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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1839 | |||||||||
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タイトル | Conformational changes of Adeno-associated Virus type 1 induced by genome packaging | |||||||||
マップデータ | Map of Adeno-associated Virus Type 1, group 4 (full capsids). | |||||||||
試料 |
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キーワード | AAV-1 / virus (ウイルス) / structure (構造) | |||||||||
生物種 | Adeno-associated virus - 1 (アデノ随伴ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 9.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Gerlach B / Kleinschmidt JA / Bottcher B | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2011 タイトル: Conformational changes in adeno-associated virus type 1 induced by genome packaging. 著者: Britta Gerlach / Jürgen A Kleinschmidt / Bettina Böttcher / 要旨: Adeno-associated virus (AAV) is frequently used as a vector for gene therapy. The viral capsid consists of three structural proteins (VP1, VP2, and VP3) that have a common C-terminal core (VP3), with ...Adeno-associated virus (AAV) is frequently used as a vector for gene therapy. The viral capsid consists of three structural proteins (VP1, VP2, and VP3) that have a common C-terminal core (VP3), with N-terminal extensions of increasing length in VP2 and VP1. The capsid encloses a single-stranded genome of up to 4.7 kb, which is packaged into empty capsids. The N-terminal extension of VP1 carries a phospholipase domain that becomes accessible during infection in the endosomal pathway. We have used cryo-electron microscopy and image reconstruction to determine subnanometer-resolution structures of recombinant AAV1 that has packaged different amounts of a 3.6-kb recombinant genome. The maps show that the AAV1 capsid undergoes continuous conformational changes upon packaging of the genome. The rearrangements occur at the inner capsid surface and lead to constrictions of the pores at the 5-fold symmetry axes and to subtle movements of the β-sheet regions of the capsid proteins. In fully packaged particles, the genome forms stem-like features that contact the inner capsid surface at the 3-fold symmetry axes. We think that the reorganization of the inner surface has an impact on the viral life cycle during infection, preparing the externalization of phospholipase domains through the pores at the 5-fold symmetry axes and possibly genome release. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1839.map.gz | 6.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1839-v30.xml emd-1839.xml | 8.8 KB 8.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | image1839.png | 289.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1839 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1839 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1839.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of Adeno-associated Virus Type 1, group 4 (full capsids). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Adeno-associated Virus Type 1
全体 | 名称: Adeno-associated Virus Type 1 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Adeno-associated Virus Type 1
超分子 | 名称: Adeno-associated Virus Type 1 / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Recombinant AAV1 capsid, particles belong to group 4 (full capsids). 集合状態: VP1, VP2, and VP3 in T1 arrangement / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Adeno-associated virus - 1
超分子 | 名称: Adeno-associated virus - 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: AAV 1 / NCBI-ID: 85106 / 生物種: Adeno-associated virus - 1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: AAV 1 |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 240 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Vitrified |
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グリッド | 詳細: 400 mesh perforated carbon |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 96 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Controlled environment / 手法: Blot for 15 s before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 平均: 95 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Astigmatism was corrected at 200,000 times magnification on graininess of carbon |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 105 / 詳細: Data binning 2x2 pixels, before processing. / ビット/ピクセル: 8 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Maps during combination |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MRC / 使用した粒子像数: 3197 |
詳細 | Particles were sorted according to their density profiles. This reconstructions represents group 4, which consists of filled capsids. |