-translocational ribosome in its intersubunit-rotated state, with tRNAs ...Elongation factor G (EF-G) plays a crucial role in two stages of mRNA-(tRNA)(2) translocation. First, EF-G•GTP enters the pre-translocational ribosome in its intersubunit-rotated state, with tRNAs in their hybrid (P/E and A/P) positions. Second, a conformational change in EF-G's Domain IV induced by GTP hydrolysis disengages the mRNA-anticodon stem-loops of the tRNAs from the decoding center to advance relative to the small subunit when the ribosome undergoes a backward inter-subunit rotation. These events take place as EF-G undergoes a series of large conformational changes as visualized by cryo-EM and X-ray studies. The number and variety of these structures leave open many questions on how these different configurations form during the dynamic translocation process. To understand the molecular mechanism of translocation, we examined the molecular motions of EF-G in solution by means of molecular dynamics simulations. Our results show: (1) rotations of the super-domain formed by Domains III-V with respect to the super-domain formed by I-II, and rotations of Domain IV with respect to Domain III; (2) flexible conformations of both 503- and 575-loops; (3) large conformational variability in the bound form caused by the interaction between Domain V and the GTPase-associated center; (4) after GTP hydrolysis, the Switch I region seems to be instrumental for effecting the conformational change at the end of Domain IV implicated in the disengagement of the codon-anticodon helix from the decoding center. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3izp.cif.gz | 128.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3izp.ent.gz | 96.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3izp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/3izp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/3izp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1363F F: あてはまる*YM |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76595.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P13551 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 70S ribosomeリボソーム / タイプ: RIBOSOME |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 5 mM potassium phosphate, 5 mM magnesium acetate, 5 mM ammonium chloride, 95 mM potassium chloride, 0.5 mM calcium chloride, 8 mM putrescine, 1 mM spermidine, and 1 mM dithioerythritol |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / Temp: 90 K / 手法: two-face blotting for 1 second |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 49650 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 資料ホルダタイプ: single tilt cryoholder / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: MDFF / カテゴリ: モデルフィッティング | ||||||||||||
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--Molecular Dynamics Flexible Fitting | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1FNM Accession code: 1FNM / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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