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万見
- EMDB-2075: CryoEM icosahedral reconstruction of AHSV7 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2075
タイトルCryoEM icosahedral reconstruction of AHSV7
マップデータAHSV7 truncated VP2 empty map
試料
  • 試料: AHSV7 truncated VP2 empty
  • ウイルス: African horse sickness virus 7 (アフリカ馬疫)
キーワードAHSV7 / CryoEM (低温電子顕微鏡法) / structure (構造)
生物種African horse sickness virus 7 (アフリカ馬疫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.8 Å
データ登録者Manole V / Laurinmaki P / Wyngaardt WV / Potgieter CA / Wright IM / Venter GJ / Dijk AAV / Sewell BT / Butcher SJ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2012
タイトル: Structural insight into African horsesickness virus infection.
著者: Violeta Manole / Pasi Laurinmäki / Wouter Van Wyngaardt / Christiaan A Potgieter / Isabella M Wright / Gert J Venter / Alberdina A van Dijk / B Trevor Sewell / Sarah J Butcher /
要旨: African horsesickness (AHS) is a devastating disease of horses. The disease is caused by the double-stranded RNA-containing African horsesickness virus (AHSV). Using electron cryomicroscopy and three- ...African horsesickness (AHS) is a devastating disease of horses. The disease is caused by the double-stranded RNA-containing African horsesickness virus (AHSV). Using electron cryomicroscopy and three-dimensional image reconstruction, we determined the architecture of an AHSV serotype 4 (AHSV-4) reference strain. The structure revealed triple-layered AHS virions enclosing the segmented genome and transcriptase complex. The innermost protein layer contains 120 copies of VP3, with the viral polymerase, capping enzyme, and helicase attached to the inner surface of the VP3 layer on the 5-fold axis, surrounded by double-stranded RNA. VP7 trimers form a second, T=13 layer on top of VP3. Comparative analyses of the structures of bluetongue virus and AHSV-4 confirmed that VP5 trimers form globular domains and VP2 trimers form triskelions, on the virion surface. We also identified an AHSV-7 strain with a truncated VP2 protein (AHSV-7 tVP2) which outgrows AHSV-4 in culture. Comparison of AHSV-7 tVP2 to bluetongue virus and AHSV-4 allowed mapping of two domains in AHSV-4 VP2, and one in bluetongue virus VP2, that are important in infection. We also revealed a protein plugging the 5-fold vertices in AHSV-4. These results shed light on virus-host interactions in an economically important orbivirus to help the informed design of new vaccines.
履歴
登録2012年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月26日-
マップ公開2012年9月26日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2075.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2075.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 120.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈AHSV7 truncated VP2 empty map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 3000.0 / ムービー #1: 3000
最小 - 最大-15947.0 - 32443.0
平均 (標準偏差)778.75347899999997 (±4711.078613280000354)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ401401401
Spacing401401401
セルA=B=C: 1122.7999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z401401401
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1122.8001122.8001122.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ128128168
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS401401401
D min/max/mean-15947.00032443.000778.753

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : AHSV7 truncated VP2 empty

全体名称: AHSV7 truncated VP2 empty
要素
  • 試料: AHSV7 truncated VP2 empty
  • ウイルス: African horse sickness virus 7 (アフリカ馬疫)

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超分子 #1000: AHSV7 truncated VP2 empty

超分子名称: AHSV7 truncated VP2 empty / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: African horse sickness virus 7

超分子名称: African horse sickness virus 7 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: AHSV7 / NCBI-ID: 86061 / 生物種: African horse sickness virus 7 / ウイルスタイプ: OTHER / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: AHSV7
宿主生物種: Equus caballus (ウマ) / 別称: VERTEBRATES

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.5 / 詳細: 2mM Tris-HCl, pH 8.5
グリッド詳細: Quantifoil 200 mesh holey carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
日付2009年2月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 70 / 平均電子線量: 18 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AUTO3DEM / 使用した粒子像数: 361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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