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万見
- EMDB-1843: Structural basis for the subunit assembly of the anaphase promoti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1843
タイトルStructural basis for the subunit assembly of the anaphase promoting complex
マップデータApc4 and Apc5
試料
  • 試料: Apc4-Apc5 heterodimer
  • タンパク質・ペプチド: Apc4_5
キーワードAPC/C (後期促進複合体) / anaphase promoting complex (後期促進複合体)
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法
データ登録者Schreiber A / Stengel F / Zhang Z / Enchev RE / Kong E / Morris EP / Robinson CV / daFonseca PCA / Barford D
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the subunit assembly of the anaphase-promoting complex.
著者: Anne Schreiber / Florian Stengel / Ziguo Zhang / Radoslav I Enchev / Eric H Kong / Edward P Morris / Carol V Robinson / Paula C A da Fonseca / David Barford /
要旨: The anaphase-promoting complex or cyclosome (APC/C) is an unusually large E3 ubiquitin ligase responsible for regulating defined cell cycle transitions. Information on how its 13 constituent proteins ...The anaphase-promoting complex or cyclosome (APC/C) is an unusually large E3 ubiquitin ligase responsible for regulating defined cell cycle transitions. Information on how its 13 constituent proteins are assembled, and how they interact with co-activators, substrates and regulatory proteins is limited. Here, we describe a recombinant expression system that allows the reconstitution of holo APC/C and its sub-complexes that, when combined with electron microscopy, mass spectrometry and docking of crystallographic and homology-derived coordinates, provides a precise definition of the organization and structure of all essential APC/C subunits, resulting in a pseudo-atomic model for 70% of the APC/C. A lattice-like appearance of the APC/C is generated by multiple repeat motifs of most APC/C subunits. Three conserved tetratricopeptide repeat (TPR) subunits (Cdc16, Cdc23 and Cdc27) share related superhelical homo-dimeric architectures that assemble to generate a quasi-symmetrical structure. Our structure explains how this TPR sub-complex, together with additional scaffolding subunits (Apc1, Apc4 and Apc5), coordinate the juxtaposition of the catalytic and substrate recognition module (Apc2, Apc11 and Apc10 (also known as Doc1)), and TPR-phosphorylation sites, relative to co-activator, regulatory proteins and substrates.
履歴
登録2010年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年12月9日-
マップ公開2011年2月7日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 52
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 52
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1843.gif

Apc45_7734_1...

emd_1843.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1843.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Apc4 and Apc5
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.47 Å
密度
表面レベル登録者による: 52.0 / ムービー #1: 52
最小 - 最大-150.097000000000008 - 339.788999999999987
平均 (標準偏差)0.606204 (±9.63846)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-60-60-60
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 416.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.473.473.47
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z416.400416.400416.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-30-24-70
NX/NY/NZ6149141
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-60-60-60
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-150.097339.7890.606

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Apc4-Apc5 heterodimer

全体名称: Apc4-Apc5 heterodimer
要素
  • 試料: Apc4-Apc5 heterodimer
  • タンパク質・ペプチド: Apc4_5

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超分子 #1000: Apc4-Apc5 heterodimer

超分子名称: Apc4-Apc5 heterodimer / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 155 KDa / 理論値: 160 KDa

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分子 #1: Apc4_5

分子名称: Apc4_5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Apc4_5 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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