+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1680 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Macromolecular crystal data phased by negative staining electron microscopy reconstructions | |||||||||
マップデータ | Macromolecular crystal data phased by negative staining electron microscopy reconstructions as a proof of principle | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Negative staining / electron microscopy / reconstructions / phasing | |||||||||
生物種 | Candida albicans (酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Trapani S / Schoehn G / Navaza J / Abergel C | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010 タイトル: Macromolecular crystal data phased by negative-stained electron-microscopy reconstructions. 著者: Stefano Trapani / Guy Schoehn / Jorge Navaza / Chantal Abergel / 要旨: The combination of transmission electron microscopy with X-ray diffraction data is usually limited to relatively large particles. Here, the approach is continued one step further by utilizing ...The combination of transmission electron microscopy with X-ray diffraction data is usually limited to relatively large particles. Here, the approach is continued one step further by utilizing negative staining, a technique that is of wider applicability than cryo-electron microscopy, to produce models of medium-size proteins suitable for molecular replacement. The technique was used to solve the crystal structure of the dodecameric type II dehydroquinase enzyme from Candida albicans (approximately 190 kDa) and that of the orthologous Streptomyces coelicolor protein. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1680.map.gz | 2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1680-v30.xml emd-1680.xml | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd-1680.png | 278.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1680 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1680 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1680_validation.pdf.gz | 208.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1680_full_validation.pdf.gz | 207.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1680_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1680 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1680 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1680.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Macromolecular crystal data phased by negative staining electron microscopy reconstructions as a proof of principle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Type-II dehydroquinase (DHQ) from Candida albicans (CaDHQ)
全体 | 名称: Type-II dehydroquinase (DHQ) from Candida albicans (CaDHQ) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Type-II dehydroquinase (DHQ) from Candida albicans (CaDHQ)
超分子 | 名称: Type-II dehydroquinase (DHQ) from Candida albicans (CaDHQ) タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Dodecamer / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 実験値: 200 KDa |
-分子 #1: CaDHQ
分子 | 名称: CaDHQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: CaDHQ / コピー数: 12 / 集合状態: Dodecamer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Candida albicans (酵母) |
分子量 | 理論値: 17 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20mM NaCl, 10mM Tris-HCL |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Negative staining using 1% methylamine vanadate, CH3NH2VO3 |
グリッド | 詳細: 400 mesk copper grid |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER / 詳細: Negative staining at room temperature |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1200EXII |
---|---|
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
詳細 | Low dose negative staining |
日付 | 2006年12月12日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 8 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: JEOL |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each negative |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider 詳細: 7200 particles included in the reconstruction (out of 12000). 432 symmetry imposed 使用した粒子像数: 7200 |
最終 2次元分類 | クラス数: 114 |