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万見
- EMDB-2055: Acetylcholine-binding protein in the hemolymph of the planorbid s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2055
タイトルAcetylcholine-binding protein in the hemolymph of the planorbid snail Biomphalaria glabrata is a pentagonal dodecahedron (60 subunits)
マップデータA negative temperature factor of 278.9 A^2 was applied to the map.
試料
  • 試料: Acetylcholine Binding Protein (AChBP) from Biomphalaria glabrata
  • タンパク質・ペプチド: Biomphalaria glabrata Acetylcholine Binding Protein
キーワードligand gated ion channel (リガンド依存性イオンチャネル) / LGIC (リガンド依存性イオンチャネル) / Cys-loop receptor / AChBP / acetylcholine binding protein / acetylcholine (アセチルコリン) / AChR (アセチルコリン受容体) / acetylcholine receptor (アセチルコリン受容体) / Myasthenia gravis (重症筋無力症) / pentagonal dodecahedron / nicotinic / dodecahedron (十二面体) / Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) / bilharziosis (住血吸虫症) / Biomphalaria glabrata / snail (カタツムリ)
機能・相同性extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / transmembrane signaling receptor activity / membrane => GO:0016020 / Acetylcholine-binding protein type 2 / Acetylcholine-binding protein type 1
機能・相同性情報
生物種Biomphalaria glabrata (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Saur M / Moeller V / Kapetanopoulos K / Braukmann S / Gebauer W / Tenzer S / Markl J
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2012
タイトル: Acetylcholine-binding protein in the hemolymph of the planorbid snail Biomphalaria glabrata is a pentagonal dodecahedron (60 subunits).
著者: Michael Saur / Vanessa Moeller / Katharina Kapetanopoulos / Sandra Braukmann / Wolfgang Gebauer / Stefan Tenzer / Jürgen Markl /
要旨: Nicotinic acetylcholine receptors (nAChR) play important neurophysiological roles and are of considerable medical relevance. They have been studied extensively, greatly facilitated by the gastropod ...Nicotinic acetylcholine receptors (nAChR) play important neurophysiological roles and are of considerable medical relevance. They have been studied extensively, greatly facilitated by the gastropod acetylcholine-binding proteins (AChBP) which represent soluble structural and functional homologues of the ligand-binding domain of nAChR. All these proteins are ring-like pentamers. Here we report that AChBP exists in the hemolymph of the planorbid snail Biomphalaria glabrata (vector of the schistosomiasis parasite) as a regular pentagonal dodecahedron, 22 nm in diameter (12 pentamers, 60 active sites). We sequenced and recombinantly expressed two ∼25 kDa polypeptides (BgAChBP1 and BgAChBP2) with a specific active site, N-glycan site and disulfide bridge variation. We also provide the exon/intron structures. Recombinant BgAChBP1 formed pentamers and dodecahedra, recombinant BgAChBP2 formed pentamers and probably disulfide-bridged di-pentamers, but not dodecahedra. Three-dimensional electron cryo-microscopy (3D-EM) yielded a 3D reconstruction of the dodecahedron with a resolution of 6 Å. Homology models of the pentamers docked to the 6 Å structure revealed opportunities for chemical bonding at the inter-pentamer interfaces. Definition of the ligand-binding pocket and the gating C-loop in the 6 Å structure suggests that 3D-EM might lead to the identification of functional states in the BgAChBP dodecahedron.
履歴
登録2012年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年4月5日-
マップ公開2012年8月29日-
更新2012年9月26日-
現状2012年9月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデルPDB-4aoe
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2055_gal...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2055.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 87.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A negative temperature factor of 278.9 A^2 was applied to the map.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-0.59094787 - 3.62690711
平均 (標準偏差)0.14051077 (±0.43470621)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ286286286
Spacing286286286
セルA=B=C: 286.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z286286286
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z286.000286.000286.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS286286286
D min/max/mean-0.5913.6270.141

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Acetylcholine Binding Protein (AChBP) from Biomphalaria glabrata

全体名称: Acetylcholine Binding Protein (AChBP) from Biomphalaria glabrata
要素
  • 試料: Acetylcholine Binding Protein (AChBP) from Biomphalaria glabrata
  • タンパク質・ペプチド: Biomphalaria glabrata Acetylcholine Binding Protein

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超分子 #1000: Acetylcholine Binding Protein (AChBP) from Biomphalaria glabrata

超分子名称: Acetylcholine Binding Protein (AChBP) from Biomphalaria glabrata
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.86 MDa / 理論値: 1.86 MDa / 手法: SDS-PAGE

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分子 #1: Biomphalaria glabrata Acetylcholine Binding Protein

分子名称: Biomphalaria glabrata Acetylcholine Binding Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: BgAChBP
詳細: As yet, it is not entirely clear whether the dodecahedron is a homomeric assembly of either type one and/or two, or a heteromeric assembly of types one and two.
コピー数: 60 / 集合状態: Dodecapentamer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Biomphalaria glabrata (無脊椎動物) / 組織: Hemolymph
分子量実験値: 1.86 MDa / 理論値: 1.86 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 5 mM MgCl2, 5mM CaCl2, 300mM NaCl
グリッド詳細: C-flat holey carbon grids CF-2/2-3C-T, 30s glow discharge at 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 97 % / チャンバー内温度: 97 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: 2 x3.5 microlitres with 2 x 3s blotting

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電子顕微鏡法 #1

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 101 K
Microscopy ID1
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification
日付2008年6月4日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 151 / 平均電子線量: 30 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #2

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 101 K
Microscopy ID2
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification
日付2011年5月25日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 151 / 平均電子線量: 30 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: per micrograph
最終 2次元分類クラス数: 608
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN1.9 / 使用した粒子像数: 8374
詳細manual selection with boxer, ctf-correction with FindCTF2d, refinement: EMAN1.9 (15 iterative cycles), final reconstruction using 1-degree references

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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