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万見
- EMDB-1753: YEAST RNA POLYMERASE III -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1753
タイトルYEAST RNA POLYMERASE IIIRNAポリメラーゼIII
マップデータRNA-Polymerase III in its free form
試料
  • 試料: RNA polymerase IIIRNAポリメラーゼIII
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase IIIRNAポリメラーゼIII
キーワードTranscription (転写 (生物学)) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / tRNA (転移RNA)
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Vannini A / Ringel R / Kusser AG / Berninghausen O / Kassavetis GA / Cramer P
引用ジャーナル: Cell / 年: 2010
タイトル: Molecular basis of RNA polymerase III transcription repression by Maf1.
著者: Alessandro Vannini / Rieke Ringel / Anselm G Kusser / Otto Berninghausen / George A Kassavetis / Patrick Cramer /
要旨: RNA polymerase III (Pol III) transcribes short RNAs required for cell growth. Under stress conditions, the conserved protein Maf1 rapidly represses Pol III transcription. We report the crystal ...RNA polymerase III (Pol III) transcribes short RNAs required for cell growth. Under stress conditions, the conserved protein Maf1 rapidly represses Pol III transcription. We report the crystal structure of Maf1 and cryo-electron microscopic structures of Pol III, an active Pol III-DNA-RNA complex, and a repressive Pol III-Maf1 complex. Binding of DNA and RNA causes ordering of the Pol III-specific subcomplex C82/34/31 that is required for transcription initiation. Maf1 binds the Pol III clamp and rearranges C82/34/31 at the rim of the active center cleft. This impairs recruitment of Pol III to a complex of promoter DNA with the initiation factors Brf1 and TBP and thus prevents closed complex formation. Maf1 does however not impair binding of a DNA-RNA scaffold and RNA synthesis. These results explain how Maf1 specifically represses transcription initiation from Pol III promoters and indicate that Maf1 also prevents reinitiation by binding Pol III during transcription elongation.
履歴
登録2010年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年7月23日-
マップ公開2010年10月8日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1753.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1753.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RNA-Polymerase III in its free form
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.31 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0035 / ムービー #1: 0.0035
最小 - 最大-0.00569051 - 0.253301
平均 (標準偏差)0.00280515 (±0.0138798)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 297.9 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.313.313.31
M x/y/z909090
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z297.900297.900297.900
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-100-100-100
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS909090
D min/max/mean-0.0060.2530.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RNA polymerase III

全体名称: RNA polymerase IIIRNAポリメラーゼIII
要素
  • 試料: RNA polymerase IIIRNAポリメラーゼIII
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase IIIRNAポリメラーゼIII

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超分子 #1000: RNA polymerase III

超分子名称: RNA polymerase III / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: Monomeric / Number unique components: 1
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa / 手法: Native Mass Spectrometry

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分子 #1: RNA polymerase III

分子名称: RNA polymerase III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RNA polymerase III / コピー数: 1 / 集合状態: Monomeric / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: NZ-16 / 別称: Baker's Yeast / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
詳細: 20mM Hepes pH 7.8, 50 mM Ammonium Sulfate, 0.1 mM MgCl2, 0.01 mM ZnCl2, 5mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil R3/3 2nm carbon pre-coated holey grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 184 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot, FEI

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 20480

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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