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万見
- EMDB-26738: Integrin alphaM/beta2 ectodomain in complex with adenylate cyclas... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26738
タイトルIntegrin alphaM/beta2 ectodomain in complex with adenylate cyclase toxin RTX751 and M1F5 Fab
マップデータComposite map of global and local sharpened maps
試料
  • 複合体: Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylate cyclase toxin RTX domain and M1F5 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-M
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta
    • タンパク質・ペプチド: Bifunctional hemolysin-adenylate cyclase
    • タンパク質・ペプチド: M1F5 fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: M1F5 fab light chain
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular extravasation / ectodermal cell differentiation / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / response to curcumin / positive regulation of neutrophil degranulation / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning ...cellular extravasation / ectodermal cell differentiation / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / response to curcumin / positive regulation of neutrophil degranulation / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / cytolysis / complement-mediated synapse pruning / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of dopamine metabolic process / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement receptor mediated signaling pathway / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / cargo receptor activity / cell adhesion mediated by integrin / phagocytosis, engulfment / leukocyte cell-cell adhesion / amyloid-beta clearance / plasma membrane raft / tertiary granule membrane / positive regulation of protein targeting to membrane / endothelial cell migration / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / 食作用 / response to mechanical stimulus / forebrain development / heat shock protein binding / cell adhesion molecule binding / receptor-mediated endocytosis / cell-matrix adhesion / positive regulation of superoxide anion generation / response to ischemia / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / 細胞接着 / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / integrin binding / response to estradiol / amyloid-beta binding / toxin activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / 細胞接着 / 脂質ラフト / external side of plasma membrane / 自然免疫系 / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
RTX, pore-forming domain / N-terminal domain in RTX protein / RTX toxin determinant A / Integrin beta-2 subunit / : / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) ...RTX, pore-forming domain / N-terminal domain in RTX protein / RTX toxin determinant A / Integrin beta-2 subunit / : / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta / Bifunctional hemolysin-adenylate cyclase / Integrin alpha-M
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Goldsmith JA / McLellan JS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI155453 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Structural basis for non-canonical integrin engagement by Bordetella adenylate cyclase toxin.
著者: Jory A Goldsmith / Andrea M DiVenere / Jennifer A Maynard / Jason S McLellan /
要旨: Integrins are ubiquitous cell-surface heterodimers that are exploited by pathogens and toxins, including leukotoxins that target β integrins on phagocytes. The Bordetella adenylate cyclase toxin ...Integrins are ubiquitous cell-surface heterodimers that are exploited by pathogens and toxins, including leukotoxins that target β integrins on phagocytes. The Bordetella adenylate cyclase toxin (ACT) uses the αβ integrin as a receptor, but the structural basis for integrin binding and neutralization by antibodies is poorly understood. Here, we use cryoelectron microscopy to determine a 2.7 Å resolution structure of an ACT fragment bound to αβ. This structure reveals that ACT interacts with the headpiece and calf-2 of the α subunit in a non-canonical manner specific to bent, inactive αβ. Neutralizing antibody epitopes map to ACT residues involved in α binding, providing the basis for antibody-mediated attachment inhibition. Furthermore, binding to αβ positions the essential ACT acylation sites, which are conserved among toxins exported by type I secretion systems, at the cell membrane. These findings reveal a structural mechanism for integrin-mediated attachment and explain antibody-mediated neutralization of ACT intoxication.
履歴
登録2022年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2022年9月14日-
現状2022年9月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26738.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26738.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 147.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of global and local sharpened maps
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.073 Å
密度
表面レベル登録者による: 7.0
最小 - 最大-9.475574 - 271.23026
平均 (標準偏差)0.014895657 (±1.3623712)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ338338338
Spacing338338338
セルA=B=C: 362.67398 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylat...

全体名称: Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylate cyclase toxin RTX domain and M1F5 Fab
要素
  • 複合体: Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylate cyclase toxin RTX domain and M1F5 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-M
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta
    • タンパク質・ペプチド: Bifunctional hemolysin-adenylate cyclase
    • タンパク質・ペプチド: M1F5 fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: M1F5 fab light chain
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylat...

超分子名称: Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylate cyclase toxin RTX domain and M1F5 Fab
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Integrin alpha-M

分子名称: Integrin alpha-M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 128.455289 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FNLDTENAMT FQENARGFGQ SVVQLQGSRV VVGAPQEIVA ANQRGSLYQC DYSTGSCEPI RLQVPVEAVN MSLGLSLAAT TSPPQLLAC GPTVHQTCSE NTYVKGLCFL FGSNLRQQPQ KFPEALRGCP QEDSDIAFLI DGSGSIIPHD FRRMKEFVST V MEQLKKSK ...文字列:
FNLDTENAMT FQENARGFGQ SVVQLQGSRV VVGAPQEIVA ANQRGSLYQC DYSTGSCEPI RLQVPVEAVN MSLGLSLAAT TSPPQLLAC GPTVHQTCSE NTYVKGLCFL FGSNLRQQPQ KFPEALRGCP QEDSDIAFLI DGSGSIIPHD FRRMKEFVST V MEQLKKSK TLFSLMQYSE EFRIHFTFKE FQNNPNPRSL VKPITQLLGR THTATGIRKV VRELFNITNG ARKNAFKILV VI TDGEKFG DPLGYEDVIP EADREGVIRY VIGVGDAFRS EKSRQELNTI ASKPPRDHVF QVNNFEALKT IQNQLREKIF AIE GTQTGS SSSFEHEMSQ EGFSAAITSN GPLLSTVGSY DWAGGVFLYT SKEKSTFINM TRVDSDMNDA YLGYAAAIIL RNRV QSLVL GAPRYQHIGL VAMFRQNTGM WESNANVKGT QIGAYFGASL CSVDVDSNGS TDLVLIGAPH YYEQTRGGQV SVCPL PRGR ARWQCDAVLY GEQGQPWGRF GAALTVLGDV NGDKLTDVAI GAPGEEDNRG AVYLFHGTSG SGISPSHSQR IAGSKL SPR LQYFGQSLSG GQDLTMDGLV DLTVGAQGHV LLLRSQPVLR VKAIMEFNPR EVARNVFECN DQVVKGKEAG EVRVCLH VQ KSTRDRLREG QIQSVVTYDL ALDSGRPHSR AVFNETKNST RRQTQVLGLT QTCETLKLQL PNCIEDPVSP IVLRLNFS L VGTPLSAFGN LRPVLAEDAQ RLFTALFPFE KNCGNDNICQ DDLSITFSFM SLDCLVVGGP REFNVTVTVR NDGEDSYRT QVTFFFPLDL SYRKVSTLQN QRSQRSWRLA CESASSTEVS GALKSTSCSI NHPIFPENSE VTFNITFDVD SKASLGNKLL LKANVTSEN NMPRTNKTEF QLELPVKYAV YMVVTSHGVS TKYLNFTASE NTSRVMQHQY QVSNLGQRSL PISLVFLVPV R LNQTVIWD RPQVTFSENL SSTCHTKERL PSHSDFLAEL RKAPVVNCSI AVCQRIQCDI PFFGIQEEFN ATLKGNLSFD WY IKTSHNH LLIVSTAEIL FNDSVFTLLP GQGAFVRSQT ETKVEPFEVP NGCGGLEVLF QGPGENAQCE KELQALEKEN AQL EWELQA LEKELAQWSH PQFEKGGGSG GGGSGGSAWS HPQFEK

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分子 #2: Integrin beta

分子名称: Integrin beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.784938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QECTKFKVSS CRECIESGPG CTWCQKLNFT GPGDPDSIRC DTRPQLLMRG CAADDIMDPT SLAETQEDHN GGQKQLSPQK VTLYLRPGQ AAAFNVTFRR AKGYPIDLYY LMDLSYSMLD DLRNVKKLGG DLLRALNEIT ESGRIGFGSF VDKTVLPFVN T HPDKLRNP ...文字列:
QECTKFKVSS CRECIESGPG CTWCQKLNFT GPGDPDSIRC DTRPQLLMRG CAADDIMDPT SLAETQEDHN GGQKQLSPQK VTLYLRPGQ AAAFNVTFRR AKGYPIDLYY LMDLSYSMLD DLRNVKKLGG DLLRALNEIT ESGRIGFGSF VDKTVLPFVN T HPDKLRNP CPNKEKECQP PFAFRHVLKL TNNSNQFQTE VGKQLISGNL DAPEGGLDAM MQVAACPEEI GWRNVTRLLV FA TDDGFHF AGDGKLGAIL TPNDGRCHLE DNLYKRSNEF DYPSVGQLAH KLAENNIQPI FAVTSRMVKT YEKLTEIIPK SAV GELSED SSNVVHLIKN AYNKLSSRVF LDHNALPDTL KVTYDSFCSN GVTHRNQPRG DCDGVQINVP ITFQVKVTAT ECIQ EQSFV IRALGFTDIV TVQVLPQCEC RCRDQSRDRS LCHGKGFLEC GICRCDTGYI GKNCECQTQG RSSQELEGSC RKDNN SIIC SGLGDCVCGQ CLCHTSDVPG KLIYGQYCEC DTINCERYNG QVCGGPGRGL CFCGKCRCHP GFEGSACQCE RTTEGC LNP RRVECSGRGR CRCNVCECHS GYQLPLCQEC PGCPSPCGKY ISCAECLKFE KGPFGKNCSA ACPGLQLSNN PVKGRTC KE RDSEGCWVAY TLEQQDGMDR YLIYVDESRE CVAGPDGCGL EVLFQGPGKN AQCKKKLQAL KKKNAQLKWK LQALKKKL A QGGHHHHHH

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分子 #3: Bifunctional hemolysin-adenylate cyclase

分子名称: Bifunctional hemolysin-adenylate cyclase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
分子量理論値: 100.286688 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPGSANSDGL RKMLADLQAG WNASSVIGVQ TTEISKSALE LAAITGNADN LKSVDVFVDR FVQGERVAGQ PVVLDVAAGG IDIASRKGE RPALTFITPL AAPGEEQRRR TKTGKSEFTT FVEIVGKQDR WRIRDGAADT TIDLAKVVSQ LVDANGVLKH S IKLDVIGG ...文字列:
GPGSANSDGL RKMLADLQAG WNASSVIGVQ TTEISKSALE LAAITGNADN LKSVDVFVDR FVQGERVAGQ PVVLDVAAGG IDIASRKGE RPALTFITPL AAPGEEQRRR TKTGKSEFTT FVEIVGKQDR WRIRDGAADT TIDLAKVVSQ LVDANGVLKH S IKLDVIGG DGDDVVLANA SRIHYDGGAG TNTVSYAALG RQDSITVSAD GERFNVRKQL NNANVYREGV ATQTTAYGKR TE NVQYRHV ELARVGQLVE VDTLEHVQHI IGGAGNDSIT GNAHDNFLAG GSGDDRLDGG AGNDTLVGGE GQNTVIGGAG DDV FLQDLG VWSNQLDGGA GVDTVKYNVH QPSEERLERM GDTGIHADLQ KGTVEKWPAL NLFSVDHVKN IENLHGSRLN DRIA GDDQD NELWGHDGND TIRGRGGDDI LRGGLGLDTL YGEDGNDIFL QDDETVSDDI DGGAGLDTVD YSAMIHPGRI VAPHE YGFG IEADLSREWV RKASALGVDY YDNVRNVENV IGTSMKDVLI GDAQANTLMG QGGDDTVRGG DGDDLLFGGD GNDMLY GDA GNDTLYGGLG DDTLEGGAGN DWFGQTQARE HDVLRGGDGV DTVDYSQTGA HAGIAAGRIG LGILADLGAG RVDKLGE AG SSAYDTVSGI ENVVGTELAD RITGDAQANV LRGAGGADVL AGGEGDDVLL GGDGDDQLSG DAGRDRLYGE AGDDWFFQ D AANAGNLLDG GDGRDTVDFS GPGRGLDAGA KGVFLSLGKG FASLMDEPET SNVLRNIENA VGSARDDVLI GDAGANVLN GLAGNDVLSG GAGDDVLLGD EGSDLLSGDA GNDDLFGGQG DDTYLFGVGY GHDTIYESGG GHDTIRINAG ADQLWFARQG NDLEIRILG TDDALTVHDW YRDADHRVEI IHAANQAVDQ AGIEKLVEAM AQYPDPGAAA AAPPAARVPD TLMQSLAVNW R

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分子 #4: M1F5 fab heavy chain

分子名称: M1F5 fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.665729 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLKQSGPE LVKPGASVRM SCKGSGYSFT FHNIHWVKQR PGQGLEWIGW IYPGDGNTKY NEKFKGKTTL TVDKSSNTAY MLLSSLTSE DSAIYFCAYG NYYFDQWGQG TTLTVSSRST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT ...文字列:
QVQLKQSGPE LVKPGASVRM SCKGSGYSFT FHNIHWVKQR PGQGLEWIGW IYPGDGNTKY NEKFKGKTTL TVDKSSNTAY MLLSSLTSE DSAIYFCAYG NYYFDQWGQG TTLTVSSRST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEPKS CDKGLEVLFQ

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分子 #5: M1F5 fab light chain

分子名称: M1F5 fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.360854 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IQMMQSTSSL SASLGDRVTI SCSASQGITN YLNWYQQKPD GTVKLLIYYT SSLHSGVPSR FSGSGSGTDY SLTISNLEPE DIATYYCQQ YSNLPWTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
IQMMQSTSSL SASLGDRVTI SCSASQGITN YLNWYQQKPD GTVKLLIYYT SSLHSGVPSR FSGSGSGTDY SLTISNLEPE DIATYYCQQ YSNLPWTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #8: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 33 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 11 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3k6s

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 347508

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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