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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1777 | |||||||||
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タイトル | Structure of the complex Nucleoplamsin:H2A-H2B histones. | |||||||||
マップデータ | Electron microscopy map of the Nucleoplasmin-H2A-H2B histones complex (1-5-5) | |||||||||
試料 |
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キーワード | Nucleoplasmin / histone H2A (ヒストンH2A) / histone H2B (ヒストンH2B) / chaperone (シャペロン) / chromatin (クロマチン) / nuclear-chaperone / histone-chaperone | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Condensation of Prophase Chromosomes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / Metalloprotease DUBs / Processing of DNA double-strand break ends / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / PRC2 methylates histones and DNA / Oxidative Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcriptional regulation by small RNAs ...Condensation of Prophase Chromosomes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / Metalloprotease DUBs / Processing of DNA double-strand break ends / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / PRC2 methylates histones and DNA / Oxidative Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcriptional regulation by small RNAs / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / RNA Polymerase I Promoter Opening / RNA Polymerase I Promoter Escape / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Estrogen-dependent gene expression / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / nucleosome assembly / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / protein heterodimerization activity / DNA binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Ramos I / Martin-Benito J / Finn R / Bretana L / Aloria K / Arizmendi JM / Ausio J / Muga A / Valpuesta JM / Prado A | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2010 タイトル: Nucleoplasmin binds histone H2A-H2B dimers through its distal face. 著者: Isbaal Ramos / Jaime Martín-Benito / Ron Finn / Laura Bretaña / Kerman Aloria / Jesús M Arizmendi / Juan Ausió / Arturo Muga / José M Valpuesta / Adelina Prado / 要旨: Nucleoplasmin (NP) is a pentameric chaperone that regulates the condensation state of chromatin extracting specific basic proteins from sperm chromatin and depositing H2A-H2B histone dimers. It has ...Nucleoplasmin (NP) is a pentameric chaperone that regulates the condensation state of chromatin extracting specific basic proteins from sperm chromatin and depositing H2A-H2B histone dimers. It has been proposed that histones could bind to either the lateral or distal face of the pentameric structure. Here, we combine different biochemical and biophysical techniques to show that natural, hyperphosphorylated NP can bind five H2A-H2B dimers and that the amount of bound ligand depends on the overall charge (phosphorylation level) of the chaperone. Three-dimensional reconstruction of NP/H2A-H2B complex carried out by electron microscopy reveals that histones interact with the chaperone distal face. Limited proteolysis and mass spectrometry indicate that the interaction results in protection of the histone fold and most of the H2A and H2B C-terminal tails. This structural information can help to understand the function of NP as a histone chaperone. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1777.map.gz | 1.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1777-v30.xml emd-1777.xml | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | image_EMD1777.tif | 757.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1777 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1777 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1777.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Electron microscopy map of the Nucleoplasmin-H2A-H2B histones complex (1-5-5) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Nucleoplasmin-Histone H2A-Histone H2B complex (1-5-5).
全体 | 名称: Nucleoplasmin-Histone H2A-Histone H2B complex (1-5-5). |
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要素 |
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-超分子 #1000: Nucleoplasmin-Histone H2A-Histone H2B complex (1-5-5).
超分子 | 名称: Nucleoplasmin-Histone H2A-Histone H2B complex (1-5-5). タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: One Molecule of Nucleoplasmin binds to five dimers of H2A-H2B histones Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 270 KDa / 理論値: 270 KDa |
-分子 #1: H2A Histone
分子 | 名称: H2A Histone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: H2A Histone / コピー数: 5 / 集合状態: Forming a Heterodimer with H2B / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 別称: Chicken / 細胞: Erythrocyte |
分子量 | 実験値: 13 KDa / 理論値: 13 KDa |
配列 | InterPro: ヒストンH2A |
-分子 #2: H2B Histone
分子 | 名称: H2B Histone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: H2B Histone / コピー数: 5 / 集合状態: Forming a Heterodimer with H2A / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 別称: Chicken / 細胞: Erythrocyte |
分子量 | 実験値: 14 KDa / 理論値: 14 KDa |
配列 | InterPro: ヒストンH2B |
-分子 #3: Nucleoplasmin
分子 | 名称: Nucleoplasmin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Nucleoplasmin / コピー数: 1 / 集合状態: Pentamer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / 別称: African clawed frog / 組織: Egg / 細胞: Oocyte / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 110 KDa / 理論値: 110 KDa |
配列 | InterPro: Nucleoplasmin family |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 2mM MgCl2, 240mM NaCl, 25 mM Tris-HCl |
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染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids were stained with 2% w/v Uranyl Acetate solution for 1 minute. |
グリッド | 詳細: 200 mesh CuRh Grid |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1200EXII |
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電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 5.6 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: JEOL |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.3 µm / 実像数: 14 / 詳細: Downsampling factor of 2 / ビット/ピクセル: 8 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each plate |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, XMIPP, SPIDER / 使用した粒子像数: 5557 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: C / Chain - #1 - Chain ID: D |
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ソフトウェア | 名称: SITUS |
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid Body. A dimer of H2A-H2B histones was fitted in Map and refined using COLORES software (SITUS package). Afterwards, the 5 fold symmetry was applied to the fitted structure. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-2xql: |