[日本語] English
万見
- PDB-3iyd: Three-dimensional EM structure of an intact activator-dependent t... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iyd
タイトルThree-dimensional EM structure of an intact activator-dependent transcription initiation complex
要素
  • (DNA (98-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...ポリメラーゼ) x 4
  • Catabolite gene activator
  • RNA polymerase sigma factor rpoD
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription (転写 (生物学)) / initiation / Class I / activator / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / holoenzyme (酵素) / sigma70 / open complex / CAP / CRP / cAMP-dependent / DNA (デオキシリボ核酸) / prokaryotic (原核生物) / DNA-directed RNA polymerase (ポリメラーゼ) / Nucleotidyltransferase / Transferase (転移酵素) / DNA-binding / Sigma factor (シグマ因子) / Transcription regulation / cAMP (CAMP) / cAMP-binding / Nucleotide-binding / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite repression of transcription / sigma factor antagonist complex / DNA binding, bending / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / sigma factor activity ...carbon catabolite repression of transcription / sigma factor antagonist complex / DNA binding, bending / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / sigma factor activity / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / cAMP binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / 運動性 / デオキシリボ核酸 / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily ...Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Sigma-70 factors family signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RmlC-like jelly roll fold / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / RNA polymerase sigma factor RpoD / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-binding transcriptional dual regulator CRP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.8 Å
データ登録者Hudson, B.P. / Quispe, J. / Lara, S. / Kim, Y. / Berman, H. / Arnold, E. / Ebright, R.H. / Lawson, C.L.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2009
タイトル: Three-dimensional EM structure of an intact activator-dependent transcription initiation complex.
著者: Brian P Hudson / Joel Quispe / Samuel Lara-González / Younggyu Kim / Helen M Berman / Eddy Arnold / Richard H Ebright / Catherine L Lawson /
要旨: We present the experimentally determined 3D structure of an intact activator-dependent transcription initiation complex comprising the Escherichia coli catabolite activator protein (CAP), RNA ...We present the experimentally determined 3D structure of an intact activator-dependent transcription initiation complex comprising the Escherichia coli catabolite activator protein (CAP), RNA polymerase holoenzyme (RNAP), and a DNA fragment containing positions -78 to +20 of a Class I CAP-dependent promoter with a CAP site at position -61.5 and a premelted transcription bubble. A 20-A electron microscopy reconstruction was obtained by iterative projection-based matching of single particles visualized in carbon-sandwich negative stain and was fitted using atomic coordinate sets for CAP, RNAP, and DNA. The structure defines the organization of a Class I CAP-RNAP-promoter complex and supports previously proposed interactions of CAP with RNAP alpha subunit C-terminal domain (alphaCTD), interactions of alphaCTD with sigma(70) region 4, interactions of CAP and RNAP with promoter DNA, and phased-DNA-bend-dependent partial wrapping of DNA around the complex. The structure also reveals the positions and shapes of species-specific domains within the RNAP beta', beta, and sigma(70) subunits.
履歴
登録2009年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22016年2月10日Group: Structure summary
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5127
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor rpoD
G: Catabolite gene activator
H: Catabolite gene activator
I: DNA (98-MER)
J: DNA (98-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)568,63712
ポリマ－567,97910
非ポリマー6582
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / ポリメラーゼ / RNAP subunit alpha / Transcriptase subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha


分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12
遺伝子: b3295, JW3257, pez, phs, rpoA, RpoB, RpoC, RpoD, RpoZ, sez
プラスミド: pEcABC-H6, pRSFduet-sigma, pCDF-omega / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE2) / 参照: UniProt: P0A7Z4, ポリメラーゼ
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / ポリメラーゼ / RNAP subunit beta / Transcriptase subunit beta / RNA polymerase subunit beta


分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12
遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8V2, ポリメラーゼ
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / ポリメラーゼ / RNAP subunit beta' / Transcriptase subunit beta' / RNA polymerase subunit beta'


分子量: 156195.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Purchased from IDT and annealed / 参照: UniProt: P0A8T7, ポリメラーゼ
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / ポリメラーゼ / RNAP omega subunit / Transcriptase subunit omega / RNA polymerase omega subunit


分子量: 10118.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, ポリメラーゼ

-
タンパク質 , 2種, 3分子 FGH

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor rpoD / RNAP polymerase (sigma70 holoenzyme)


分子量: 70326.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpoD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00579
#6: タンパク質 Catabolite gene activator / cAMP receptor protein / cAMP regulatory protein / Catabolite activator protein


分子量: 23541.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: crp, cap, csm, b3357, JW5702 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACJ8

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#7: DNA鎖 DNA (98-MER) / Lac(ICAP)UP-UV5-BUBBLE


分子量: 30220.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#8: DNA鎖 DNA (98-MER)


分子量: 30097.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 1種, 2分子

#9: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP / 環状アデノシン一リン酸


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent-ID
1E. coli RNA polymerase holoenzyme (sigma70) and E. coli catabolite activator protein (CAP) bound to 98-mer DNA containing the lac promoter and engineered open transcription bubbleCOMPLEXOne molecule of RNAP (containing six subunits) and one CAP homodimer bound to a DNA duplex. Complex formation was verified by gel shift0
2Catabolite Activator Protein1
3lac(ICAP)UP-UV5-bubble1
4RNA polymerase holoenzyme (sigma70)RNAポリメラーゼ1
分子量値: 0.57 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: 25 mM HEPES, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.2 mM cAMP
pH: 8
詳細: 25 mM HEPES, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.2 mM cAMP
試料濃度: 6.18 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
詳細: 25mM HEPES, 100mM KCl, 10mM MgCl2, 1mM DTT, 0.2mM cAMP
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Formate
試料支持詳細: 400-mesh copper 2.0x0.5 hole pattern C-flat grids (Protochips, Inc.) with a thin layer of continuous carbon floated on top

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2008年11月4日 / 詳細: 15 um pixel size on detector
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 50000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2 mm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
資料ホルダタイプ: standard side-entry room-temperature stage
温度: 293 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 16 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1MODELLERモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3Yup.scxモデルフィッティング
4EMAN３次元再構成
5SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: ACE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: projection matching / 解像度: 19.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 14097
詳細: EMAN interleaved with SPIDER correspondence analysis ( Details about the particle: 32816 particles were automatically selected by the Appion DoGpicker initially )
クラス平均像の数: 280 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: map-derived potential energy
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body, Yup.scx simulated annealing DETAILS--A complete ternary complex model was generated using multiple PDB entries, with a homology modelling step for RNAP. The ...詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body, Yup.scx simulated annealing DETAILS--A complete ternary complex model was generated using multiple PDB entries, with a homology modelling step for RNAP. The model was regularized with PHENIX and the refined against the EM map with Yup.scx using default parameters.
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
11LB2

1lb2

1LB21
21BDF

1bdf

1BDF2
32AUK

2auk

A2AUK3
41SIG

1sig

A1SIG4
53DXJ

3dxj

3DXJ5
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31208 4002 44 0 35254

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る