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- PDB-1m4x: PBCV-1 virus capsid, quasi-atomic model -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m4x
タイトルPBCV-1 virus capsid, quasi-atomic model
要素PBCV-1 virus capsid
キーワードVIRUS (ウイルス) / icosahedral virus capsid / beta barrel (Βバレル) / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


カプシド / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein N-terminus / Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Major capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 28 Å
データ登録者Nandhagopal, N. / Simpson, A.A. / Gurnon, J.R. / Yan, X. / Baker, T.S. / Graves, M.V. / Van Etten, J.L. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2002
タイトル: The structure and evolution of the major capsid protein of a large, lipid-containing DNA virus.
著者: Narayanasamy Nandhagopal / Alan A Simpson / James R Gurnon / Xiadong Yan / Timothy S Baker / Michael V Graves / James L Van Etten / Michael G Rossmann /
要旨: Paramecium bursaria Chlorella virus type 1 (PBCV-1) is a very large, icosahedral virus containing an internal membrane enclosed within a glycoprotein coat consisting of pseudohexagonal arrays of ...Paramecium bursaria Chlorella virus type 1 (PBCV-1) is a very large, icosahedral virus containing an internal membrane enclosed within a glycoprotein coat consisting of pseudohexagonal arrays of trimeric capsomers. Each capsomer is composed of three molecules of the major capsid protein, Vp54, the 2.0-A resolution structure of which is reported here. Four N-linked and two O-linked glycosylation sites were identified. The N-linked sites are associated with nonstandard amino acid motifs as a result of glycosylation by virus-encoded enzymes. Each monomer of the trimeric structure consists of two eight-stranded, antiparallel beta-barrel, "jelly-roll" domains related by a pseudo-sixfold rotation. The fold of the monomer and the pseudo-sixfold symmetry of the capsomer resembles that of the major coat proteins in the double-stranded DNA bacteriophage PRD1 and the double-stranded DNA human adenoviruses, as well as the viral proteins VP2-VP3 of picornaviruses. The structural similarities among these diverse groups of viruses, whose hosts include bacteria, unicellular eukaryotes, plants, and mammals, make it probable that their capsid proteins have evolved from a common ancestor that had already acquired a pseudo-sixfold organization. The trimeric capsid protein structure was used to produce a quasi-atomic model of the 1,900-A diameter PBCV-1 outer shell, based on fitting of the Vp54 crystal structure into a three-dimensional cryoelectron microscopy image reconstruction of the virus.
履歴
登録2002年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42019年11月6日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: atom_sites / cell / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _cell.angle_alpha / _cell.angle_beta / _cell.angle_gamma / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52019年11月13日Group: Data collection / Other / カテゴリ: symmetry
Item: _symmetry.Int_Tables_number / _symmetry.space_group_name_H-M
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
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  • 生物学的単位 - pentasymmetron capsid unit
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PBCV-1 virus capsid
B: PBCV-1 virus capsid
C: PBCV-1 virus capsid


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,2053
ポリマ－137,2053
非ポリマー00
水0
1
A: PBCV-1 virus capsid
B: PBCV-1 virus capsid
C: PBCV-1 virus capsid
x 1680


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,503,8515040
ポリマ－230,503,8515040
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
build point asymmetric unit27
2
A: PBCV-1 virus capsid
B: PBCV-1 virus capsid
C: PBCV-1 virus capsid
x 28


  • icosahedral asymmetric unit
  • 3.84 MDa, 84 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,841,73184
ポリマ－3,841,73184
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
build point asymmetric unit27
3
A: PBCV-1 virus capsid
B: PBCV-1 virus capsid
C: PBCV-1 virus capsid
x 140


  • icosahedral pentamer
  • 19.2 MDa, 420 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,208,654420
ポリマ－19,208,654420
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
build point asymmetric unit27
4
A: PBCV-1 virus capsid
B: PBCV-1 virus capsid
C: PBCV-1 virus capsid
x 168


  • icosahedral 23 hexamer
  • 23.1 MDa, 504 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,050,385504
ポリマ－23,050,385504
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation5
build point asymmetric unit27
5
A: PBCV-1 virus capsid
B: PBCV-1 virus capsid
C: PBCV-1 virus capsid
x 30


  • pentasymmetron capsid unit
  • 4.12 MDa, 90 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,116,14090
ポリマ－4,116,14090
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
build point asymmetric unit6
6
A: PBCV-1 virus capsid
B: PBCV-1 virus capsid
C: PBCV-1 virus capsid
x 66


  • trisymmetron capsid unit
  • 9.06 MDa, 198 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,055,508198
ポリマ－9,055,508198
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation2
build point asymmetric unit21
7
A: PBCV-1 virus capsid
B: PBCV-1 virus capsid
C: PBCV-1 virus capsid
x 28


  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
  • 3.84 MDa, 84 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,841,73184
ポリマ－3,841,73184
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
identity operation1_555x,y,z1
build point asymmetric unit27
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質 PBCV-1 virus capsid


分子量: 45734.891 Da / 分子数: 3 / 断片: virus capsid / 由来タイプ: 天然
詳細: Virus infects chlorella algae, which are symbionts with Paramecium bursaria
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
属: Chlorovirus / 参照: GenBank: 323324, UniProt: P30328*PLUS

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PBCV-1 virus capsid / タイプ: VIRUS / 詳細: T=169d quasi-symmetric icosahedron.
ウイルスについての詳細ホストのカテゴリ: ALGAE / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: electron microscopy grid - in vitrious ice
急速凍結詳細: frozen in liquid propane
結晶化
*PLUS
手法: cryo electron microscopy

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM200FEG/ST
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ホルダ温度: 100 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Situsモデルフィッティング
2その他３次元再構成
CTF補正詳細: inverse of CTF was applied to images
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: polar fourier transform. / 解像度: 28 Å / 詳細: used Tim Baker's programs PFT, EM3DR, etc. / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
Target criteria: rigid body refinement in real space against Lagrangian filtered EM density, using the program SITUS.Each molecule in the icosahedral ASU was refined separately.
詳細: METHOD--6d search, separately for each symmetry related molecule in the icosahedral ASU. REFINEMENT PROTOCOL--rigid body
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / 詳細: 1J5Q or 1M3Y (not exactly as found in pdb entry) / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession codeInitial refinement model-ID
11J5Q

1j5q
PDB 未公開エントリ

1J5Q1
21M3Y

1m3y
PDB 未公開エントリ

1M3Y2
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9693 0 0 0 9693

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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