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万見
- PDB-2x7n: Mechanism of eIF6s anti-association activity -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x7n
タイトルMechanism of eIF6s anti-association activity
要素
  • 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23
  • 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24-Aリボソーム
  • EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 6
  • SARCIN-RICIN LOOP
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN/RNA (リボソーム) / RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX (リボソーム) / INITIATION FACTOR / PROTEIN BIOSYNTHESIS (タンパク質生合成) / RIBOSOMAL PROTEIN / RIBONUCLEOPROTEIN (核タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal subunit export from nucleus / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / preribosome, large subunit precursor ...maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal subunit export from nucleus / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / translation initiation factor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / rRNA processing / large ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / mRNA binding / 核小体 / RNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. ...Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein eL24A / 60S ribosomal protein L23-B / Large ribosomal subunit protein uL14A / Eukaryotic translation initiation factor 6
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.8 Å
データ登録者Gartmann, M. / Blau, M. / Armache, J.-P. / Mielke, T. / Topf, M. / Beckmann, R.
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2010
タイトル: Mechanism of eIF6-mediated inhibition of ribosomal subunit joining.
著者: Marco Gartmann / Michael Blau / Jean-Paul Armache / Thorsten Mielke / Maya Topf / Roland Beckmann /
要旨: During the process of ribosomal assembly, the essential eukaryotic translation initiation factor 6 (eIF6) is known to act as a ribosomal anti-association factor. However, a molecular understanding of ...During the process of ribosomal assembly, the essential eukaryotic translation initiation factor 6 (eIF6) is known to act as a ribosomal anti-association factor. However, a molecular understanding of the anti-association activity of eIF6 is still missing. Here we present the cryo-electron microscopy reconstruction of a complex of the large ribosomal subunit with eukaryotic eIF6 from Saccharomyces cerevisiae. The structure reveals that the eIF6 binding site involves mainly rpL23 (L14p in Escherichia coli). Based on our structural data, we propose that the mechanism of the anti-association activity of eIF6 is based on steric hindrance of intersubunit bridge formation around the dynamic bridge B6.
履歴
登録2010年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Derived calculations / Other / Version format compliance
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_image_scans / entity / Item: _entity.src_method
改定 1.32018年10月3日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: em_software / ndb_struct_na_base_pair
Item: _em_software.image_processing_id / _ndb_struct_na_base_pair.propeller
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "CC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "CC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1705
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1705
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SARCIN-RICIN LOOP
B: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 6
C: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23
D: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7974
ポリマ－53,7974
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area22400 Å2
手法PISA

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要素

#1: RNA鎖 SARCIN-RICIN LOOP


分子量: 9042.445 Da / 分子数: 1 / 断片: 2684-2711 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
#2: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 6 / EIF-6


分子量: 24156.150 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-224 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12522
#3: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23 / / YL32 / L17A


分子量: 14047.472 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 6-137 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P04451, UniProt: P0CX41*PLUS
#4: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24-A / リボソーム / L30 / YL221 / RP29


分子量: 6550.665 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-56 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P04449

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 60S-EIF6 COMPLEX / タイプ: RIBOSOME / 詳細: CRYO-EM SINGLE-PARTICLE RECONSTRUCTION
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 39000 X / 倍率（補正後）: 38900 X / Cs: 2.26 mm
試料ホルダ温度: 95 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア名称: SPIDER / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: DEFOCUS GROUP VOLUMES
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 11.8 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1705.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--FLEX-EM
原子モデル構築PDB-ID: 1G62

1g62

精密化最高解像度: 11.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 11.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3137 600 0 0 3737

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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