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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2567 | |||||||||
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タイトル | Structure of a bacterial Type IV secretion system分泌 | |||||||||
マップデータ | Structure of a bacterial Type IV secretion system分泌 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Type IV secretion system / R388 conjugative plasmid / Escherichia coli (大腸菌) / negative stain electron microscopy | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Low HH / Gubellini F / Rivera-Calzada A / Braun N / Connery S / Dujeancourt A / Lu F / Redzej A / Fronzes R / Orlova EV / Waksman G | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2014 タイトル: Structure of a type IV secretion system. 著者: Harry H Low / Francesca Gubellini / Angel Rivera-Calzada / Nathalie Braun / Sarah Connery / Annick Dujeancourt / Fang Lu / Adam Redzej / Rémi Fronzes / Elena V Orlova / Gabriel Waksman / 要旨: Bacterial type IV secretion systems translocate virulence factors into eukaryotic cells, distribute genetic material between bacteria and have shown potential as a tool for the genetic modification ...Bacterial type IV secretion systems translocate virulence factors into eukaryotic cells, distribute genetic material between bacteria and have shown potential as a tool for the genetic modification of human cells. Given the complex choreography of the substrate through the secretion apparatus, the molecular mechanism of the type IV secretion system has proved difficult to dissect in the absence of structural data for the entire machinery. Here we use electron microscopy to reconstruct the type IV secretion system encoded by the Escherichia coli R388 conjugative plasmid. We show that eight proteins assemble in an intricate stoichiometric relationship to form an approximately 3 megadalton nanomachine that spans the entire cell envelope. The structure comprises an outer membrane-associated core complex connected by a central stalk to a substantial inner membrane complex that is dominated by a battery of 12 VirB4 ATPase subunits organized as side-by-side hexameric barrels. Our results show a secretion system with markedly different architecture, and consequently mechanism, to other known bacterial secretion systems. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2567.map.gz | 802.3 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2567-v30.xml emd-2567.xml | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2567.tif | 636.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2567 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2567 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2567.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of a bacterial Type IV secretion system | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Structure of a bacterial Type IV secretion system from Escherichi...
全体 | 名称: Structure of a bacterial Type IV secretion system from Escherichia coli R388 conjugative plasmid分泌 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Structure of a bacterial Type IV secretion system from Escherichi...
超分子 | 名称: Structure of a bacterial Type IV secretion system from Escherichia coli R388 conjugative plasmid タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 3 MDa / 理論値: 3.4 MDa 手法: Calculation based on stoichiometry determination of individual components within the complex |
-分子 #1: Type IV secretion system from R388 conjugative plasmid
分子 | 名称: Type IV secretion system from R388 conjugative plasmid タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: R388 conjugative plasmid |
分子量 | 実験値: 3 MDa / 理論値: 3.4 MDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pAsk3c |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 200 mM NaCl, 0.06 % w/v DM-NPG, 0.1 % w/v digitonin, 1 mM DTT and 1mM EDTA |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein floated on 2% w/v uranyl acetate for 30 seconds. |
グリッド | 詳細: Glow-discharged carbon-coated copper grids (Agar Scientific) |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 45500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 45500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
日付 | 2012年6月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 693 / 平均電子線量: 15 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 2次元分類 | クラス数: 803 |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 3200 |