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万見
- PDB-2fl8: Fitting of the gp10 trimer structure into the cryoEM map of the b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fl8
タイトルFitting of the gp10 trimer structure into the cryoEM map of the bacteriophage T4 baseplate in the hexagonal conformation.
要素Baseplate structural protein Gp10
キーワードVIRUS/VIRAL PROTEIN / Bacteriophage T4 (T4ファージ) / Baseplate (三脚) / Tail (尾) / Evolution (進化) / gp10 / Structural comparisons / VIRUS-VIRAL PROTEIN COMPLEX
機能・相同性Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 middle domain superfamily / Gp9-like superfamily / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein / virus tail, baseplate / viral tail assembly / viral release from host cell / Baseplate wedge protein gp10
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12 Å
データ登録者Leiman, P.G. / Shneider, M.M. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2006
タイトル: Evolution of bacteriophage tails: Structure of T4 gene product 10.
著者: Petr G Leiman / Mikhail M Shneider / Vadim V Mesyanzhinov / Michael G Rossmann /
要旨: The success of tailed bacteriophages to infect cells far exceeds that of most other viruses on account of their specialized tail and associated baseplate structures. The baseplate protein gene ...The success of tailed bacteriophages to infect cells far exceeds that of most other viruses on account of their specialized tail and associated baseplate structures. The baseplate protein gene product (gp) 10 of bacteriophage T4, whose structure was determined to 1.2 A resolution, was fitted into the cryo-electron microscopy structures of the pre and post-infection conformations of the virus. gp10 functions as a molecular lever that rotates and extends the hinged short tail fibers to facilitate cell attachment. The central folding motif of the gp10 trimer is similar to that of the baseplate protein gp11 and to the receptor-binding domain of the short tail fiber, gp12. The three proteins comprise the periphery of the baseplate and interact with each other. The structural and functional similarities of gp10, gp11, and gp12 and their sequential order in the T4 genome suggest that they evolved separately, subsequent to gene triplication from a common ancestor. Such events are usual in the evolution of complex organelles from a common primordial molecule.
履歴
登録2006年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 ASSEMBLY COMPONENTS COM_ID: 1 NAME:THE TRIMERIC GENE PRODUCT 10 IS A STRUCTURAL ... BIOMOLECULE: 1 ASSEMBLY COMPONENTS COM_ID: 1 NAME:THE TRIMERIC GENE PRODUCT 10 IS A STRUCTURAL COMPONENT OF THE SIXFOLD-SYMMETRIC T4 BASEPLATE IPR_ID: NULL GO_ID: NULL OTHER_DETAILS: THE ENTRY CONTAINS THE FIT OF THE GP10 C- TERMINAL DOMAIN CRYSTAL STRUCTURE (RESIDUES 406-602) AND THE HOMOLOGY MODEL OF THE GP10 N-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 1-160) INTO THE CRYOEM MAP OF THE T4 BASEPLATE IN THE HEXAGONAL CONFORMATION (EMDB ID 1048). THE HOMOLOGY MODEL OF THE N-TERMINAL DOMAINS IS BASED ON THE CRYSTAL STRUCTURE OF T4 GP9 (PDB ID 1S2E). VIRUS PARTICULARS COM_ID: 1 VIRUS_HOST_CATEGORY: BACTERIA VIRUS_HOST_SPECIES: ESCHERICHIA COLI VIRUS_HOST_GROWTH_CELL: ESCHERICHIA COLI VIRUS_TYPE: VIRION VIRUS_ISOLATE: STRAIN ICTVDB_ID: 02.043.0.01.005

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1048
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baseplate structural protein Gp10
B: Baseplate structural protein Gp10
C: Baseplate structural protein Gp10
D: Baseplate structural protein Gp10
E: Baseplate structural protein Gp10
F: Baseplate structural protein Gp10
G: Baseplate structural protein Gp10
H: Baseplate structural protein Gp10
I: Baseplate structural protein Gp10
J: Baseplate structural protein Gp10
K: Baseplate structural protein Gp10
L: Baseplate structural protein Gp10
M: Baseplate structural protein Gp10
N: Baseplate structural protein Gp10
O: Baseplate structural protein Gp10
P: Baseplate structural protein Gp10
Q: Baseplate structural protein Gp10
R: Baseplate structural protein Gp10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,194,65518
ポリマ－1,194,65518
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C6 (6回回転対称))

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要素

#1: タンパク質
Baseplate structural protein Gp10 / Baseplate wedge protein 10 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 66369.742 Da / 分子数: 18 / 変異: A442E, A530T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 株: D / 遺伝子: 10 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: P10928

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: bacteriophage T4 baseplate / タイプ: VIRUS
詳細: The trimeric gene product 10 is a structural component of the sixfold-symmetric T4 baseplate. The entry contains the fit of the gp10 C-terminal domain crystal structure (residues 406-602) and ...詳細: The trimeric gene product 10 is a structural component of the sixfold-symmetric T4 baseplate. The entry contains the fit of the gp10 C-terminal domain crystal structure (residues 406-602) and the homology model of the gp10 N-terminal domain (residues 1-160) into the cryoEM map of the T4 baseplate in the hexagonal conformation (EMDB ID 1048). The homology model of the N-terminal domains is based on the crystal structure of T4 gp9 (PDB ID 1S2E).
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
ウイルスについての詳細ホストのカテゴリ: BACTERIA / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Escherichia coli
緩衝液pH: 7 / 詳細: water
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM300FEG/T / 日付: 2001年1月30日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 45000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1SITUS COLORESモデルフィッティング
2SPIDER３次元再構成
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 12 Å / 粒子像の数: 945
詳細: THE COORDINATES CONTAIN CA ONLY. RESIDUES 161-405 ARE MISSING. PLEASE SEE THE RELATED EMDB ENTRY FOR DETAILS OF THE EM RECONSTRUCTION.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
Target criteria: correlation coefficient as defined by the program COLORES/SITUS
詳細: METHOD--laplacian filtered real space REFINEMENT PROTOCOL--rigid body
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
12FKK

2fkk

12FKK1PDBexperimental model
21S2E

1s2e

11S2E2PDBexperimental model
精密化最高解像度: 12 Å
詳細: THE COORDINATES CONTAIN CA ONLY. RESIDUES 161-405 ARE MISSING.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6192 0 0 0 6192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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