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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1843 | |||||||||
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タイトル | Structural basis for the subunit assembly of the anaphase promoting complex | |||||||||
マップデータ | Apc4 and Apc5 | |||||||||
試料 |
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キーワード | APC/C (後期促進複合体) / anaphase promoting complex (後期促進複合体) | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 | |||||||||
データ登録者 | Schreiber A / Stengel F / Zhang Z / Enchev RE / Kong E / Morris EP / Robinson CV / daFonseca PCA / Barford D | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2011 タイトル: Structural basis for the subunit assembly of the anaphase-promoting complex. 著者: Anne Schreiber / Florian Stengel / Ziguo Zhang / Radoslav I Enchev / Eric H Kong / Edward P Morris / Carol V Robinson / Paula C A da Fonseca / David Barford / 要旨: The anaphase-promoting complex or cyclosome (APC/C) is an unusually large E3 ubiquitin ligase responsible for regulating defined cell cycle transitions. Information on how its 13 constituent proteins ...The anaphase-promoting complex or cyclosome (APC/C) is an unusually large E3 ubiquitin ligase responsible for regulating defined cell cycle transitions. Information on how its 13 constituent proteins are assembled, and how they interact with co-activators, substrates and regulatory proteins is limited. Here, we describe a recombinant expression system that allows the reconstitution of holo APC/C and its sub-complexes that, when combined with electron microscopy, mass spectrometry and docking of crystallographic and homology-derived coordinates, provides a precise definition of the organization and structure of all essential APC/C subunits, resulting in a pseudo-atomic model for 70% of the APC/C. A lattice-like appearance of the APC/C is generated by multiple repeat motifs of most APC/C subunits. Three conserved tetratricopeptide repeat (TPR) subunits (Cdc16, Cdc23 and Cdc27) share related superhelical homo-dimeric architectures that assemble to generate a quasi-symmetrical structure. Our structure explains how this TPR sub-complex, together with additional scaffolding subunits (Apc1, Apc4 and Apc5), coordinate the juxtaposition of the catalytic and substrate recognition module (Apc2, Apc11 and Apc10 (also known as Doc1)), and TPR-phosphorylation sites, relative to co-activator, regulatory proteins and substrates. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1843.map.gz | 5.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1843-v30.xml emd-1843.xml | 6.6 KB 6.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1843.gif Apc45_7734_1843.tif emd_1843.tif | 77.3 KB 757 KB 82.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1843 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1843 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1843.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Apc4 and Apc5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.47 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Apc4-Apc5 heterodimer
全体 | 名称: Apc4-Apc5 heterodimer |
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要素 |
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-超分子 #1000: Apc4-Apc5 heterodimer
超分子 | 名称: Apc4-Apc5 heterodimer / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 155 KDa / 理論値: 160 KDa |
-分子 #1: Apc4_5
分子 | 名称: Apc4_5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Apc4_5 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
-実験情報
-構造解析
解析 | 単粒子再構成法 |
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試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) |
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