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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1618 | |||||||||
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タイトル | 3D reconstruction of heterodimeric yeast Pol alpha using electron microscopy | |||||||||
マップデータ | 3D reconstruction of heterodimeric yeast Pol alpha using electron microscopy | |||||||||
試料 |
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キーワード | DNA replication / DNA Polymerase alpha / Electron microscopy | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein binding / RNA-templated DNA biosynthetic process / premeiotic DNA replication / nucleoside binding / alpha DNA polymerase:primase complex / lagging strand elongation / telomere capping / DNA synthesis involved in DNA repair / DNA replication initiation / nuclear envelope ...protein binding / RNA-templated DNA biosynthetic process / premeiotic DNA replication / nucleoside binding / alpha DNA polymerase:primase complex / lagging strand elongation / telomere capping / DNA synthesis involved in DNA repair / DNA replication initiation / nuclear envelope / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / mitochondrion / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Klinge S / Nunez-Ramirez R / Llorca O / Pellegrini L | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2009 タイトル: 3D architecture of DNA Pol alpha reveals the functional core of multi-subunit replicative polymerases. 著者: Sebastian Klinge / Rafael Núñez-Ramírez / Oscar Llorca / Luca Pellegrini / 要旨: Eukaryotic DNA replication requires the coordinated activity of the multi-subunit DNA polymerases: Pol alpha, Pol delta and Pol epsilon. The conserved catalytic and regulatory B subunits associate in ...Eukaryotic DNA replication requires the coordinated activity of the multi-subunit DNA polymerases: Pol alpha, Pol delta and Pol epsilon. The conserved catalytic and regulatory B subunits associate in a constitutive heterodimer that represents the functional core of all three replicative polymerases. Here, we combine X-ray crystallography and electron microscopy (EM) to describe subunit interaction and 3D architecture of heterodimeric yeast Pol alpha. The crystal structure of the C-terminal domain (CTD) of the catalytic subunit bound to the B subunit illustrates a conserved mechanism of accessory factor recruitment by replicative polymerases. The EM reconstructions of Pol alpha reveal a bilobal shape with separate catalytic and regulatory modules. Docking of the B-CTD complex in the EM reconstruction shows that the B subunit is tethered to the polymerase domain through a structured but flexible linker. Our combined findings provide a structural template for the common functional architecture of the three major replicative DNA polymerases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1618.map.gz | 68.5 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1618-v30.xml emd-1618.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-1618.tif emd_1618.tif | 1.6 MB 1.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1618 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1618 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1618_validation.pdf.gz | 193.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1618_full_validation.pdf.gz | 192.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1618_validation.xml.gz | 4.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1618 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1618 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1618.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D reconstruction of heterodimeric yeast Pol alpha using electron microscopy | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.8 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Yeast DNA polymerase alpha
全体 | 名称: Yeast DNA polymerase alpha |
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要素 |
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-超分子 #1000: Yeast DNA polymerase alpha
超分子 | 名称: Yeast DNA polymerase alpha / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: One monomer of DNA polymerase alpha binds to a monomer of B-subunit Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 185 KDa / 手法: Gel Filtration |
-分子 #1: DNA polymerase alpha
分子 | 名称: DNA polymerase alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DNA polymerase alpha / コピー数: 1 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
分子量 | 実験値: 130 KDa / 理論値: 130 KDa |
配列 | GO: alpha DNA polymerase:primase complex, mitochondrion, DNA binding, DNA-directed DNA polymerase activity, nucleoside binding, nucleotide binding, protein binding, DNA replication initiation, DNA ...GO: alpha DNA polymerase:primase complex, mitochondrion, DNA binding, DNA-directed DNA polymerase activity, nucleoside binding, nucleotide binding, protein binding, DNA replication initiation, DNA synthesis involved in DNA repair, lagging strand elongation, premeiotic DNA replication, RNA-templated DNA biosynthetic process InterPro: DNA-directed DNA polymerase, family B, DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain, INTERPRO: IPR017966, DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site, DNA- ...InterPro: DNA-directed DNA polymerase, family B, DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain, INTERPRO: IPR017966, DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site, DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain, INTERPRO: IPR004578, Zinc finger, DNA-directed DNA polymerase, family B, alpha |
-分子 #2: B subunit
分子 | 名称: B subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: B subunit / コピー数: 1 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
分子量 | 実験値: 55 KDa / 理論値: 55 KDa |
配列 | GO: alpha DNA polymerase:primase complex, nuclear envelope, DNA binding, DNA-directed DNA polymerase activity, protein binding, DNA replication initiation, lagging strand elongation, telomere capping InterPro: DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B, DNA polymerase alpha, subunit B, DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 100mM TrisHCl pH 8.0, 500 mM NaCl |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: A diluted solution of Pol alpha complex was adsorbed onto glow-discharged carbon coated grids, stained with 2% uranyl formate |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1230 |
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温度 | 最低: 293 K / 最高: 293 K / 平均: 293 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification |
詳細 | Microscope used JEOL-1230 |
日付 | 2009年8月20日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 170 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.9 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: JEOL |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: reverse phases |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, Xmipp / 使用した粒子像数: 12913 |
最終 2次元分類 | クラス数: 190 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: adpem |
詳細 | Protocol: Rigid Body |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: adpem |
詳細 | Protocol: Rigid Body |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation |