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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2080 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain in rigor state (gold cluster in the neck linker V365C). | |||||||||
マップデータ | 3D reconstruction of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain with an empty nucleotide-binding site (gold cluster attached in the neck linker, V365C) | |||||||||
試料 |
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キーワード | electron cryo-microscopy (低温電子顕微鏡法) / kinesin (キネシン) / microtubule (微小管) / mitosis (有糸分裂) / cancer (悪性腫瘍) | |||||||||
機能・相同性 | Kinesin motor domain, conserved site / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Goulet A / Behnke-Parks WM / Sindelar CV / Major J / Rosenfeld SS / Moores CA | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2012 タイトル: The structural basis of force generation by the mitotic motor kinesin-5. 著者: Adeline Goulet / William M Behnke-Parks / Charles V Sindelar / Jennifer Major / Steven S Rosenfeld / Carolyn A Moores / 要旨: Kinesin-5 is required for forming the bipolar spindle during mitosis. Its motor domain, which contains nucleotide and microtubule binding sites and mechanical elements to generate force, has evolved ...Kinesin-5 is required for forming the bipolar spindle during mitosis. Its motor domain, which contains nucleotide and microtubule binding sites and mechanical elements to generate force, has evolved distinct properties for its spindle-based functions. In this study, we report subnanometer resolution cryoelectron microscopy reconstructions of microtubule-bound human kinesin-5 before and after nucleotide binding and combine this information with studies of the kinetics of nucleotide-induced neck linker and cover strand movement. These studies reveal coupled, nucleotide-dependent conformational changes that explain many of this motor's properties. We find that ATP binding induces a ratchet-like docking of the neck linker and simultaneous, parallel docking of the N-terminal cover strand. Loop L5, the binding site for allosteric inhibitors of kinesin-5, also undergoes a dramatic reorientation when ATP binds, suggesting that it is directly involved in controlling nucleotide binding. Our structures indicate that allosteric inhibitors of human kinesin-5, which are being developed as anti-cancer therapeutics, bind to a motor conformation that occurs in the course of normal function. However, due to evolutionarily defined sequence variations in L5, this conformation is not adopted by invertebrate kinesin-5s, explaining their resistance to drug inhibition. Together, our data reveal the precision with which the molecular mechanism of kinesin-5 motors has evolved for force generation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2080.map.gz | 271.3 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2080-v30.xml emd-2080.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2080.jpg | 161 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2080 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2080 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2080.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 348.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D reconstruction of microtubule-bound human kinesin-5 motor domain with an empty nucleotide-binding site (gold cluster attached in the neck linker, V365C) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 13-protofilament microtubule-bound human kinesin-5 motor domain i...
全体 | 名称: 13-protofilament microtubule-bound human kinesin-5 motor domain in absence of nucleotides. A gold cluster is attached to the neck linker (V365C). |
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要素 |
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-超分子 #1000: 13-protofilament microtubule-bound human kinesin-5 motor domain i...
超分子 | 名称: 13-protofilament microtubule-bound human kinesin-5 motor domain in absence of nucleotides. A gold cluster is attached to the neck linker (V365C). タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: 13-protofilament microtubule with one kinesin-5 motor domain bound every tubulin heterodimers Number unique components: 3 |
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-分子 #1: alpha tubulin
分子 | 名称: alpha tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TUBULIN ALPHA-1D CHAIN / 集合状態: heterodimer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cattle / 組織: brain |
配列 | InterPro: Alpha tubulin |
-分子 #2: beta tubulin
分子 | 名称: beta tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: TUBULIN BETA-2B CHAIN / 集合状態: heterodimer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cattle / 組織: brain |
配列 | InterPro: Beta tubulin, autoregulation binding site |
-分子 #3: Kinesin-5 motor domain
分子 | 名称: Kinesin-5 motor domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: KINESIN-LIKE PROTEIN KIF11 詳細: undecagold cluster was attached to the specific cysteine residue in the neck linker (V365C) 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET21a |
配列 | InterPro: Kinesin motor domain, conserved site |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 / 詳細: 80 mM PIPES, 5 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 U/mL apyrase |
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グリッド | 詳細: 400 mesh holey carbon grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: chamber at 24 degrees C, blot 2.5 sec |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.95 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 平均: 90 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification |
日付 | 2011年12月1日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 65 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: FREALIGN |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, FREALIGN 詳細: Approximately 32,000 asymmetric units were averaged in the final reconstruction. The deposited map is low pass filtered at 16 A. 使用した粒子像数: 2468 |
詳細 | The particles were selected along individual microtubules. |